More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0048 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0048  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 235 aa  483  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0827  short chain dehydrogenase  59.11 
 
 		 250 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000371771  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3337  short chain dehydrogenase  60.42 
 
 		 239 aa  285  5e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.212049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0772  short chain dehydrogenase  60 
 
 		 239 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3161  short chain dehydrogenase  57.44 
 
 		 252 aa  281  5.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3507  short chain dehydrogenase  59.58 
 
 		 239 aa  281  9e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.430968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0616  short chain dehydrogenase  59.58 
 
 		 239 aa  280  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3807  short chain dehydrogenase  58.63 
 
 		 248 aa  278  7e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0169066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0611  short chain dehydrogenase  58.23 
 
 		 248 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0577388  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3683  short chain dehydrogenase  58.23 
 
 		 248 aa  276  3e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3625  short chain dehydrogenase  57.83 
 
 		 248 aa  272  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3217  short chain dehydrogenase  58.75 
 
 		 239 aa  270  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00454323  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1846  short chain dehydrogenase  55.74 
 
 		 240 aa  249  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1793  short chain dehydrogenase  53.45 
 
 		 240 aa  241  7e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0661152  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1681  short chain dehydrogenase  53.02 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.290882  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01575  short chain dehydrogenase  53.02 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.797763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.02 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00181892  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1815  short chain dehydrogenase  53.02 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00999645  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2317  short chain dehydrogenase  53.02 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.186144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2024  short chain dehydrogenase  53.02 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01565  hypothetical protein  53.02 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.740406  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1592  short chain dehydrogenase  52.59 
 
 		 240 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0574635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2577  short chain dehydrogenase  51.72 
 
 		 240 aa  238  5e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.126054  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2589  short chain dehydrogenase  53.45 
 
 		 240 aa  236  2e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2270  short chain dehydrogenase  51.52 
 
 		 240 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 		 240 aa  229  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0892  short chain dehydrogenase  47.19 
 
 		 236 aa  211  9e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1691  short chain dehydrogenase  45.89 
 
 		 234 aa  208  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19640  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 		 234 aa  205  5e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0587  short chain dehydrogenase  46.84 
 
 		 237 aa  203  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.426606  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1183  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  45.45 
 
 		 236 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3288  short chain dehydrogenase  47.84 
 
 		 236 aa  201  8e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1865  short chain dehydrogenase  48 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000200406  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1021  short chain dehydrogenase  45.45 
 
 		 236 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10270  short chain dehydrogenase  44.81 
 
 		 262 aa  197  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382954  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00674  short chain dehydrogenase  50.79 
 
 		 194 aa  191  8e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.284307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0808  short chain dehydrogenase  45.15 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.230501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4493  short chain dehydrogenase  44.3 
 
 		 245 aa  174  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.539023  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4632  short chain dehydrogenase  44.3 
 
 		 245 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.11015  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4617  short chain dehydrogenase  44.54 
 
 		 245 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2118  Dihydrofolate reductase  39.67 
 
 		 251 aa  156  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4223  short chain dehydrogenase/reductase family protein  30.64 
 
 		 237 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0790726 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 		 246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 		 367 aa  110  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536642 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3430  pteridine reductase  34 
 
 		 245 aa  109  3e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.425485  decreased coverage  0.00917749 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2921  pteridine reductase  34.16 
 
 		 259 aa  107  1e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0711  pteridine reductase  34.15 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0800  pteridine reductase  34.15 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04308  pteridine reductase  33.6 
 
 		 260 aa  107  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2986  pteridine reductase  31.05 
 
 		 251 aa  105  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0229  pteridine reductase  30.36 
 
 		 250 aa  104  9e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.597283 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2775  pteridine reductase  32.64 
 
 		 259 aa  104  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  31.97 
 
 		 244 aa  103  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.05 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.129082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 		 245 aa  99  5e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00032435  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2701  pteridine reductase  31.71 
 
 		 246 aa  98.6  8e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.685419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0259  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  28.75 
 
 		 246 aa  96.7  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 		 247 aa  95.5  6e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0328  pteridine reductase  29.67 
 
 		 252 aa  94.7  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.22 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.175608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.07 
 
 		 235 aa  92.8  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0336  pteridine reductase  28.23 
 
 		 246 aa  91.3  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.27 
 
 		 241 aa  90.5  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0995  pteridine reductase  32.13 
 
 		 267 aa  90.5  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0277156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.58 
 
 		 245 aa  90.5  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0696  pteridine reductase  31.12 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.454716  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1369  pteridine reductase  31.73 
 
 		 267 aa  89.7  3e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000175176  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 		 250 aa  90.1  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.51 
 
 		 249 aa  90.1  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 		 252 aa  89.7  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.749088  normal  0.0259189 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1713  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  23.43 
 
 		 245 aa  89  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  31.35 
 
 		 250 aa  88.6  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  31.45 
 
 		 250 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 		 257 aa  88.6  8e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2801  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  28.93 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 		 248 aa  87  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 		 254 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.93 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 		 248 aa  86.7  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0985311  hitchhiker  0.000033531 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2697  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  30.25 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 		 249 aa  86.3  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4842  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.51 
 
 		 249 aa  86.3  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  hitchhiker  0.000208801 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0129  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  27.24 
 
 		 246 aa  85.5  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 		 246 aa  85.5  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000612243 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 		 264 aa  85.5  6e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.67622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.12 
 
 		 262 aa  85.5  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.541973  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 		 262 aa  85.1  8e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.0000350545  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.83 
 
 		 253 aa  85.1  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.317588 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.94 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02487  pteridine reductase  28.98 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2588  short chain dehydrogenase  28.33 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 		 262 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.442854  normal  0.93857 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 		 261 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  28.97 
 
 		 248 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0726  pteridine reductase  30.17 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.75 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1623  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.08 
 
 		 244 aa  84  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000163996  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.92 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.62 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>