More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3315 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3315  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  551  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.024617  hitchhiker  0.00000399067 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0632  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 327 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0334632 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  39.86 
 
 		 294 aa  103  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  31.89 
 
 		 296 aa  98.6  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 299 aa  95.5  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  37.5 
 
 		 315 aa  94.7  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  38.51 
 
 		 300 aa  92.4  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 303 aa  92  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3661  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  46.67 
 
 		 202 aa  89.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 307 aa  89.4  7e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  40.71 
 
 		 304 aa  89  8e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 311 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  36.03 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  43.27 
 
 		 249 aa  87  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  42.75 
 
 		 292 aa  86.3  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 312 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  31.29 
 
 		 331 aa  85.9  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 353 aa  85.9  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 361 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 274 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  30.98 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  43.14 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  37.38 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  36.3 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 289 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 251 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  32.45 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  32.45 
 
 		 272 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  32.87 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  37.04 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  42.34 
 
 		 322 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 154 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 315 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 322 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 315 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 315 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  42.24 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 291 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  42.24 
 
 		 305 aa  79  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  43 
 
 		 250 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  38.53 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  43 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  32.58 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  32.72 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  33.9 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 315 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 303 aa  77  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 332 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  31.63 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 327 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  43.27 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2081  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 153 aa  75.9  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.256  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  39.32 
 
 		 306 aa  75.9  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 301 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 678 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  28.32 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  30.61 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  36.45 
 
 		 180 aa  73.9  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 118 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 386 aa  74.7  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  42.45 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  37.88 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 299 aa  73.9  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 188 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>