More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0183 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.34 
 
 
1342 aa  665    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  60.34 
 
 
1342 aa  665    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0603  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.7 
 
 
1272 aa  796    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.94 
 
 
1370 aa  852    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.6 
 
 
1167 aa  1087    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 
1183 aa  2425    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.53 
 
 
1358 aa  865    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.17 
 
 
1368 aa  800    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  81.05 
 
 
1177 aa  1949    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.907147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4769  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.37 
 
 
1342 aa  825    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.25 
 
 
1378 aa  717    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.73 
 
 
1191 aa  1675    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.95 
 
 
1377 aa  884    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.76 
 
 
1345 aa  656    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47.15 
 
 
1357 aa  822    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  80.88 
 
 
1177 aa  1947    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  81.05 
 
 
1177 aa  1949    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.39 
 
 
1284 aa  1155    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0096  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  81.05 
 
 
1177 aa  1949    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.21 
 
 
1368 aa  849    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.21 
 
 
1368 aa  849    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.94 
 
 
1357 aa  822    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.84 
 
 
1427 aa  681    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0286177 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.94 
 
 
1155 aa  1040    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.04 
 
 
1095 aa  959    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.96 
 
 
1368 aa  803    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  60.92 
 
 
1359 aa  664    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.74 
 
 
1380 aa  887    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.5 
 
 
1117 aa  988    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.42 
 
 
1368 aa  796    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47.77 
 
 
1359 aa  818    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.81 
 
 
1377 aa  686    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.42 
 
 
1368 aa  850    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.85 
 
 
1368 aa  799    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.8 
 
 
1097 aa  957    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.43 
 
 
1097 aa  954    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.29 
 
 
1370 aa  846    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.71 
 
 
1375 aa  801    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0288  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  44.58 
 
 
1352 aa  806    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  80.88 
 
 
1177 aa  1947    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.73 
 
 
1381 aa  714    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.59 
 
 
1097 aa  972    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.41 
 
 
1100 aa  961    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0759  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.89 
 
 
1357 aa  808    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0070  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.04 
 
 
1287 aa  1160    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.81 
 
 
1393 aa  691    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.8 
 
 
1141 aa  1183    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.74 
 
 
1368 aa  796    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.04 
 
 
1422 aa  850    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.53 
 
 
1141 aa  1038    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.89 
 
 
1390 aa  702    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.33 
 
 
1392 aa  836    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0678  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  43.61 
 
 
1358 aa  730    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.299005  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.38 
 
 
1385 aa  664    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.89 
 
 
1361 aa  827    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50 
 
 
1373 aa  884    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0306  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.79 
 
 
1368 aa  789    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.81 
 
 
1343 aa  650    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50 
 
 
1374 aa  886    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.92 
 
 
1358 aa  828    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.431195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.74 
 
 
1380 aa  889    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3334  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.01 
 
 
1368 aa  801    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11598  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0502  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.74 
 
 
1340 aa  832    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.60191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.6 
 
 
1489 aa  771    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0636  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.13 
 
 
1152 aa  1093    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.14 
 
 
1379 aa  679    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.84 
 
 
1392 aa  848    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.95 
 
 
1368 aa  800    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0969  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.28 
 
 
1166 aa  1044    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  65.92 
 
 
1141 aa  1028    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  50.94 
 
 
1379 aa  896    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.16 
 
 
1234 aa  1562    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.16 
 
 
1234 aa  1562    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.38 
 
 
1342 aa  657    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.46 
 
 
1102 aa  965    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.76 
 
 
1325 aa  656    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.76 
 
 
1345 aa  656    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.43 
 
 
1355 aa  659    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.35 
 
 
1343 aa  650    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  69.22 
 
 
1107 aa  1146    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.69 
 
 
1357 aa  879    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.53 
 
 
1368 aa  797    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.22 
 
 
1357 aa  833    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.81 
 
 
1196 aa  1642    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  66.07 
 
 
1197 aa  1591    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.01 
 
 
1212 aa  1669    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.32 
 
 
1202 aa  1630    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.65 
 
 
1193 aa  1672    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2984  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.48 
 
 
1171 aa  1026    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.816436  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.95 
 
 
1368 aa  800    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49 
 
 
1370 aa  851    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  61.32 
 
 
1360 aa  663    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.76 
 
 
1345 aa  656    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.94 
 
 
1169 aa  1046    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1316  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  41.16 
 
 
1379 aa  692    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0378497  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0673  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.84 
 
 
1499 aa  665    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0747  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  49.38 
 
 
1382 aa  865    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712795  decreased coverage  0.00979449 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0711  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.77 
 
 
1166 aa  1029    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0987  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.28 
 
 
1172 aa  1044    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.65546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.2 
 
 
1346 aa  801    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>