More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmob_1692 on replicon NC_010003
Organism: Petrotoga mobilis SJ95



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010003  Pmob_1692  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 305 aa  612  9.999999999999999e-175  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  48.71 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  47.08 
 
 		 309 aa  288  7e-77  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 		 308 aa  286  2e-76  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1046  tRNA pseudouridine synthase B  49.52 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  42.11 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1642  tRNA pseudouridine synthase B  39.24 
 
 		 283 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 304 aa  182  7e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  39.79 
 
 		 303 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0929  tRNA pseudouridine synthase B  37.96 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.590741  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2319  tRNA pseudouridine synthase B  34.75 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.163994  hitchhiker  0.00744574 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  35.69 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  44.29 
 
 		 249 aa  176  5e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0479  tRNA pseudouridine synthase B  42.45 
 
 		 291 aa  176  6e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 294 aa  175  8e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 310 aa  175  9e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  36.73 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  37.19 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl282  tRNA pseudouridine 5S synthase  42.48 
 
 		 286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000650748  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  34.92 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  37.25 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  36.94 
 
 		 297 aa  172  9e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  41.48 
 
 		 295 aa  172  9e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  38.84 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  38.15 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  35.94 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0640  tRNA pseudouridine synthase B  36.64 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.951154  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1054  tRNA pseudouridine synthase B  45.91 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000156302  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  35.62 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  39.19 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 283 aa  169  7e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  36.74 
 
 		 307 aa  168  9e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2978  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.09603e-22 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  38.84 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14640  tRNA pseudouridine synthase B  36.65 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.282471  normal  0.813553 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0918  tRNA pseudouridine synthase B  44.86 
 
 		 314 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 305 aa  166  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1288  tRNA pseudouridine synthase B  34.6 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  38.21 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1447  tRNA pseudouridine synthase B  37.41 
 
 		 299 aa  166  5e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000785982  normal  0.274975 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  37.91 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  33.69 
 
 		 291 aa  166  5.9999999999999996e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3849  tRNA pseudouridine synthase B  40.48 
 
 		 371 aa  166  6.9999999999999995e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0712752  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  34.28 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17741  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  44.86 
 
 		 314 aa  165  6.9999999999999995e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.971864 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1317  tRNA pseudouridine synthase B  33.91 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.583255 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  35.36 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  35.36 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  38.91 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0735  tRNA pseudouridine synthase B  37.59 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  32.78 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  40.87 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2771  tRNA pseudouridine synthase B  37.59 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3673  tRNA pseudouridine synthase B  34.98 
 
 		 294 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0760058  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5113  tRNA pseudouridine synthase B  34.28 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1232  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 306 aa  162  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  32.89 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  33.22 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  35.82 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0676  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000650493 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1313  pseudouridine synthase  37.06 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.702604  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2329  tRNA pseudouridine synthase B  37.78 
 
 		 302 aa  160  2e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208892 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1807  tRNA pseudouridine synthase B  36.43 
 
 		 340 aa  159  4e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.098308  normal  0.268652 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  35.29 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 306 aa  159  4e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14011  putative tRNA pseudouridine 55 synthase  37.34 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.276631 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  33.22 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  32.87 
 
 		 300 aa  159  7e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  35.31 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  32.89 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 		 302 aa  158  8e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1351  pseudouridine synthase  39.01 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.779318  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  32.56 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  32.56 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0816  tRNA pseudouridine synthase B  38.74 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0170651  normal  0.0612098 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  38.87 
 
 		 310 aa  157  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  32.86 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  39.65 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  32.9 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  39.65 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  39.65 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  31.76 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  32.16 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  38.06 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  36.87 
 
 		 289 aa  156  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  40.93 
 
 		 302 aa  155  6e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  36.4 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  40.38 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2321  tRNA pseudouridine synthase B  41.45 
 
 		 280 aa  155  7e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.411496  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  35.37 
 
 		 341 aa  155  7e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>