More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0353 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47 
 
 		 1342 aa  1239    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47 
 
 		 1342 aa  1239    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0589  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.99 
 
 		 1252 aa  1041    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.09 
 
 		 1370 aa  1313    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0447  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.77 
 
 		 1357 aa  1257    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807 
 
 
-
 
NC_002950  PG0394  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.79 
 
 		 1269 aa  993    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.23 
 
 		 1167 aa  681    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.73 
 
 		 1183 aa  714    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.8 
 
 		 1358 aa  1201    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'  43.59 
 
 		 2837 aa  1132    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.6 
 
 		 1368 aa  1234    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.62 
 
 		 1177 aa  729    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.907147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4769  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.13 
 
 		 1342 aa  1219    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.52 
 
 		 1378 aa  2044    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.34 
 
 		 1191 aa  676    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.68 
 
 		 1377 aa  1262    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.24 
 
 		 1345 aa  1244    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.77 
 
 		 1357 aa  1256    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.62 
 
 		 1177 aa  729    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.62 
 
 		 1177 aa  729    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0096  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.62 
 
 		 1177 aa  729    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.28 
 
 		 1368 aa  1238    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.29 
 
 		 1368 aa  1239    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.62 
 
 		 1357 aa  1255    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1887  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.72 
 
 		 1372 aa  1216    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.37 
 
 		 1427 aa  941    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0286177 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  45.66 
 
 		 1346 aa  1199    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428905 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.56 
 
 		 1368 aa  1242    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.17 
 
 		 1380 aa  1176    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.410065  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47.08 
 
 		 1359 aa  1248    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.32 
 
 		 1380 aa  1274    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.69 
 
 		 1368 aa  1235    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47.65 
 
 		 1359 aa  1251    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5086  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.84 
 
 		 1357 aa  1253    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0807983  normal  0.53434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.8 
 
 		 1377 aa  1258    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.92 
 
 		 1368 aa  1301    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.4 
 
 		 1368 aa  1238    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.82 
 
 		 1301 aa  1014    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.768715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0357  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.66 
 
 		 1300 aa  1008    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.6 
 
 		 1370 aa  1303    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.16 
 
 		 1375 aa  1237    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0288  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.25 
 
 		 1352 aa  1228    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.62 
 
 		 1177 aa  729    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 		 1381 aa  2836    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0233  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.4 
 
 		 1312 aa  1024    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0759  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.4 
 
 		 1357 aa  1236    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0747  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.82 
 
 		 1382 aa  1268    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712795  decreased coverage  0.00979449 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.56 
 
 		 1393 aa  1268    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.76 
 
 		 1141 aa  645    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.69 
 
 		 1368 aa  1238    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.25 
 
 		 1422 aa  1245    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00025  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  42.02 
 
 		 1270 aa  1006    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.54 
 
 		 1390 aa  1266    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.83 
 
 		 1392 aa  1219    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0678  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  44.99 
 
 		 1358 aa  1149    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.299005  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0952  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.88 
 
 		 1380 aa  1171    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.39 
 
 		 1385 aa  1241    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.28 
 
 		 1350 aa  1222    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.115444  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.63 
 
 		 1361 aa  1254    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.36 
 
 		 1373 aa  1278    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0272  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.35 
 
 		 1390 aa  1238    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4442  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.65 
 
 		 1370 aa  1237    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0306  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.55 
 
 		 1368 aa  1227    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.32 
 
 		 1343 aa  1236    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.29 
 
 		 1374 aa  1281    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.49 
 
 		 1358 aa  1236    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.431195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.45 
 
 		 1380 aa  1280    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.72 
 
 		 1372 aa  1214    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3334  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.63 
 
 		 1368 aa  1245    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0502  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  45.85 
 
 		 1340 aa  1187    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.60191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.35 
 
 		 1489 aa  1180    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.36 
 
 		 1379 aa  1275    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.78 
 
 		 1392 aa  1264    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.55 
 
 		 1368 aa  1239    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0206  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.39 
 
 		 1342 aa  1219    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.255589  hitchhiker  0.000288245 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.39 
 
 		 1342 aa  1202    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.487208  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.02 
 
 		 1379 aa  1291    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42 
 
 		 1291 aa  1026    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42 
 
 		 1234 aa  690    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42 
 
 		 1234 aa  690    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.48 
 
 		 1342 aa  1240    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.37 
 
 		 1325 aa  1231    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.24 
 
 		 1345 aa  1243    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.69 
 
 		 1355 aa  1234    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.11 
 
 		 1343 aa  1237    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  54.37 
 
 		 1107 aa  643    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.16 
 
 		 1357 aa  1271    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.4 
 
 		 1368 aa  1239    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.88 
 
 		 1357 aa  1253    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.14 
 
 		 1196 aa  682    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  41.15 
 
 		 1197 aa  669    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  40.64 
 
 		 1212 aa  666    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.19 
 
 		 1202 aa  667    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.13 
 
 		 1193 aa  681    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.55 
 
 		 1368 aa  1239    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.85 
 
 		 1370 aa  1249    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47.72 
 
 		 1360 aa  1258    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.24 
 
 		 1345 aa  1242    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.91 
 
 		 1358 aa  1261    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.982891  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1316  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.41 
 
 		 1379 aa  2044    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0378497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>