More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2139 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 294 aa  611  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  66.33 
 
 		 296 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  53.29 
 
 		 293 aa  295  6e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  45.55 
 
 		 292 aa  280  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  32.17 
 
 		 291 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  32.53 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  31.44 
 
 		 322 aa  142  6e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 316 aa  142  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  30.07 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  28.15 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  47.12 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  46.15 
 
 		 272 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  44.34 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  45.28 
 
 		 133 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  40.87 
 
 		 308 aa  105  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  45.54 
 
 		 112 aa  104  1e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  42.11 
 
 		 180 aa  101  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  45.63 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 223 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 305 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 278 aa  99.4  7e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  46.15 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 298 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 154 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 294 aa  97.8  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  39.71 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  38.06 
 
 		 309 aa  96.7  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5912  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 281 aa  96.3  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 322 aa  96.7  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3315  AraC family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 281 aa  96.3  5e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.024617  hitchhiker  0.00000399067 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  41.35 
 
 		 202 aa  95.9  8e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 301 aa  95.5  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 319 aa  95.5  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  30.86 
 
 		 282 aa  95.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  36.76 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 299 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  35.56 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  35.19 
 
 		 301 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 188 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 304 aa  92.4  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 312 aa  92.4  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  36.44 
 
 		 196 aa  92.8  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 134 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 274 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  34.45 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 305 aa  90.9  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  30.38 
 
 		 331 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  34.45 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  45.36 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 292 aa  90.1  4e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  35.04 
 
 		 297 aa  90.1  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 308 aa  89.7  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 316 aa  89.7  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 294 aa  89.4  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  40.57 
 
 		 120 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  36.03 
 
 		 287 aa  89.4  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  38.1 
 
 		 306 aa  89.4  7e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  29.31 
 
 		 318 aa  89  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  40.57 
 
 		 287 aa  89  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3201  AraC family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 182 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 285 aa  89  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 123 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 291 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 361 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  35.51 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 287 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  40.91 
 
 		 336 aa  86.7  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 304 aa  86.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 278 aa  86.3  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 299 aa  85.9  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 287 aa  85.9  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 279 aa  85.9  7e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 290 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>