More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_1028 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 769 aa  1572    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  49.87 
 
 		 741 aa  726    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3599  TonB-dependent receptor  44.1 
 
 		 822 aa  626  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1253  TonB-dependent receptor  42.84 
 
 		 778 aa  615  1e-175  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.393341 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2292  OM receptor TonB  37.92 
 
 		 935 aa  538  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  39.76 
 
 		 777 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  39.76 
 
 		 777 aa  521  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  39.92 
 
 		 777 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  38.56 
 
 		 788 aa  496  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  38.14 
 
 		 801 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  39.55 
 
 		 787 aa  491  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2074  TonB domain-containing protein  36.73 
 
 		 741 aa  485  1e-135  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5422  TonB-dependent receptor  38.04 
 
 		 770 aa  483  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1787  TonB-dependent receptor  36.09 
 
 		 813 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1786  TonB-dependent receptor  34.15 
 
 		 824 aa  445  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57125  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2497  TonB-dependent receptor  33.3 
 
 		 873 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.842174 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2103  TonB-dependent receptor  33.18 
 
 		 873 aa  439  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1862  TonB-dependent receptor  34.09 
 
 		 773 aa  434  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.610045  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2237  TonB domain-containing protein  33.13 
 
 		 797 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.441448  normal  0.673807 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2662  TonB-dependent receptor  35.08 
 
 		 781 aa  431  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0145895  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1926  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 		 779 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2188  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 		 841 aa  421  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0518679 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1804  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 839 aa  422  1e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.451169 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1853  TonB-dependent receptor  33.21 
 
 		 839 aa  421  1e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.239373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0955  TonB-dependent receptor  34.08 
 
 		 802 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00125718 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0305  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 		 805 aa  398  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.165406 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4800  TonB-dependent receptor  33.01 
 
 		 848 aa  390  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4265  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 868 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.585484 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2714  TonB-dependent receptor  33.71 
 
 		 856 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.360758  normal  0.210323 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0654  TonB-dependent receptor  32.53 
 
 		 826 aa  379  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8022  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 		 825 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7523  TonB-dependent receptor  33.12 
 
 		 825 aa  375  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322865  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6779  TonB-dependent receptor  33.42 
 
 		 825 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0248517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7039  TonB-dependent receptor  32.37 
 
 		 821 aa  375  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0896  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 		 775 aa  370  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0687  TonB-dependent receptor  32.84 
 
 		 772 aa  360  7e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0864  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 760 aa  355  2e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3150  TonB-dependent receptor  30.95 
 
 		 807 aa  348  2e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2037  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 821 aa  301  3e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38155  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1351  TonB-dependent receptor  46.35 
 
 		 1188 aa  261  3e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.32258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2031  TonB-dependent receptor, plug  52.79 
 
 		 317 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.773657 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7407  ferrienterobactin-like protein  25.12 
 
 		 775 aa  159  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 742 aa  121  4.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 675 aa  116  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  24.61 
 
 		 706 aa  108  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 706 aa  105  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  24.23 
 
 		 710 aa  104  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  23.9 
 
 		 728 aa  100  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 709 aa  99.4  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  23.77 
 
 		 715 aa  98.6  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 705 aa  97.1  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 723 aa  94.7  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.07 
 
 		 706 aa  93.6  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.07 
 
 		 706 aa  93.2  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.07 
 
 		 721 aa  93.2  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.07 
 
 		 706 aa  94  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 705 aa  94  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.07 
 
 		 706 aa  93.2  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 731 aa  90.1  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 		 720 aa  89  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  24.54 
 
 		 716 aa  88.6  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 688 aa  87.8  7e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  22.75 
 
 		 700 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  22.52 
 
 		 700 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  22.75 
 
 		 700 aa  86.7  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 700 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 700 aa  85.5  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 700 aa  84.7  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 700 aa  84.3  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  22.47 
 
 		 726 aa  84  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  22.17 
 
 		 694 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  22.25 
 
 		 700 aa  82.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  22.42 
 
 		 730 aa  80.9  0.00000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  22.25 
 
 		 700 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 		 733 aa  79  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 740 aa  75.9  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  22.33 
 
 		 743 aa  73.2  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  21.38 
 
 		 723 aa  71.6  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 698 aa  70.9  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  21.4 
 
 		 712 aa  69.7  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  21.38 
 
 		 712 aa  70.1  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 700 aa  69.3  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  22.12 
 
 		 736 aa  68.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  21.92 
 
 		 734 aa  68.6  0.0000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 678 aa  68.6  0.0000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  23.88 
 
 		 720 aa  68.2  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 705 aa  67.8  0.0000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 711 aa  67.4  0.0000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 697 aa  67.4  0.0000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  21.93 
 
 		 681 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1115  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 705 aa  65.1  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3037  TonB-dependent receptor  21.37 
 
 		 736 aa  64.3  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.117014 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 		 701 aa  63.9  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  25.18 
 
 		 691 aa  63.9  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  21.32 
 
 		 715 aa  61.6  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0676  TonB-dependent receptor  21.05 
 
 		 732 aa  61.2  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.218893  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 742 aa  61.2  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  21.93 
 
 		 713 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  21.98 
 
 		 688 aa  60.8  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  25 
 
 		 683 aa  59.7  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>