138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2346 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2346  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 392 aa  803    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104931  normal  0.0105772 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1122  restriction endonuclease S subunits-like  35.84 
 
 		 428 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.878738  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.01 
 
 		 422 aa  125  9e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1093  restriction modification system DNA specificity subunit  45.45 
 
 		 394 aa  125  9e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.614941  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  37.7 
 
 		 391 aa  124  2e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  36.99 
 
 		 395 aa  122  8e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  35.35 
 
 		 401 aa  120  6e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.88 
 
 		 409 aa  116  6e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  40.33 
 
 		 500 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  32.32 
 
 		 403 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  32.32 
 
 		 403 aa  105  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  30.37 
 
 		 417 aa  103  4e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.46 
 
 		 424 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  31.94 
 
 		 405 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  29.62 
 
 		 407 aa  100  5e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0504  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.09 
 
 		 408 aa  94  4e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  31.34 
 
 		 416 aa  92.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  33.86 
 
 		 590 aa  91.3  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  29.32 
 
 		 427 aa  88.2  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  28.01 
 
 		 420 aa  87.4  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  29.32 
 
 		 435 aa  87.8  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  28.96 
 
 		 413 aa  87  5e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  29.53 
 
 		 423 aa  85.5  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  29.33 
 
 		 437 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.77 
 
 		 388 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  34.06 
 
 		 374 aa  84  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  27.02 
 
 		 399 aa  84  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  26.75 
 
 		 415 aa  82  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  26.63 
 
 		 425 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  23.67 
 
 		 420 aa  79.3  0.00000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3120  hypothetical protein  34.67 
 
 		 233 aa  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.239583  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  27.53 
 
 		 439 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  23.22 
 
 		 417 aa  77  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  27.87 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  25.86 
 
 		 419 aa  73.2  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.09 
 
 		 477 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  26.23 
 
 		 435 aa  72  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  22.57 
 
 		 393 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.28 
 
 		 453 aa  70.1  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0895  N-6 DNA methylase  28.82 
 
 		 834 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  21.26 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.1 
 
 		 520 aa  67.8  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.13 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  25.18 
 
 		 435 aa  67.4  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  23.27 
 
 		 400 aa  66.2  0.0000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 429 aa  66.2  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  26.87 
 
 		 428 aa  65.5  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  25.57 
 
 		 438 aa  64.3  0.000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  26.06 
 
 		 429 aa  63.5  0.000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.19 
 
 		 442 aa  62.8  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  28.95 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  28.32 
 
 		 425 aa  62  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  29.15 
 
 		 387 aa  62  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  26.78 
 
 		 425 aa  62  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  24.56 
 
 		 436 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  26.01 
 
 		 417 aa  61.2  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  24.26 
 
 		 414 aa  61.2  0.00000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  25 
 
 		 562 aa  60.8  0.00000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  24.31 
 
 		 382 aa  60.5  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03150  hypothetical protein  27.78 
 
 		 182 aa  58.9  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.223184  hitchhiker  0.0000000000000424002 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  25.13 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  31.58 
 
 		 403 aa  58.5  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  26.97 
 
 		 422 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  25.13 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  27.89 
 
 		 426 aa  58.5  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1851  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  24.52 
 
 		 194 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.51 
 
 		 462 aa  57.4  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0198  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.35 
 
 		 386 aa  56.2  0.0000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.719886  decreased coverage  0.000218103 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  22.6 
 
 		 417 aa  56.2  0.0000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.95 
 
 		 413 aa  55.5  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.36 
 
 		 417 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26 
 
 		 511 aa  54.7  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.49 
 
 		 429 aa  54.7  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  27.07 
 
 		 427 aa  54.3  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  19.45 
 
 		 410 aa  54.3  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  21.34 
 
 		 476 aa  53.5  0.000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.96 
 
 		 423 aa  53.5  0.000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  25.09 
 
 		 413 aa  52.8  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.17 
 
 		 432 aa  52.8  0.00001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.16 
 
 		 400 aa  52.8  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.22 
 
 		 457 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  24.36 
 
 		 460 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.05 
 
 		 400 aa  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  26.62 
 
 		 413 aa  51.2  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1852  anti-codon nuclease masking agent  23.81 
 
 		 165 aa  51.2  0.00003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.11 
 
 		 441 aa  51.2  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1260  restriction modification system DNA specificity subunit  21.92 
 
 		 385 aa  50.8  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.03 
 
 		 442 aa  50.4  0.00005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  22.11 
 
 		 208 aa  50.8  0.00005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  21.89 
 
 		 303 aa  50.1  0.00006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  20.83 
 
 		 354 aa  50.1  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.96 
 
 		 390 aa  50.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  23.58 
 
 		 419 aa  49.3  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.35 
 
 		 419 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0871  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 		 211 aa  48.9  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  25.68 
 
 		 453 aa  48.9  0.0001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  22.89 
 
 		 461 aa  49.3  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  36.96 
 
 		 429 aa  48.5  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  20.94 
 
 		 380 aa  47.8  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  31.31 
 
 		 419 aa  47.8  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>