More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5950 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5950  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 253 aa  508  1e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.792388  normal  0.0587504 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6623  two component transcriptional regulator, LytTR family  40.87 
 
 		 258 aa  197  9e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0991065  normal  0.080317 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  42.04 
 
 		 251 aa  193  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01905  response regulator  39.09 
 
 		 243 aa  175  5e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2656  two component transcriptional regulator, LytTR family  41.25 
 
 		 250 aa  175  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.81917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6582  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.68 
 
 		 250 aa  171  6.999999999999999e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1279  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.67 
 
 		 248 aa  171  7.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.111911  normal  0.254446 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0671  two component transcriptional regulator, LytTR family  36 
 
 		 251 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1502  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.44 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.192215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0582  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.54 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000831919  hitchhiker  0.00409076 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5645  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.65 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.954414  normal  0.925082 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3408  LytTr DNA-binding region  33.73 
 
 		 240 aa  146  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.111489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1585  LytTr DNA-binding region  34.82 
 
 		 259 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80455  normal  0.0356965 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0148  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.98 
 
 		 251 aa  142  4e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.48043 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3976  LytTR family two component transcriptional regulator  32.67 
 
 		 247 aa  134  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.31 
 
 		 246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 255 aa  115  6.9999999999999995e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  28.74 
 
 		 276 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 242 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.82 
 
 		 237 aa  113  3e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  31.43 
 
 		 238 aa  112  7.000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.97 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  32.27 
 
 		 245 aa  110  3e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.86 
 
 		 245 aa  109  5e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5734  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.62 
 
 		 257 aa  108  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  33.2 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2443  LytTR family two component transcriptional regulator  30.41 
 
 		 279 aa  106  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  28.27 
 
 		 246 aa  106  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 253 aa  105  6e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.16 
 
 		 235 aa  105  6e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  32.68 
 
 		 241 aa  105  7e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 240 aa  105  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1860  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.52 
 
 		 266 aa  105  9e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1006  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.37 
 
 		 251 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.641502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1114  LytTR family two component transcriptional regulator  29.44 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.677936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1527  LytTR family two component transcriptional regulator  29.75 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.109257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.85 
 
 		 236 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 262 aa  102  7e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  28.41 
 
 		 275 aa  101  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4801  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 240 aa  101  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.154299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.73 
 
 		 260 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1246  LytTR family two component transcriptional regulator  32.02 
 
 		 254 aa  101  1e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  29.71 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  29.29 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  29.29 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  29.71 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  29.71 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  29.29 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3900  response regulator receiver domain-containing protein  30.22 
 
 		 261 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  29.29 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.3 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  29.29 
 
 		 246 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  29.29 
 
 		 246 aa  99.8  4e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.63 
 
 		 240 aa  99.8  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  30.62 
 
 		 237 aa  99.8  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0979  LytTR family two component transcriptional regulator  29.17 
 
 		 242 aa  99.4  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0238694 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  31.37 
 
 		 238 aa  99.4  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 268 aa  99.4  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3594  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.57 
 
 		 260 aa  99  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.833136  normal  0.0457058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0804  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.38 
 
 		 251 aa  97.8  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  27.9 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  30.54 
 
 		 246 aa  97.8  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.89 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2278  LytTr DNA-binding response regulator  30.68 
 
 		 280 aa  97.1  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.421967  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  30.71 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  30.74 
 
 		 276 aa  97.1  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.56 
 
 		 244 aa  97.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  24.9 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.97 
 
 		 251 aa  97.8  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0388  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.59 
 
 		 233 aa  97.1  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.86 
 
 		 254 aa  97.1  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  30.54 
 
 		 268 aa  96.7  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.69 
 
 		 242 aa  97.1  3e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  29.63 
 
 		 252 aa  96.7  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.3 
 
 		 231 aa  96.7  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.09 
 
 		 238 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  27.35 
 
 		 261 aa  96.7  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 261 aa  96.3  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  29.55 
 
 		 243 aa  95.5  8e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 253 aa  95.1  9e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  29.51 
 
 		 250 aa  95.1  9e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.05 
 
 		 253 aa  94.7  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  27.94 
 
 		 246 aa  94.7  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.88 
 
 		 271 aa  94  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  27.97 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  27.42 
 
 		 261 aa  93.6  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.14 
 
 		 268 aa  93.2  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  25.83 
 
 		 272 aa  93.2  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.32 
 
 		 245 aa  93.6  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  25.69 
 
 		 254 aa  92.4  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4386  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.39 
 
 		 260 aa  92.4  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3668  two-component response regulator AlgR  32.02 
 
 		 243 aa  92.4  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00827536  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2342  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.27 
 
 		 240 aa  91.3  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0697143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.71 
 
 		 232 aa  91.7  1e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3229  LytTR family two component transcriptional regulator  28.11 
 
 		 250 aa  91.7  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.84 
 
 		 228 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  31.19 
 
 		 233 aa  91.7  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>