More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1371 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 
361 aa  689    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  32.33 
 
 
362 aa  149  7e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  32.33 
 
 
360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  38.93 
 
 
367 aa  144  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.65 
 
 
797 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.35 
 
 
883 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  37.55 
 
 
601 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  37.71 
 
 
582 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  40.95 
 
 
431 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.3 
 
 
766 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  33.97 
 
 
356 aa  133  6e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.59 
 
 
596 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.03 
 
 
590 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.86 
 
 
584 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  34.02 
 
 
351 aa  129  7.000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  34.22 
 
 
352 aa  129  9.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.57 
 
 
605 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.3 
 
 
773 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  34.21 
 
 
306 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.91 
 
 
379 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.33 
 
 
734 aa  126  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.75 
 
 
743 aa  125  1e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
357 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.13 
 
 
599 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.99 
 
 
632 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  35.86 
 
 
260 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  34.96 
 
 
259 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.09 
 
 
786 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  35.42 
 
 
340 aa  119  6e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  33.33 
 
 
260 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  32.19 
 
 
592 aa  119  7.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.44 
 
 
819 aa  119  7.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  34.02 
 
 
590 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0522  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.18 
 
 
527 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.749602  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  35.87 
 
 
357 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  29.88 
 
 
256 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  32.67 
 
 
590 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
581 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.51 
 
 
753 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.27 
 
 
572 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.71 
 
 
611 aa  114  3e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.8 
 
 
584 aa  114  3e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  31.98 
 
 
584 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  33.55 
 
 
371 aa  113  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.54 
 
 
409 aa  113  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.38 
 
 
583 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  31.58 
 
 
584 aa  112  9e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.04 
 
 
585 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.38 
 
 
584 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.96 
 
 
1021 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.38 
 
 
583 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.38 
 
 
585 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  36.89 
 
 
416 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.75 
 
 
616 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.38 
 
 
585 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.38 
 
 
585 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  32.43 
 
 
263 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1119  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.52 
 
 
868 aa  110  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.135201  normal  0.145859 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  29.82 
 
 
437 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1072  hypothetical protein  34.63 
 
 
985 aa  109  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
265 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.08 
 
 
580 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  34.76 
 
 
265 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.2 
 
 
616 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
765 aa  108  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795065  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1624  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.3 
 
 
673 aa  108  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001211  sensory box/GGDEF family protein ScrC (involved in swarmer cell regulation)  28.63 
 
 
776 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  33.33 
 
 
257 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0533  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.36 
 
 
970 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.935916 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.76 
 
 
283 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2220  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.17 
 
 
971 aa  107  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00060546  normal  0.0976665 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.93 
 
 
946 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.319418  normal  0.0964053 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.03 
 
 
779 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
262 aa  106  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2390  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.03 
 
 
779 aa  107  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  32.91 
 
 
239 aa  106  8e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  32.75 
 
 
258 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  34.8 
 
 
410 aa  105  8e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.13 
 
 
642 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.376143  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.69 
 
 
590 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 
950 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.491225 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2774  diguanylate cyclase  34.35 
 
 
954 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.158121  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0632  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.92 
 
 
965 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0919464 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3848  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.74 
 
 
703 aa  105  2e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.343403  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5213  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.38 
 
 
813 aa  105  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000504339  normal  0.176333 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3001  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.35 
 
 
954 aa  104  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.140152 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  32.75 
 
 
258 aa  105  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  30.26 
 
 
568 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0689  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and periplasmic/7TM domain sensor(s)  32.89 
 
 
965 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6207  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.58 
 
 
1117 aa  103  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.238259  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.88 
 
 
633 aa  103  4e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  27.63 
 
 
253 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.24 
 
 
1413 aa  103  6e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  33.74 
 
 
332 aa  103  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  29.41 
 
 
413 aa  103  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1742  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 
790 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.451228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 
790 aa  102  7e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0493  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.91 
 
 
573 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0969202  normal  0.0933815 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.76 
 
 
689 aa  102  9e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.61 
 
 
790 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>