More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0573 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.77 
 
 		 1342 aa  707    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.77 
 
 		 1342 aa  707    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0589  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.97 
 
 		 1252 aa  705    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0603  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.92 
 
 		 1272 aa  1195    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.13 
 
 		 1370 aa  757    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0447  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.02 
 
 		 1357 aa  696    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.34 
 
 		 1167 aa  986    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0183  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.53 
 
 		 1183 aa  1037    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0702536  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.03 
 
 		 1358 aa  716    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.67 
 
 		 1368 aa  696    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.78 
 
 		 1177 aa  1091    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.907147  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61 
 
 		 1191 aa  1007    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.93 
 
 		 1377 aa  741    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.59 
 
 		 1345 aa  716    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.19 
 
 		 1357 aa  694    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.54 
 
 		 1177 aa  1089    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.78 
 
 		 1177 aa  1091    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.65 
 
 		 1284 aa  892    Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0096  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.78 
 
 		 1177 aa  1091    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.54 
 
 		 1368 aa  721    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.54 
 
 		 1368 aa  721    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.19 
 
 		 1357 aa  695    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1887  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.25 
 
 		 1372 aa  715    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  81.13 
 
 		 1155 aa  1929    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1016  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.77 
 
 		 1095 aa  1199    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0988562  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.33 
 
 		 1368 aa  698    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  58.32 
 
 		 1359 aa  704    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.03 
 
 		 1380 aa  758    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.12 
 
 		 1117 aa  1224    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.86 
 
 		 1368 aa  693    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  59.02 
 
 		 1359 aa  717    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5086  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.36 
 
 		 1357 aa  697    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0807983  normal  0.53434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.7 
 
 		 1377 aa  752    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.79 
 
 		 1368 aa  755    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.69 
 
 		 1368 aa  691    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0605  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.65 
 
 		 1097 aa  1210    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2067  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.74 
 
 		 1097 aa  1207    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.883429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.77 
 
 		 1370 aa  759    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.83 
 
 		 1375 aa  716    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.54 
 
 		 1177 aa  1089    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1578  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.58 
 
 		 1097 aa  1210    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.702205  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.76 
 
 		 1100 aa  1224    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0070  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.21 
 
 		 1287 aa  899    Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.48 
 
 		 1393 aa  748    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.52 
 
 		 1141 aa  1483    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.03 
 
 		 1368 aa  695    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.91 
 
 		 1422 aa  772    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 		 1141 aa  2328    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.6 
 
 		 1390 aa  756    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.16 
 
 		 1392 aa  739    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.89 
 
 		 1385 aa  727    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.13 
 
 		 1361 aa  699    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.8 
 
 		 1373 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.75 
 
 		 1343 aa  716    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.6 
 
 		 1374 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.7 
 
 		 1380 aa  756    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.99 
 
 		 1372 aa  714    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0502999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3334  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58 
 
 		 1368 aa  696    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0502  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.34 
 
 		 1340 aa  702    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.60191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.81 
 
 		 1489 aa  702    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0636  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.1 
 
 		 1152 aa  1130    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.23 
 
 		 1379 aa  743    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.86 
 
 		 1392 aa  756    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.83 
 
 		 1368 aa  690    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0969  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.29 
 
 		 1166 aa  1844    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2162  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  61.62 
 
 		 1141 aa  1378    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.906254  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.29 
 
 		 1379 aa  747    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.18 
 
 		 1291 aa  727    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.87 
 
 		 1234 aa  1097    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.87 
 
 		 1234 aa  1095    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.5 
 
 		 1342 aa  704    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2939  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.07 
 
 		 1102 aa  1213    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.42 
 
 		 1325 aa  714    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.42 
 
 		 1345 aa  714    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.36 
 
 		 1355 aa  720    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.59 
 
 		 1343 aa  712    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  60.85 
 
 		 1107 aa  1397    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.54 
 
 		 1357 aa  746    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.53 
 
 		 1368 aa  691    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.61 
 
 		 1357 aa  702    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.08 
 
 		 1196 aa  1020    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  60.49 
 
 		 1197 aa  995    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.65 
 
 		 1212 aa  1048    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61.16 
 
 		 1202 aa  1009    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  61 
 
 		 1193 aa  1010    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2984  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  74.59 
 
 		 1171 aa  1758    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.816436  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.83 
 
 		 1368 aa  690    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  60.97 
 
 		 1370 aa  743    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.66 
 
 		 1360 aa  735    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.42 
 
 		 1345 aa  714    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  80.5 
 
 		 1169 aa  1924    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0747  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.2 
 
 		 1382 aa  736    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712795  decreased coverage  0.00979449 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0711  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.9 
 
 		 1166 aa  1845    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0206  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.72 
 
 		 1342 aa  714    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.255589  hitchhiker  0.000288245 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0987  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.29 
 
 		 1172 aa  1844    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.65546 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  55.99 
 
 		 1346 aa  699    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00428905 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1257  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.99 
 
 		 1161 aa  1834    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568598 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0712  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.86 
 
 		 1358 aa  697    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.982891  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.17 
 
 		 1372 aa  702    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.746649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.18 
 
 		 1374 aa  691    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>