More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2729 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4560  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.06 
 
 
1342 aa  1629  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  2.63321e-10 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3652  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.05 
 
 
1368 aa  1642  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.220946  hitchhiker  6.67023e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4475  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.91 
 
 
1342 aa  1630  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0736818  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1041  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.21 
 
 
1312 aa  1243  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1428  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.06 
 
 
1270 aa  1146  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.894677  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2848  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.2 
 
 
1368 aa  1652  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.57 
 
 
1387 aa  2226  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2106  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.04 
 
 
1384 aa  1632  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0644464  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0232  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.18 
 
 
1259 aa  1278  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.200123  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.42 
 
 
1368 aa  1656  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716165 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0042  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.25 
 
 
1366 aa  1634  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.24956e-16 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3867  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.88 
 
 
1375 aa  1625  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2196  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.89 
 
 
1384 aa  1625  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.035759  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.3 
 
 
1374 aa  2192  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.56 
 
 
1368 aa  1660  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0158483  normal  0.343898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4697  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.62 
 
 
1343 aa  1630  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.117256  hitchhiker  3.43099e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3839  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  77.57 
 
 
1374 aa  2168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353736  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3314  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.4 
 
 
1368 aa  1641  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04530  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.98 
 
 
1383 aa  1664  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0997174  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.32 
 
 
1375 aa  2194  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.06 
 
 
1342 aa  1629  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0669661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0926  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.55 
 
 
1371 aa  1711  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2271  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.51 
 
 
1422 aa  1689  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0258  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.22 
 
 
1470 aa  1149  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0398012  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.06 
 
 
1342 aa  1629  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.4876 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4483  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.06 
 
 
1342 aa  1629  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.977508  hitchhiker  0.00153179 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.06 
 
 
1342 aa  1629  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  6.17327e-14 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0749  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.83 
 
 
1384 aa  1646  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.910245  normal  0.541943 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2679  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.46 
 
 
1303 aa  1154  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.20242  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0288  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.93 
 
 
1301 aa  1168  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.120882  normal  0.0261022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3687  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.79 
 
 
1374 aa  2248  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.335052  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.71 
 
 
1302 aa  1196  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.672728  hitchhiker  0.00209442 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.31 
 
 
1286 aa  1197  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1339  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.13 
 
 
1497 aa  1252  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0196  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.65 
 
 
1312 aa  1170  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.72 
 
 
1488 aa  1158  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4756  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.75 
 
 
1357 aa  1682  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4435  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.91 
 
 
1342 aa  1630  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.399722  decreased coverage  2.77463e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4038  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.91 
 
 
1342 aa  1630  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0403787  hitchhiker  0.00374316 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0277  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.84 
 
 
1342 aa  1640  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274525  normal  0.0126314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.4 
 
 
1343 aa  1625  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397573  unclonable  9.17955e-10 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.91 
 
 
1342 aa  1630  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00027001  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4220  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.91 
 
 
1342 aa  1630  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000188468  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.15 
 
 
1342 aa  1610  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.19 
 
 
1377 aa  1689  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.310876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.57 
 
 
1358 aa  2222  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2729  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  100 
 
 
1362 aa  2781  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.466939 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1782  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.43 
 
 
1182 aa  724  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3860  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.21 
 
 
1342 aa  1638  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00178402  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2221  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.99 
 
 
1416 aa  1692  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480629  decreased coverage  0.00212341 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1947  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.5 
 
 
1377 aa  2208  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.35 
 
 
1343 aa  1640  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0830  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.5 
 
 
1357 aa  1677  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4283  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.69 
 
 
1366 aa  1678  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.644597  hitchhiker  1.2374e-09 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0978  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  77.98 
 
 
1380 aa  2189  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.344498  normal  0.02017 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.05 
 
 
1343 aa  1638  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862378  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.4 
 
 
1141 aa  740  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0702  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.74 
 
 
1368 aa  1574  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.21 
 
 
1342 aa  1638  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.57 
 
 
1183 aa  746  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0794  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  76.99 
 
 
1360 aa  2129  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.235631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0477  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.67 
 
 
1357 aa  1682  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.3 
 
 
1238 aa  889  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.33 
 
 
1177 aa  880  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78 
 
 
1376 aa  2191  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.13 
 
 
1342 aa  1636  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102382  normal  0.453839 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0328  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.41 
 
 
1375 aa  1691  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.853361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0241  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.78 
 
 
1368 aa  1668  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.060417 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0510  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.28 
 
 
1370 aa  1636  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301661  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3687  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.12 
 
 
1278 aa  835  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.66 
 
 
1322 aa  1620  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.146327  hitchhiker  0.0018171 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16071  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.72 
 
 
1096 aa  720  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.614693  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.17 
 
 
1143 aa  712  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  72.38 
 
 
1378 aa  2030  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0579  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.47 
 
 
1183 aa  858  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.27 
 
 
1122 aa  725  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0316  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.26 
 
 
1388 aa  1613  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.376898  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.91 
 
 
1342 aa  1642  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0099  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.04 
 
 
1190 aa  888  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  61.47 
 
 
1126 aa  785  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.21 
 
 
1149 aa  715  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2072  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.01 
 
 
1363 aa  1545  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.244154  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.66 
 
 
1227 aa  729  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  50.62 
 
 
1176 aa  879  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2781  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.05 
 
 
1363 aa  1499  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23930  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.35 
 
 
1162 aa  721  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.268033  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.36 
 
 
1235 aa  801  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20950  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.19 
 
 
1161 aa  721  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.81555  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0426  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.43 
 
 
1269 aa  1202  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.277885  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1778  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.56 
 
 
1103 aa  744  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03800  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.03 
 
 
1170 aa  717  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1710  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.93 
 
 
1269 aa  1186  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.845619 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  60.75 
 
 
1403 aa  1662  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002173  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  58.15 
 
 
1342 aa  1609  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1108  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  50.36 
 
 
1279 aa  1273  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.10244  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00025  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  48.32 
 
 
1270 aa  1223  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5116  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.42 
 
 
1155 aa  714  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.303948 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0543  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.26 
 
 
1155 aa  747  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174564  normal  0.14479 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0753  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.75 
 
 
1170 aa  711  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.09 
 
 
1173 aa  872  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>