More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2995 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2995  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 308 aa  615  1e-175  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.34011  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  76.87 
 
 		 308 aa  486  1e-136  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.33 
 
 		 304 aa  444  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.33 
 
 		 304 aa  444  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  72.94 
 
 		 308 aa  441  1e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.33 
 
 		 304 aa  444  1e-123  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5746  pseudouridine synthase, RluA family  72.7 
 
 		 310 aa  442  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  72.08 
 
 		 308 aa  439  9.999999999999999e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11573  pseudouridylate synthase  73.18 
 
 		 308 aa  438  9.999999999999999e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  72.61 
 
 		 309 aa  437  1e-121  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  70.39 
 
 		 309 aa  431  1e-120  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  64.17 
 
 		 313 aa  394  1e-108  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5735  pseudouridine synthase, RluA family  64.92 
 
 		 312 aa  393  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22700  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  66.56 
 
 		 311 aa  392  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.17143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  68.32 
 
 		 313 aa  388  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  68.08 
 
 		 309 aa  389  1e-107  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4000  pseudouridine synthase RluA family  66.34 
 
 		 312 aa  389  1e-107  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.782666 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  66.89 
 
 		 313 aa  386  1e-106  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.94 
 
 		 309 aa  387  1e-106  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  64.88 
 
 		 308 aa  387  1e-106  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67 
 
 		 312 aa  387  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  66.34 
 
 		 314 aa  382  1e-105  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3188  pseudouridine synthase, RluA family  66.88 
 
 		 307 aa  375  1e-103  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.337422 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  63.93 
 
 		 309 aa  377  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  67 
 
 		 308 aa  376  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  63.4 
 
 		 309 aa  371  1e-102  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  65.79 
 
 		 314 aa  372  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  63.19 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  67.88 
 
 		 310 aa  371  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  62.09 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.69 
 
 		 314 aa  369  1e-101  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  63.19 
 
 		 309 aa  365  1e-100  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  67.43 
 
 		 311 aa  366  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  66.12 
 
 		 315 aa  366  1e-100  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  60.26 
 
 		 310 aa  366  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.31 
 
 		 320 aa  335  7e-91  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  47.52 
 
 		 321 aa  291  1e-77  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0141  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  56.89 
 
 		 258 aa  224  1e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.230336  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.69 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.87 
 
 		 308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  41.36 
 
 		 302 aa  212  7.999999999999999e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  43.19 
 
 		 331 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.5 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  41.96 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  43.93 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  38.28 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  40.91 
 
 		 305 aa  208  9e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.95 
 
 		 306 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.83 
 
 		 304 aa  207  3e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  41.44 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  40.27 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  41.06 
 
 		 304 aa  202  9e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.68 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  43.71 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  44.48 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  39.86 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.84 
 
 		 301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  43.41 
 
 		 313 aa  199  6e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  42.3 
 
 		 326 aa  198  7.999999999999999e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.46 
 
 		 296 aa  198  7.999999999999999e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  35.65 
 
 		 313 aa  198  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.73 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.39 
 
 		 311 aa  197  3e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.13 
 
 		 303 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  40.54 
 
 		 304 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  37.34 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  40.32 
 
 		 329 aa  192  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  40.46 
 
 		 344 aa  192  5e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.58 
 
 		 306 aa  192  8e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  40.19 
 
 		 325 aa  192  8e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.27 
 
 		 334 aa  192  9e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.01 
 
 		 302 aa  192  9e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.01 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.01 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  37.01 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  44.03 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.01 
 
 		 302 aa  191  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.01 
 
 		 302 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  40.32 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.71 
 
 		 302 aa  189  5e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36.69 
 
 		 302 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  37.67 
 
 		 302 aa  189  7e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  38.35 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.62 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  38.28 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.94 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  40.26 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  35.12 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 309 aa  186  3e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.4 
 
 		 319 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  33.56 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  36.13 
 
 		 319 aa  186  4e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  41.72 
 
 		 326 aa  186  4e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  41.43 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.98 
 
 		 303 aa  186  6e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  41.38 
 
 		 344 aa  185  8e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.87 
 
 		 347 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>