More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6135 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 305 aa  627  1e-179  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  66.34 
 
 		 304 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 304 aa  295  7e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 306 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 306 aa  286  4e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 306 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 302 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 384 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 300 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 300 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  43.38 
 
 		 302 aa  256  4e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  46.82 
 
 		 306 aa  252  6e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  39.11 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  38.5 
 
 		 272 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  36.75 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  39.15 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  39.15 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  33.76 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  35.32 
 
 		 336 aa  128  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 127 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  44.35 
 
 		 126 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 134 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 123 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  39.83 
 
 		 120 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 143 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 316 aa  92.4  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 300 aa  92.4  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  37.31 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  31.86 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 322 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 306 aa  89.7  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  34.59 
 
 		 291 aa  89  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  43.27 
 
 		 322 aa  89  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  34.39 
 
 		 273 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 353 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 305 aa  87  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 97 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 223 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 319 aa  86.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  48.19 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  28.5 
 
 		 301 aa  86.3  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  44.19 
 
 		 202 aa  85.9  8e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  37.5 
 
 		 298 aa  85.9  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 294 aa  85.5  9e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 276 aa  85.1  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  27.99 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  42.16 
 
 		 284 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  28.72 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  42.99 
 
 		 279 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  45.78 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 266 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  37.04 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 277 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  31.44 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 281 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  31.48 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 180 aa  82.8  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5999  AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  30.11 
 
 		 270 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 		 282 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2224  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000575993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  42.53 
 
 		 112 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>