More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3565 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02217  predicted transporter  60.53 
 
 		 610 aa  715    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1364  Citrate transporter  60.53 
 
 		 610 aa  715    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.020399  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  96.55 
 
 		 609 aa  1126    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2561  citrate transporter  59.31 
 
 		 608 aa  701    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.469603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2681  citrate transporter  59.47 
 
 		 608 aa  704    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.146948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3431  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  60.53 
 
 		 610 aa  715    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.346504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2447  putative transporter  60.53 
 
 		 610 aa  715    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.392855  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02177  hypothetical protein  60.53 
 
 		 610 aa  715    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3312  citrate transporter  64.59 
 
 		 610 aa  768    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00101097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  96.55 
 
 		 609 aa  1125    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2776  Citrate transporter  62.34 
 
 		 619 aa  720    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2836  citrate transporter  60.36 
 
 		 610 aa  714    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2668  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  60.36 
 
 		 610 aa  712    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238092  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3534  citrate transporter  68.24 
 
 		 609 aa  728    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.433375 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  62.34 
 
 		 610 aa  761    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  62.01 
 
 		 610 aa  735    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  62.01 
 
 		 630 aa  758    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1274  putative sodium:sulfate symporter  70.33 
 
 		 610 aa  816    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2585  putative transporter  60.36 
 
 		 610 aa  712    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14360  putative sodium:sulfate symporter  70.16 
 
 		 610 aa  816    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1360  citrate transporter  60.53 
 
 		 610 aa  715    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.611944 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2518  citrate transporter  59.31 
 
 		 608 aa  701    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.465317  normal  0.346459 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  62.17 
 
 		 610 aa  759    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2473  citrate transporter  59.47 
 
 		 608 aa  704    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1777  citrate transporter  56.01 
 
 		 609 aa  650    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  93.1 
 
 		 609 aa  1115    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  100 
 
 		 609 aa  1206    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2573  citrate transporter  59.31 
 
 		 608 aa  701    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  60 
 
 		 611 aa  734    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1509  Citrate transporter  53.26 
 
 		 620 aa  635    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355628  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  59.67 
 
 		 611 aa  705    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  60.53 
 
 		 610 aa  733    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2690  citrate transporter  54.08 
 
 		 627 aa  598  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.390772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  47.21 
 
 		 613 aa  518  1e-146  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  44.88 
 
 		 612 aa  458  1e-127  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  43.49 
 
 		 609 aa  447  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  37.91 
 
 		 616 aa  391  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1349  Citrate transporter  39.46 
 
 		 609 aa  392  1e-107  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000776771  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0170  Citrate transporter  38.16 
 
 		 619 aa  387  1e-106  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  38.42 
 
 		 621 aa  363  3e-99  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  35.11 
 
 		 588 aa  335  2e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0107  Citrate transporter  38.39 
 
 		 545 aa  313  5.999999999999999e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0878847  normal  0.704215 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3469  hypothetical protein  34.2 
 
 		 600 aa  309  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.098173 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  31.65 
 
 		 588 aa  290  4e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  29.32 
 
 		 602 aa  283  6.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  31.52 
 
 		 622 aa  281  3e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  28.99 
 
 		 596 aa  280  4e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  30.95 
 
 		 627 aa  271  2e-71  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  30.24 
 
 		 597 aa  266  1e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  29.48 
 
 		 596 aa  266  1e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  30.24 
 
 		 596 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5235  citrate transporter  34.14 
 
 		 612 aa  263  6.999999999999999e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3239  TrkA-C domain protein  30.76 
 
 		 613 aa  261  3e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0010645  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1537  Citrate transporter  31.9 
 
 		 604 aa  259  8e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.853419  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  30.85 
 
 		 623 aa  259  1e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0490  Citrate transporter  33.78 
 
 		 605 aa  255  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  31.61 
 
 		 589 aa  253  9.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  31.03 
 
 		 592 aa  252  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  30.87 
 
 		 592 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2565  Citrate transporter  31.32 
 
 		 612 aa  249  1e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000262812  hitchhiker  0.00846498 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  31.64 
 
 		 596 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  30.73 
 
 		 605 aa  248  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3490  TrkA-C domain protein  30.4 
 
 		 608 aa  247  4e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01481  DASS family sodium/sulfate transporter  31.58 
 
 		 605 aa  247  4e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1447  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  31.58 
 
 		 605 aa  246  9e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.629217  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  30.05 
 
 		 592 aa  242  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  31.82 
 
 		 588 aa  242  1e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  30.99 
 
 		 606 aa  242  2e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  30.23 
 
 		 592 aa  241  2.9999999999999997e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0104  Citrate transporter  32.18 
 
 		 618 aa  238  3e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  31.36 
 
 		 593 aa  235  2.0000000000000002e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  31.49 
 
 		 588 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0660  TrkA-C  29.67 
 
 		 596 aa  234  4.0000000000000004e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.178336  normal  0.122015 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  30.23 
 
 		 588 aa  234  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  32.75 
 
 		 591 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0381  DASS family sodium/sulfate transporter  31.82 
 
 		 601 aa  233  9e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.223448  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1803  TrkA domain-containing protein  30.86 
 
 		 591 aa  231  2e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129836 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  30.1 
 
 		 616 aa  231  2e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  30.34 
 
 		 592 aa  231  3e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  33.1 
 
 		 581 aa  230  6e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  30.36 
 
 		 632 aa  229  8e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  29.11 
 
 		 608 aa  229  1e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0693  TrkA domain-containing protein  27.76 
 
 		 607 aa  228  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00166729  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  29.39 
 
 		 593 aa  228  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0233  putative citrate transporter  29.45 
 
 		 627 aa  227  5.0000000000000005e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3754  TrkA domain-containing protein  29.9 
 
 		 590 aa  226  7e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  29.84 
 
 		 614 aa  226  1e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1168  transporter, Divalent Anion:Sodium Symporter family  28.5 
 
 		 593 aa  225  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2586  TrkA domain-containing protein  30.55 
 
 		 605 aa  225  2e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00921  DASS family sodium/sulfate transporter  30.63 
 
 		 609 aa  225  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0621  TrkA family protein  29.3 
 
 		 590 aa  224  3e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2312  DASS family sodium/sulfate transporter  31.59 
 
 		 605 aa  224  4.9999999999999996e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.160189 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1177  Citrate transporter  31.19 
 
 		 604 aa  223  6e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437417  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1558  TrkA domain-containing protein  28.98 
 
 		 613 aa  223  6e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  29.56 
 
 		 592 aa  223  8e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0659  TrkA family protein  29.61 
 
 		 619 aa  221  3e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.702121  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2292  citrate transporter  31.74 
 
 		 596 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0655867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  31.64 
 
 		 598 aa  221  3e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1490  TrkA-C domain protein  27.81 
 
 		 624 aa  220  7e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3330  DASS family sodium/sulfate transporter  30.17 
 
 		 592 aa  218  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>