114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0413 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 132 aa  256  8e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  92.42 
 
 		 132 aa  237  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  92.42 
 
 		 132 aa  237  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  56.67 
 
 		 130 aa  140  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  51.59 
 
 		 133 aa  132  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 133 aa  114  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2831  helix-turn-helix domain-containing protein  45.38 
 
 		 124 aa  78.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.182633  normal  0.128352 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  56.92 
 
 		 130 aa  72  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1947  transcriptional regulator protein  36.75 
 
 		 210 aa  53.9  0.0000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  28.21 
 
 		 209 aa  51.2  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 146 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  34.94 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  36.36 
 
 		 109 aa  49.3  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  34.94 
 
 		 135 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  31.75 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  31.51 
 
 		 235 aa  48.5  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  34.33 
 
 		 114 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  34.33 
 
 		 114 aa  47.4  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 321 aa  47.4  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  38.81 
 
 		 225 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 125 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  35.29 
 
 		 293 aa  45.8  0.0002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  39.39 
 
 		 239 aa  45.8  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0322  helix-turn-helix/peptidase S24-like domain-containing protein  33.77 
 
 		 213 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.274392  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 139 aa  45.8  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 222 aa  45.4  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  36.47 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 139 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  32.35 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4115  putative phage repressor  38.46 
 
 		 248 aa  44.3  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.396113  hitchhiker  0.00000211881 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  34.18 
 
 		 131 aa  44.3  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08220  DNA-binding protein RDGA  38.1 
 
 		 196 aa  44.3  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  29.58 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 113 aa  43.5  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0337  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 135 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  29.58 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  29.58 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0666  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 150 aa  42.7  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 262 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7229  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 		 470 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  30.95 
 
 		 436 aa  42.7  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 262 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 358 aa  42.7  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  36.62 
 
 		 227 aa  42.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 106 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0576  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016932  normal  0.922143 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0638  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000543981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4549  hypothetical protein  37.66 
 
 		 236 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.583352  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  40.91 
 
 		 489 aa  42.4  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  34.85 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  31.82 
 
 		 263 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 273 aa  42  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 320 aa  42.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0551  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 210 aa  42.4  0.002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.401249  hitchhiker  0.0000933135 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 		 170 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1507  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 260 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00000450158  hitchhiker  0.000000420846 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  30.65 
 
 		 194 aa  42.7  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 197 aa  42  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 183 aa  42  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2653  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 110 aa  42  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200481  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 244 aa  42  0.003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 185 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  36.07 
 
 		 301 aa  42  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 122 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2814  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 128 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 140 aa  41.6  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00600  putative transcriptional regulator  32.61 
 
 		 127 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1953  normal  0.198014 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  43.08 
 
 		 230 aa  41.6  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  27.71 
 
 		 342 aa  41.6  0.004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2265  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 145 aa  41.2  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000780415  unclonable  0.00000217866 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 189 aa  41.6  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 189 aa  41.6  0.004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  32.81 
 
 		 240 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  28.57 
 
 		 214 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 163 aa  41.6  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  25.93 
 
 		 134 aa  41.2  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  32.39 
 
 		 134 aa  41.2  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2015  Cro/CI family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00850971  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  32.81 
 
 		 296 aa  41.2  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 229 aa  41.2  0.005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  32.81 
 
 		 240 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2810  putative repressor protein  38.1 
 
 		 219 aa  41.2  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0925721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  26.4 
 
 		 141 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6165  hypothetical protein  33.78 
 
 		 110 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203804  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  29.11 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 235 aa  40.8  0.006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  28.12 
 
 		 145 aa  40.8  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  29.11 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 277 aa  40.8  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  25.97 
 
 		 206 aa  40.8  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 189 aa  40.4  0.007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2256  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 117 aa  40.8  0.007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>