222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2690 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2690  porin  100 
 
 
317 aa  640  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.91313e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  68.31 
 
 
316 aa  451  1e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  70.35 
 
 
314 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  72.14 
 
 
314 aa  441  1e-122  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  8.71207e-05  hitchhiker  1.30468e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  67.69 
 
 
316 aa  438  1e-122  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.7597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  68.73 
 
 
314 aa  431  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.45677e-07  hitchhiker  6.46129e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  68.11 
 
 
314 aa  427  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.03454e-06  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  68.11 
 
 
314 aa  428  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.6835e-06  hitchhiker  1.68324e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  68.45 
 
 
308 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  68.11 
 
 
314 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  67.8 
 
 
314 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  68.62 
 
 
316 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.9899e-06  unclonable  3.82336e-06 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  68.01 
 
 
313 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  67.49 
 
 
314 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  67.28 
 
 
315 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  66.16 
 
 
321 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  37.2 
 
 
340 aa  209  6e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  38.44 
 
 
302 aa  159  8e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  32.29 
 
 
348 aa  159  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  32.86 
 
 
342 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  31.41 
 
 
342 aa  157  3e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.45606e-07  unclonable  1.65223e-10 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  30.46 
 
 
361 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.69892e-08  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  31.61 
 
 
342 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  30.58 
 
 
338 aa  147  2e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  29.95 
 
 
354 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.55579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  29.95 
 
 
354 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.9607e-08  unclonable  3.54557e-12 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  31.23 
 
 
344 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.86852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  28.8 
 
 
365 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.36075e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  29.3 
 
 
346 aa  142  1e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.29455e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  30.4 
 
 
347 aa  141  1e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  31.65 
 
 
359 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  30.64 
 
 
353 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.31419e-06  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  31.42 
 
 
356 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.70281e-08  hitchhiker  4.79229e-07 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  31.36 
 
 
354 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  28.88 
 
 
369 aa  135  1e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  29.46 
 
 
354 aa  132  6e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.1631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  29.46 
 
 
354 aa  132  7e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  27.7 
 
 
372 aa  132  7e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  28.9 
 
 
354 aa  132  8e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  1.46698e-10 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  29.01 
 
 
354 aa  131  2e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  5.40368e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  27.73 
 
 
347 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  28.9 
 
 
354 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  31.61 
 
 
352 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.45814e-07  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  29.41 
 
 
354 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  4.57647e-05  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  28.12 
 
 
354 aa  129  5e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.94692e-05  decreased coverage  3.62774e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  28.57 
 
 
353 aa  127  2e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.1464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  31.34 
 
 
355 aa  125  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.35 
 
 
354 aa  123  4e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.96209e-05  hitchhiker  5.99213e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  27.08 
 
 
349 aa  122  9e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  28.96 
 
 
346 aa  120  2e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  26.76 
 
 
346 aa  119  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  27.79 
 
 
351 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  29.39 
 
 
342 aa  111  2e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  28.27 
 
 
345 aa  111  2e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  31.01 
 
 
362 aa  109  6e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  2.07768e-05  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  32.74 
 
 
345 aa  107  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.37994e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  26.79 
 
 
351 aa  106  7e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  30.56 
 
 
367 aa  93.2  5e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  8.64013e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  29.63 
 
 
342 aa  87.4  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  27.4 
 
 
339 aa  79  1e-13  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  6.3685e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  28.57 
 
 
350 aa  74.7  2e-12  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  27.06 
 
 
349 aa  70.9  3e-11  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  25.07 
 
 
336 aa  67.8  2e-10  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  29.03 
 
 
338 aa  67.4  3e-10  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  24.78 
 
 
336 aa  64.3  2e-09  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  25.68 
 
 
329 aa  62.8  8e-09  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  29.89 
 
 
319 aa  61.2  2e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  26.33 
 
 
373 aa  59.3  8e-08  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  31.39 
 
 
344 aa  59.3  9e-08  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  30.66 
 
 
344 aa  58.9  1e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1245  porin  25.08 
 
 
342 aa  58.9  1e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240847  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  30.66 
 
 
344 aa  58.5  2e-07  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  26.07 
 
 
352 aa  57.8  2e-07  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  26.07 
 
 
352 aa  57.8  2e-07  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  23.74 
 
 
327 aa  57.8  2e-07  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  25.08 
 
 
331 aa  57  4e-07  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  29.39 
 
 
351 aa  57  4e-07  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  5.17962e-07  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  30.06 
 
 
338 aa  56.6  6e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  4.23032e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  23.38 
 
 
326 aa  56.6  6e-07  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5850  porin  23.9 
 
 
366 aa  56.2  7e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  26.97 
 
 
365 aa  55.8  9e-07  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  8.69717e-14  unclonable  1.25637e-06 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2988  porin  24.5 
 
 
358 aa  54.7  2e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2569  porin  24.11 
 
 
365 aa  55.1  2e-06  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  2.37522e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2354  porin  24.5 
 
 
358 aa  54.7  2e-06  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296881  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2968  porin  24.5 
 
 
358 aa  54.7  2e-06  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  29.68 
 
 
368 aa  54.3  2e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  1.97819e-07  unclonable  2.88423e-18 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2878  porin  23.53 
 
 
358 aa  54.3  3e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.636826 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3015  porin  23.53 
 
 
358 aa  53.9  4e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  23.84 
 
 
361 aa  53.9  4e-06  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  5.0808e-06  unclonable  8.17359e-05 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2963  porin  24.84 
 
 
358 aa  53.5  4e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  22.6 
 
 
350 aa  53.9  4e-06  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  28.02 
 
 
385 aa  53.5  5e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  24.36 
 
 
333 aa  53.5  5e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  1.36886e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  26.23 
 
 
360 aa  53.5  5e-06  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  23.88 
 
 
358 aa  53.5  5e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  28.02 
 
 
385 aa  52.8  7e-06  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1114  porin  29.71 
 
 
365 aa  52.8  7e-06  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.600912 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3117  porin  25.76 
 
 
375 aa  52.8  8e-06  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0494554  normal  0.199472 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  24.93 
 
 
374 aa  52.8  8e-06  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  24.42 
 
 
351 aa  52.8  8e-06  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>