More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0447 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.91 
 
 
1342 aa  2036    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.105802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4008  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  71.91 
 
 
1342 aa  2036    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0589  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.89 
 
 
1252 aa  1159    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2863  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.36 
 
 
1370 aa  1685    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0447  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 
1357 aa  2778    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.4615  unclonable  0.00000104807 
 
 
-
 
NC_002950  PG0394  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.3 
 
 
1269 aa  1103    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2421  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.98 
 
 
1167 aa  832    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.142717  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1066  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  72.43 
 
 
1358 aa  2048    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.369234  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta/beta'  48.69 
 
 
2837 aa  1110    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3034  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.62 
 
 
1368 aa  1872    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0207324 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.86 
 
 
1177 aa  821    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.907147  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4769  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.47 
 
 
1342 aa  2016    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.55 
 
 
1378 aa  1235    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0160  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.94 
 
 
1191 aa  786    Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1243  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.85 
 
 
1377 aa  1673    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.510388  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0224  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.19 
 
 
1345 aa  1988    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0619  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  94.69 
 
 
1357 aa  2650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.739155  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.97 
 
 
1177 aa  822    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0098  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.86 
 
 
1177 aa  821    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0096  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.86 
 
 
1177 aa  821    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0387  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.41 
 
 
1368 aa  2029    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0362  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.48 
 
 
1368 aa  2034    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4555  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  94.62 
 
 
1357 aa  2650    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00695009 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1887  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  69.88 
 
 
1372 aa  1946    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0312  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.78 
 
 
1427 aa  1350    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0286177 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2654  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.05 
 
 
1155 aa  701    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.679256  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.37 
 
 
1368 aa  1858    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.544144  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.84 
 
 
1380 aa  1426    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.410065  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0398  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  68.7 
 
 
1359 aa  1928    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0653652  normal  0.0371296 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1350  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.88 
 
 
1380 aa  1658    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0511813  normal  0.845887 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4207  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.27 
 
 
1117 aa  691    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3786  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.3 
 
 
1368 aa  1882    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2331  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  71.76 
 
 
1359 aa  2004    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5086  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  95.28 
 
 
1357 aa  2660    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0807983  normal  0.53434 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1699  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.91 
 
 
1377 aa  1640    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0694  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.81 
 
 
1368 aa  1649    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.46808  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3439  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.45 
 
 
1368 aa  1887    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.39818 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1962  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.75 
 
 
1301 aa  1114    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.768715  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0357  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.4 
 
 
1300 aa  1118    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0619  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.08 
 
 
1370 aa  1674    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000502856 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2997  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  54.3 
 
 
1375 aa  1479    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0288  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  67.89 
 
 
1352 aa  1929    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0102  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.97 
 
 
1177 aa  822    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0353  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.77 
 
 
1381 aa  1257    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1522  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58 
 
 
1100 aa  689    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.18343 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0759  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.7 
 
 
1357 aa  1907    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2695  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.91 
 
 
1393 aa  1669    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2468  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.64 
 
 
1141 aa  730    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716537 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3076  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.23 
 
 
1368 aa  1880    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.64 
 
 
1422 aa  1592    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0573  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.02 
 
 
1141 aa  696    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2285  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.36 
 
 
1390 aa  1646    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0576876  normal  0.366235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0024  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.93 
 
 
1392 aa  1635    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0678  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  49.96 
 
 
1358 aa  1325    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.299005  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0952  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  51.84 
 
 
1380 aa  1433    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0568  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.11 
 
 
1385 aa  1632    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.941099 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3592  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.12 
 
 
1350 aa  1781    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.115444  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0924  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.72 
 
 
1361 aa  2254    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.235944  hitchhiker  0.0000468436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3458  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.54 
 
 
1373 aa  1639    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0272  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.93 
 
 
1390 aa  1912    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000261806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4442  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.99 
 
 
1370 aa  1789    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0306  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.72 
 
 
1368 aa  1869    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0163  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.07 
 
 
1343 aa  1976    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0257445  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3195  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.91 
 
 
1374 aa  1650    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0414  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  78.33 
 
 
1358 aa  2202    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.431195  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1531  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.44 
 
 
1380 aa  1653    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  69.88 
 
 
1372 aa  1936    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0502999 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3334  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.67 
 
 
1368 aa  1860    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11598  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0502  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  69.81 
 
 
1340 aa  1957    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.60191  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4676  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  52.63 
 
 
1489 aa  1396    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.765247  hitchhiker  0.00735061 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0234  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.08 
 
 
1379 aa  1637    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.13 
 
 
1392 aa  1677    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.792933  normal  0.131501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2767  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.52 
 
 
1368 aa  1887    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0969  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.88 
 
 
1166 aa  689    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0598  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.06 
 
 
1342 aa  1990    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.487208  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1819  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.88 
 
 
1379 aa  1642    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3169  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.65 
 
 
1291 aa  1154    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2722  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.66 
 
 
1234 aa  840    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.304828  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2408  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.66 
 
 
1234 aa  840    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0154863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1565  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.05 
 
 
1342 aa  1967    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.12 
 
 
1325 aa  1956    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.167231  hitchhiker  0.000258915 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0187  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.26 
 
 
1345 aa  1990    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.248481  normal  0.0219546 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0451  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  73.22 
 
 
1355 aa  2056    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.24 
 
 
1343 aa  1974    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.683785  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2341  DNA-directed RNA polymerase  57.67 
 
 
1107 aa  704    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1802  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.03 
 
 
1357 aa  1616    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.817598  normal  0.172687 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0259  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.3 
 
 
1368 aa  1886    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.84046  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08760  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  93.15 
 
 
1357 aa  2611    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00338261 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1981  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.58 
 
 
1196 aa  781    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1375  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit  43.82 
 
 
1197 aa  755    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0284  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.39 
 
 
1212 aa  764    Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000140323 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1825  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.13 
 
 
1202 aa  746    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1845  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.25 
 
 
1193 aa  799    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2984  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.13 
 
 
1171 aa  713    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.816436  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.52 
 
 
1368 aa  1887    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1549  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.01 
 
 
1370 aa  1590    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0840  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  60.44 
 
 
1360 aa  1692    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00386613 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0192  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  70.19 
 
 
1345 aa  1987    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.409883  hitchhiker  0.000180599 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0299  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.25 
 
 
1169 aa  705    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.289387 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1316  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.54 
 
 
1379 aa  1232    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0378497  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>