More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2776 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02217  predicted transporter  73.93 
 
 		 610 aa  911    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1364  Citrate transporter  73.93 
 
 		 610 aa  911    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.020399  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  62.83 
 
 		 609 aa  747    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2668  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  73.61 
 
 		 610 aa  908    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238092  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2681  citrate transporter  73.93 
 
 		 608 aa  905    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.146948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  80.98 
 
 		 610 aa  996    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2518  citrate transporter  74.26 
 
 		 608 aa  909    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.465317  normal  0.346459 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1360  citrate transporter  73.93 
 
 		 610 aa  911    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.611944 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2836  citrate transporter  75.57 
 
 		 610 aa  922    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02177  hypothetical protein  73.93 
 
 		 610 aa  911    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  97.87 
 
 		 610 aa  1151    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2573  citrate transporter  74.26 
 
 		 608 aa  909    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2561  citrate transporter  74.1 
 
 		 608 aa  909    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.469603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  74.1 
 
 		 610 aa  932    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  80.98 
 
 		 610 aa  996    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2776  Citrate transporter  100 
 
 		 619 aa  1231    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  81.48 
 
 		 611 aa  1019    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  63.82 
 
 		 609 aa  767    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2585  putative transporter  73.77 
 
 		 610 aa  909    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14360  putative sodium:sulfate symporter  65.9 
 
 		 610 aa  781    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  82.62 
 
 		 611 aa  993    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2447  putative transporter  74.26 
 
 		 610 aa  916    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.392855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3312  citrate transporter  82.62 
 
 		 610 aa  989    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00101097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3431  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  73.93 
 
 		 610 aa  911    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.346504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2473  citrate transporter  73.93 
 
 		 608 aa  905    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  62.83 
 
 		 609 aa  746    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  81.18 
 
 		 630 aa  998    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  62.34 
 
 		 609 aa  763    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3534  citrate transporter  60.88 
 
 		 609 aa  655    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.433375 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1274  putative sodium:sulfate symporter  65.9 
 
 		 610 aa  778    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1777  citrate transporter  52.95 
 
 		 609 aa  618  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1509  Citrate transporter  49.67 
 
 		 620 aa  575  1.0000000000000001e-163  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355628  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2690  citrate transporter  49.24 
 
 		 627 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.390772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  44.7 
 
 		 613 aa  523  1e-147  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  42.56 
 
 		 609 aa  449  1e-125  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  42.83 
 
 		 612 aa  447  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  37.48 
 
 		 616 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  36.35 
 
 		 588 aa  384  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0170  Citrate transporter  35.59 
 
 		 619 aa  384  1e-105  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1349  Citrate transporter  37.92 
 
 		 609 aa  369  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000776771  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  34.94 
 
 		 621 aa  346  6e-94  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3469  hypothetical protein  33.93 
 
 		 600 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.098173 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0107  Citrate transporter  35.9 
 
 		 545 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0878847  normal  0.704215 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  32.24 
 
 		 588 aa  298  3e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  28.92 
 
 		 596 aa  281  4e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  28.76 
 
 		 602 aa  276  6e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5235  citrate transporter  33.98 
 
 		 612 aa  269  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2565  Citrate transporter  31.47 
 
 		 612 aa  268  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000262812  hitchhiker  0.00846498 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  30.92 
 
 		 608 aa  265  3e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3239  TrkA-C domain protein  30.54 
 
 		 613 aa  264  4e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0010645  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  30.13 
 
 		 597 aa  263  1e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  28.52 
 
 		 596 aa  261  3e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  28.52 
 
 		 596 aa  261  3e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  30.78 
 
 		 596 aa  256  9e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  32.07 
 
 		 592 aa  255  2.0000000000000002e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  31.23 
 
 		 632 aa  249  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1537  Citrate transporter  29.25 
 
 		 604 aa  248  2e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.853419  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  31.28 
 
 		 614 aa  248  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0490  Citrate transporter  31.64 
 
 		 605 aa  248  3e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  31.35 
 
 		 589 aa  247  4e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  32.22 
 
 		 605 aa  246  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  30.39 
 
 		 588 aa  246  9.999999999999999e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0357  citrate transporter  31.25 
 
 		 595 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.152666  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  29.57 
 
 		 622 aa  244  3e-63  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  30.31 
 
 		 592 aa  243  7e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  30.36 
 
 		 627 aa  243  9e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  32.13 
 
 		 588 aa  240  6.999999999999999e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  30.57 
 
 		 606 aa  240  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1168  transporter, Divalent Anion:Sodium Symporter family  30.21 
 
 		 593 aa  238  2e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1861  citrate transporter  31.97 
 
 		 587 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2399  TrkA domain-containing protein  28.96 
 
 		 608 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.9987  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  28.91 
 
 		 623 aa  234  3e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  32.35 
 
 		 581 aa  233  6e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  29.7 
 
 		 592 aa  232  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  29.54 
 
 		 592 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  29.34 
 
 		 588 aa  230  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1803  TrkA domain-containing protein  29.17 
 
 		 591 aa  230  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129836 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  28.24 
 
 		 593 aa  229  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3434  TrkA-C  30.48 
 
 		 603 aa  227  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0196864  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  30.43 
 
 		 591 aa  227  4e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  29.52 
 
 		 592 aa  227  6e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0633  TrkA-C  27.88 
 
 		 594 aa  226  7e-58  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0927115  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  30.13 
 
 		 593 aa  226  1e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1490  TrkA-C domain protein  27.67 
 
 		 624 aa  226  1e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  28.66 
 
 		 616 aa  224  3e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2347  TrkA domain-containing protein  31.59 
 
 		 588 aa  224  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1238  hypothetical protein  27.36 
 
 		 590 aa  224  4.9999999999999996e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  30.86 
 
 		 598 aa  223  6e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3490  TrkA-C domain protein  31.71 
 
 		 608 aa  223  9e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2793  TrkA domain-containing protein  30.02 
 
 		 588 aa  223  9e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1177  Citrate transporter  27.82 
 
 		 604 aa  223  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437417  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1106  TrkA-like protein  28.78 
 
 		 589 aa  223  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0502  TrkA-C domain protein  30.52 
 
 		 620 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1238  hypothetical protein  27.73 
 
 		 590 aa  221  3.9999999999999997e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3381  TrkA-like  29.93 
 
 		 591 aa  221  3.9999999999999997e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0631  TrkA-C domain protein  30 
 
 		 599 aa  220  7e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1728  citrate transporter  28.01 
 
 		 650 aa  220  7e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000373143  normal  0.108041 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1899  TrkA-C  29.49 
 
 		 592 aa  219  7.999999999999999e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1887  Citrate transporter  27.34 
 
 		 641 aa  219  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.554815  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  29.41 
 
 		 588 aa  218  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>