More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1899 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  63.51 
 
 		 592 aa  744    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3330  DASS family sodium/sulfate transporter  57.96 
 
 		 592 aa  652    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  66.72 
 
 		 593 aa  780    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1899  TrkA-C  100 
 
 		 592 aa  1164    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2766  uncharacterized transporter  72.13 
 
 		 599 aa  796    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.14891 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  63.68 
 
 		 592 aa  745    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  57.6 
 
 		 592 aa  701    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  63.34 
 
 		 592 aa  744    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4056  TrkA domain-containing protein  57.96 
 
 		 592 aa  652    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0660  TrkA-C  44.52 
 
 		 596 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.178336  normal  0.122015 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  42.76 
 
 		 596 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0631  TrkA-C domain protein  39.83 
 
 		 599 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  39.63 
 
 		 598 aa  379  1e-104  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  35.6 
 
 		 588 aa  349  1e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1490  TrkA-C domain protein  32.68 
 
 		 624 aa  344  2.9999999999999997e-93  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  34.55 
 
 		 597 aa  337  5e-91  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  33.11 
 
 		 596 aa  329  9e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  35.04 
 
 		 588 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  33.22 
 
 		 596 aa  327  5e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  32.83 
 
 		 602 aa  324  2e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  32.83 
 
 		 596 aa  323  7e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  34.42 
 
 		 589 aa  316  9.999999999999999e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1106  TrkA-like protein  33.45 
 
 		 589 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1530  TrkA-C domain protein  33.78 
 
 		 591 aa  303  7.000000000000001e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0693  TrkA domain-containing protein  31.88 
 
 		 607 aa  303  7.000000000000001e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00166729  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  33.12 
 
 		 622 aa  299  9e-80  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1558  TrkA domain-containing protein  34.27 
 
 		 613 aa  288  2e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  34.12 
 
 		 588 aa  288  2e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2793  TrkA domain-containing protein  36.01 
 
 		 588 aa  286  8e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  32.29 
 
 		 608 aa  283  5.000000000000001e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  32.48 
 
 		 623 aa  283  5.000000000000001e-75  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01481  DASS family sodium/sulfate transporter  31.61 
 
 		 605 aa  282  1e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  33.62 
 
 		 592 aa  281  3e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1447  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  31.5 
 
 		 605 aa  280  6e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.629217  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0381  DASS family sodium/sulfate transporter  33.16 
 
 		 601 aa  280  7e-74  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.223448  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  32.73 
 
 		 612 aa  279  1e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00921  DASS family sodium/sulfate transporter  32.81 
 
 		 609 aa  279  1e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2312  DASS family sodium/sulfate transporter  33.45 
 
 		 605 aa  276  1.0000000000000001e-72  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.160189 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2347  TrkA domain-containing protein  33.88 
 
 		 588 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  35.88 
 
 		 581 aa  275  2.0000000000000002e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0104  Citrate transporter  34.13 
 
 		 618 aa  274  3e-72  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  34.06 
 
 		 592 aa  273  5.000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  32.1 
 
 		 588 aa  270  8e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  30.98 
 
 		 609 aa  269  8.999999999999999e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1861  citrate transporter  36.02 
 
 		 587 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  32.23 
 
 		 613 aa  265  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  35.03 
 
 		 591 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3372  putative transporter  30.59 
 
 		 609 aa  263  8e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  32.8 
 
 		 627 aa  262  1e-68  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00961  DASS family sodium/sulfate transporter  29.68 
 
 		 602 aa  259  7e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.531259  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0086  DASS family sodium/sulfate transporter  29.98 
 
 		 602 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.121034  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  32.01 
 
 		 588 aa  258  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00951  DASS family sodium/sulfate transporter  29.34 
 
 		 602 aa  256  6e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.8674  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5342  TrkA-C domain protein  29.06 
 
 		 588 aa  256  7e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.270023 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00931  DASS family sodium/sulfate transporter  31.35 
 
 		 602 aa  256  9e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.490599  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02561  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  31.25 
 
 		 606 aa  255  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  29.49 
 
 		 593 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39202  DASS family transporter: sodium ion/sulfate  31.55 
 
 		 634 aa  253  7e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.21287 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  33 
 
 		 616 aa  252  1e-65  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0290  TrkA domain-containing protein  32.29 
 
 		 618 aa  249  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1499  TrkA-C domain protein  33.2 
 
 		 579 aa  248  2e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5704  TrkA-C domain protein  29.42 
 
 		 588 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0170  Citrate transporter  27.76 
 
 		 619 aa  243  1e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1240  citrate transporter  30.64 
 
 		 610 aa  236  6e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  27.91 
 
 		 614 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0659  TrkA family protein  29.15 
 
 		 619 aa  234  4.0000000000000004e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.702121  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0621  TrkA family protein  29.03 
 
 		 590 aa  233  9e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  29.14 
 
 		 610 aa  233  9e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  29.14 
 
 		 630 aa  232  1e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  28.36 
 
 		 621 aa  232  1e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0633  TrkA-C  26.96 
 
 		 594 aa  232  2e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0927115  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3754  TrkA domain-containing protein  29.19 
 
 		 590 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  29.14 
 
 		 610 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  30.88 
 
 		 609 aa  231  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  30.88 
 
 		 609 aa  230  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  30.36 
 
 		 609 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  28.6 
 
 		 616 aa  228  2e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  30.27 
 
 		 609 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  29.85 
 
 		 605 aa  227  4e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  31.02 
 
 		 606 aa  226  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1777  citrate transporter  29.06 
 
 		 609 aa  225  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2884  TrkA domain-containing protein  31.26 
 
 		 619 aa  225  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0502  TrkA domain-containing protein  30.41 
 
 		 593 aa  224  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42475  hitchhiker  0.00110922 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  28.88 
 
 		 610 aa  224  4e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_1343  DASS family transporter: sodium ion/sulfate  29.66 
 
 		 583 aa  221  3e-56  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.351628  normal  0.572139 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1168  transporter, Divalent Anion:Sodium Symporter family  28.88 
 
 		 593 aa  221  3e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  29.05 
 
 		 611 aa  221  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2776  Citrate transporter  29.55 
 
 		 619 aa  219  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  29.93 
 
 		 610 aa  219  1e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3381  TrkA-like  28.38 
 
 		 591 aa  219  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0961  TrkA-C  31.07 
 
 		 574 aa  218  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1749  TrkA-C domain protein  29.06 
 
 		 593 aa  218  2e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.123967  normal  0.0276756 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2889  putative sodium/sulfate symporter  33.6 
 
 		 583 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  28.57 
 
 		 611 aa  217  5e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0665  TrkA domain-containing protein  30.1 
 
 		 574 aa  217  5e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2836  citrate transporter  30.1 
 
 		 610 aa  217  5.9999999999999996e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  27.33 
 
 		 588 aa  217  5.9999999999999996e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  26.25 
 
 		 632 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2292  citrate transporter  30.87 
 
 		 596 aa  216  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0655867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1803  TrkA domain-containing protein  27.18 
 
 		 591 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129836 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>