125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1840 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1840  hypothetical protein  100 
 
 		 581 aa  1098    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  40.98 
 
 		 659 aa  290  7e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2765  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit - helicase superfamily I member  57.93 
 
 		 696 aa  289  1e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0140893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  37.2 
 
 		 653 aa  241  2.9999999999999997e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2280  helicase, RecD/TraA family  41.81 
 
 		 580 aa  218  2e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00139258  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  42.82 
 
 		 776 aa  182  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2646  exodeoxyribonuclease V  43.34 
 
 		 816 aa  174  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215439  normal  0.0562763 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0995  helicase RecD/TraA  26.29 
 
 		 727 aa  126  1e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0231069  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  26.11 
 
 		 750 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  29.49 
 
 		 733 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4756  helicase, RecD/TraA family  29.97 
 
 		 735 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00416284  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0302  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  26.62 
 
 		 744 aa  121  3e-26  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2289  helicase, RecD/TraA family  27.54 
 
 		 749 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00901153  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  29.37 
 
 		 733 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  26.47 
 
 		 744 aa  118  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  29.72 
 
 		 727 aa  118  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  29.49 
 
 		 736 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1462  helicase RecD/TraA  25.36 
 
 		 739 aa  115  3e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  27.66 
 
 		 738 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  26.87 
 
 		 728 aa  110  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  27.47 
 
 		 738 aa  105  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2726  helicase, RecD/TraA family  24.17 
 
 		 741 aa  104  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000501325  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  23.53 
 
 		 746 aa  104  4e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3839  helicase, RecD/TraA family  29.85 
 
 		 750 aa  103  8e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0839164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1425  helicase, RecD/TraA family  28.35 
 
 		 737 aa  102  1e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  25.88 
 
 		 728 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2673  RecD/TraA family helicase  27.43 
 
 		 736 aa  102  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  28.1 
 
 		 733 aa  100  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  24.74 
 
 		 742 aa  100  6e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  28.94 
 
 		 744 aa  100  7e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  27.26 
 
 		 728 aa  99.8  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  25.09 
 
 		 728 aa  98.6  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  28.01 
 
 		 742 aa  98.2  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0244  helicase, RecD/TraA family  25.34 
 
 		 728 aa  98.2  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  28.16 
 
 		 736 aa  97.8  5e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1167  hypothetical protein  36.75 
 
 		 383 aa  97.8  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.981301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2348  RecD/TraA family helicase  26.62 
 
 		 722 aa  97.8  5e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0230  RecD/TraA family helicase  26.62 
 
 		 741 aa  97.1  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0523048 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  30.09 
 
 		 731 aa  97.1  8e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0186  RecD/TraA family helicase  24.83 
 
 		 728 aa  95.9  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0838  RecD/TraA family helicase  24.91 
 
 		 731 aa  95.9  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  28.36 
 
 		 754 aa  95.5  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1909  RecD/TraA family helicase  26.18 
 
 		 732 aa  94.4  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.564024  unclonable  0.000014529 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  29.78 
 
 		 762 aa  94.4  5e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  26.27 
 
 		 711 aa  93.6  9e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0947  helicase, RecD/TraA family  26.42 
 
 		 740 aa  92.8  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  30.09 
 
 		 731 aa  92.8  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  29.14 
 
 		 742 aa  92.8  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1552  helicase RecD/TraA  27.02 
 
 		 739 aa  91.7  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.338597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  23.75 
 
 		 747 aa  91.3  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  24.1 
 
 		 688 aa  90.9  6e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  27 
 
 		 746 aa  90.1  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1404  helicase, RecD/TraA family  27.27 
 
 		 728 aa  89.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  25 
 
 		 749 aa  88.6  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0509  helicase, RecD/TraA family  25.68 
 
 		 728 aa  88.2  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.156779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4795  hypothetical protein  42.11 
 
 		 630 aa  87.4  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.399167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0446  RecD/TraA family helicase  24.84 
 
 		 735 aa  87.4  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000295111  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2085  exodeoxyribonuclease V  28.62 
 
 		 732 aa  86.7  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  28.65 
 
 		 720 aa  87  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2089  RecD/TraA family helicase  25.58 
 
 		 742 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.144952  normal  0.0798211 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1393  RecD/TraA family helicase  29.11 
 
 		 719 aa  85.5  0.000000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0246  RecD/TraA family helicase  23.13 
 
 		 742 aa  84.7  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2723  helicase, RecD/TraA family  26.32 
 
 		 724 aa  84.3  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  25.74 
 
 		 740 aa  82.8  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2725  helicase RecD/TraA  27.36 
 
 		 731 aa  82  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.115291  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3054  helicase, RecD/TraA family  26.34 
 
 		 726 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3656  AAA ATPase  31.71 
 
 		 641 aa  82  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.29435  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4487  Exodeoxyribonuclease V  26.7 
 
 		 738 aa  79.7  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00100877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  24.81 
 
 		 825 aa  79  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  24.81 
 
 		 825 aa  79  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  29.27 
 
 		 740 aa  78.6  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1221  helicase, RecD/TraA family  27.14 
 
 		 731 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  25.27 
 
 		 810 aa  77.4  0.0000000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  26.94 
 
 		 719 aa  77.4  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3190  RecD/TraA family helicase  23.48 
 
 		 710 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.56818  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5408  helicase, RecD/TraA family  31.2 
 
 		 741 aa  76.6  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.68949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2919  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.57 
 
 		 721 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  22.28 
 
 		 825 aa  74.3  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  30 
 
 		 725 aa  74.3  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0696  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  28.89 
 
 		 795 aa  73.2  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0197  helicase, RecD/TraA family  25.94 
 
 		 724 aa  73.6  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.959927  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  22.38 
 
 		 726 aa  72.4  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1724  helicase, putative  23.64 
 
 		 806 aa  71.6  0.00000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4627  RecD/TraA family helicase  28.09 
 
 		 871 aa  72  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0750551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2143  RecD/TraA family helicase  21.18 
 
 		 744 aa  70.5  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0503  helicase, RecD/TraA family  28.92 
 
 		 715 aa  70.5  0.00000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  23.91 
 
 		 786 aa  68.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2433  RecD/TraA family helicase  20.96 
 
 		 744 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1106  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  22.91 
 
 		 766 aa  67.8  0.0000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.710549  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  24.52 
 
 		 784 aa  66.2  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0562  AAA ATPase  23.89 
 
 		 717 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0587  AAA ATPase  23.89 
 
 		 717 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  23.89 
 
 		 717 aa  64.3  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  26.98 
 
 		 772 aa  63.9  0.000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4137  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.67 
 
 		 778 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4474  putative helicase  22.67 
 
 		 778 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000066137 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4126  exodeoxyribonuclease V, alpha subunit  22.13 
 
 		 778 aa  62.4  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.396274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4622  helicase  22.67 
 
 		 770 aa  62.4  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  22.8 
 
 		 772 aa  62.8  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4514  putative helicase  23.82 
 
 		 778 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.837139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>