142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6376 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6376  transcriptional regulator, MarR family  100 
 
 		 138 aa  274  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.981115  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5574  MarR family transcriptional regulator  64.8 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.23947  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3929  MarR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 137 aa  159  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000979996 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3826  MarR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4542  MarR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.660328  normal  0.070316 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4118  MarR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 137 aa  158  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3966  MarR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 152 aa  157  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0529361  normal  0.146935 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5762  MarR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 137 aa  158  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4428  MarR family transcriptional regulator  62.7 
 
 		 137 aa  157  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.400041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0006  MarR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 137 aa  155  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.862573  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3643  MarR family transcriptional regulator  57.35 
 
 		 169 aa  155  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1487  MarR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 151 aa  155  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1402  MarR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 137 aa  155  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.420686  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1198  hypothetical protein  63.87 
 
 		 137 aa  154  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.240784  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0160  MarR family transcriptional regulator  63.87 
 
 		 141 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0438  MarR family transcriptional regulator  63.87 
 
 		 141 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.37846  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1139  MarR family transcriptional regulator  63.87 
 
 		 141 aa  155  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1396  hypothetical protein  63.03 
 
 		 160 aa  153  6e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1303  MarR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 137 aa  152  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4485  MarR family transcriptional regulator  68.14 
 
 		 160 aa  152  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.187713  normal  0.500577 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2430  putative transcription regulator protein  57.81 
 
 		 139 aa  151  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0838  transcriptional regulator, MarR family  59.52 
 
 		 137 aa  149  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6375  transcriptional regulator, MarR family  62.07 
 
 		 141 aa  146  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5023  MarR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 139 aa  142  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0800254  normal  0.152298 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2629  transcriptional regulator, MarR family  57.72 
 
 		 135 aa  142  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2308  transcriptional regulator, MarR family  52.63 
 
 		 145 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.511627  hitchhiker  0.000000675191 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2698  transcriptional regulator, MarR family  52.63 
 
 		 145 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2668  MarR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 139 aa  135  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6567  MarR family transcriptional regulator  58.12 
 
 		 141 aa  117  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.836623 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4133  MarR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 144 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3635  transcriptional regulator, MarR family  46.77 
 
 		 277 aa  114  5e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00150416  normal  0.0211816 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2872  MarR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 156 aa  110  6e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.924604  normal  0.788134 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1083  transcriptional regulator, MarR family  44.44 
 
 		 149 aa  101  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2951  MarR family transcriptional regulator  46.9 
 
 		 162 aa  99  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.144629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4535  transcriptional regulator, MarR family  39.32 
 
 		 145 aa  80.9  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0652033 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0314  MarR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 153 aa  77.8  0.00000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6391  transcriptional regulator, MarR family  37.8 
 
 		 144 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.666517 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5413  transcriptional regulator, MarR family  40 
 
 		 146 aa  77  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.173086 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2084  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 155 aa  77  0.00000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5348  MarR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 142 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2093  transcriptional regulator, MarR family  35.9 
 
 		 148 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5811  MarR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 155 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283873 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5962  transcriptional regulator, MarR family  40.19 
 
 		 155 aa  70.1  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3938  MarR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.556639  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0771  MarR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 138 aa  63.9  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.15812  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3156  MarR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 141 aa  61.6  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.646258 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0720  MarR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 139 aa  54.3  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0515  MarR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 140 aa  53.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0136032 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0280  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 186 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02614  putative transcription regulator protein  42.47 
 
 		 153 aa  48.9  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532202  normal  0.750512 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5089  MarR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 145 aa  48.9  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.104919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3125  transcriptional regulator, TrmB  36.67 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.402819 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3611  MarR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 160 aa  49.3  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000472192 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2899  regulatory protein MarR  36.67 
 
 		 157 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.1792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7166  transcriptional regulator, MarR family  29.17 
 
 		 187 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.567049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5147  transcriptional regulator, TrmB  35.09 
 
 		 160 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0142176 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6320  regulatory protein, MarR  29.41 
 
 		 187 aa  46.2  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1835  transcriptional regulator, TrmB  38.55 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0302316  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2570  transcriptional regulator, MarR family  33.02 
 
 		 159 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00196681  hitchhiker  0.000397259 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5402  transcriptional regulator, TrmB  37.36 
 
 		 168 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.153615  normal  0.942445 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3022  transcriptional regulator, TrmB  31.01 
 
 		 157 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0223  transcriptional regulator, MarR family  30.33 
 
 		 169 aa  47  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.504687  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2693  MarR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 157 aa  45.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.116761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4315  hypothetical protein  39.44 
 
 		 171 aa  45.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.285013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3100  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 170 aa  45.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000355326  hitchhiker  0.00000930656 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5531  transcriptional regulator, TrmB  36.62 
 
 		 158 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.412859  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4070  MarR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 185 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5315  transcriptional regulator, MarR family  27.83 
 
 		 149 aa  45.1  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.342614  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2250  transcriptional regulator, MarR family  37.84 
 
 		 166 aa  44.3  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.4153  hitchhiker  0.000614739 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2977  MarR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 138 aa  44.3  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.704241  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1113  transcriptional regulator, TrmB  35.14 
 
 		 167 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3371  regulatory protein, MarR  47.92 
 
 		 160 aa  44.7  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2687  MarR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 164 aa  44.3  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.352075 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3619  organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator  38.67 
 
 		 162 aa  43.9  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2251  MarR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 145 aa  43.9  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.344689  normal  0.255238 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2581  MarR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 167 aa  43.9  0.0008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.562153 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0498  transcriptional regulator, MarR family  33.68 
 
 		 160 aa  43.9  0.0008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000000167628  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1524  MarR family transcriptional regulator  40 
 
 		 149 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.26569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06220  transcriptional regulator, MarR family  34.91 
 
 		 169 aa  43.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2113  MarR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 162 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.553961 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0791  MarR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 147 aa  42.7  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2619  transcriptional regulator, MarR family  30.59 
 
 		 167 aa  43.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2127  MarR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0519  transcriptional regulator, MarR family  37.5 
 
 		 157 aa  42.7  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1328  transcriptional regulator, MarR family  32.41 
 
 		 149 aa  43.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3804  MarR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 185 aa  42.7  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.546626 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4899  transcriptional regulator, MarR family  36.71 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.529551  normal  0.428583 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0362  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 		 177 aa  42.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1143  MarR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 205 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1655  transcriptional regulator, MarR family  37.33 
 
 		 153 aa  42.4  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4809  transcriptional regulator, MarR family  36.71 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.577759  normal  0.746027 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3189  regulatory protein, MarR  33.66 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.637369 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0455  transcriptional regulator, MarR family  34.78 
 
 		 171 aa  42.4  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 174 aa  42.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2472  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 147 aa  42.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161606  normal  0.735248 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2446  transcriptional regulator, MarR family  37.97 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3097  transcriptional regulator, MarR family  44 
 
 		 153 aa  42.4  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6224  transcriptional regulator, MarR family  36.36 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00668  transcriptional regulator MarR family  29.63 
 
 		 166 aa  42.4  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3444  transcriptional regulator, MarR family  44 
 
 		 153 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>