More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2274 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2274  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 392 aa  807    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.567279 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0802  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 381 aa  257  3e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3057  AraC family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 389 aa  233  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0161665  normal  0.0111828 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2999  response regulator receiver/GGDEF/EAL domain-containing protein  32.15 
 
 		 404 aa  227  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2491  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 385 aa  209  8e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3025  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 390 aa  204  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000202158 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2928  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 390 aa  200  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3808  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 377 aa  153  5.9999999999999996e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2495  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 379 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.939158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1391  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 379 aa  129  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1285  helix-turn-helix domain-containing protein  27.84 
 
 		 379 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112275  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2491  response regulator receiver protein  28.94 
 
 		 379 aa  118  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00299433  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3234  helix-turn-helix domain-containing protein  48.54 
 
 		 106 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2599  transcriptional regulator, AraC family  45.71 
 
 		 373 aa  109  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3167  response regulator receiver protein  26.72 
 
 		 406 aa  103  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6150  transcriptional regulator, AraC family  24.55 
 
 		 381 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4331  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 371 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248399  normal  0.118283 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0633  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 362 aa  97.1  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.311928  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2203  transcriptional regulator, AraC family  36.3 
 
 		 285 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0328064 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0135  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 391 aa  93.6  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0106255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1306  transcriptional regulator, AraC family  27.42 
 
 		 390 aa  92.8  9e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3101  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  42.73 
 
 		 389 aa  90.9  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.866891  normal  0.240373 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3858  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 393 aa  87.4  4e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0638  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 377 aa  86.7  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3165  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.32 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3712  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0841  AraC family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 392 aa  84  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.271665 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0538  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.214837  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3809  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 		 376 aa  83.2  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0537  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 349 aa  82.8  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.379134  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0018  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 358 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2407  transcriptional regulator, AraC family  23.13 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.411749  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3410  transcriptional regulator, AraC family  34.92 
 
 		 359 aa  81.3  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.493578  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4113  transcriptional regulator, AraC family  31.39 
 
 		 375 aa  80.1  0.00000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.197438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0404  AraC family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 399 aa  80.1  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2584  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 357 aa  80.1  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4147  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 438 aa  79.7  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0286987  normal  0.311664 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2170  helix-turn-helix, AraC type  35.51 
 
 		 328 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2262  transcriptional regulator, AraC family  33.94 
 
 		 335 aa  79.7  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2366  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 370 aa  79  0.0000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1555  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 385 aa  78.2  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294968  normal  0.931428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3153  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 364 aa  78.2  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1634  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 380 aa  76.6  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0879  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 363 aa  76.3  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0664  AraC family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 422 aa  75.1  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  42.05 
 
 		 515 aa  72.8  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2982  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.5 
 
 		 398 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.383323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2612  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 349 aa  72.4  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1109  hypothetical protein  30.99 
 
 		 352 aa  72  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0312  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 347 aa  71.2  0.00000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0426  helix-turn-helix domain-containing protein  30.37 
 
 		 349 aa  71.2  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0607795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1550  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 383 aa  70.1  0.00000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000434853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 513 aa  68.6  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1287  AraC family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.537021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 251 aa  64.7  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1276  transcriptional regulator AraC family  28.07 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0732  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 331 aa  62  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.576299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0106  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.01 
 
 		 394 aa  61.6  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1147  response regulator receiver protein  28.68 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4302  AraC family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2515  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 373 aa  60.8  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 309 aa  60.5  0.00000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1750  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 359 aa  60.5  0.00000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.4 
 
 		 339 aa  60.1  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  35.64 
 
 		 368 aa  60.1  0.00000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  26.58 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3497  AraC family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.27794  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1975  AraC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 367 aa  58.9  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2642  transcriptional regulator, AraC family  32.22 
 
 		 304 aa  58.9  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  35.16 
 
 		 386 aa  59.3  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  32.77 
 
 		 295 aa  59.7  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1459  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  29.1 
 
 		 198 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000164097 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3788  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  27.51 
 
 		 198 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3840  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  27.98 
 
 		 198 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3751  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  32.06 
 
 		 198 aa  58.9  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000128468 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  34.48 
 
 		 303 aa  58.5  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3034  two component AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 556 aa  58.2  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00618221  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 317 aa  57.8  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 760 aa  58.2  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0920  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 274 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.100818  normal  0.609356 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3508  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 196 aa  57.4  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0210792  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3027  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 331 aa  57.4  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0894472  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 253 aa  57  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  28.99 
 
 		 993 aa  57  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 301 aa  57  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3585  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  25.93 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3869  Ada regulatory protein/6-O-methylguanine-DNA methyltransferase  25.93 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7852  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  56.6  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.40387  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3485  AraC family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.781082  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1280  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 492 aa  56.6  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2794  helix-turn-helix domain-containing protein  34.52 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.474523 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  34.82 
 
 		 343 aa  56.2  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  35.23 
 
 		 301 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 310 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  30.61 
 
 		 295 aa  55.8  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  30.48 
 
 		 530 aa  56.2  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>