262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0233 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_3239  TrkA-C domain protein  63.71 
 
 		 613 aa  766    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0010645  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0233  putative citrate transporter  100 
 
 		 627 aa  1251    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1728  citrate transporter  58.53 
 
 		 650 aa  665    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000373143  normal  0.108041 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2565  Citrate transporter  56.17 
 
 		 612 aa  642    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000262812  hitchhiker  0.00846498 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0502  TrkA-C domain protein  48.52 
 
 		 620 aa  508  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3192  TrkA-C domain protein  40.38 
 
 		 615 aa  438  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.213915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2059  sulfur deprivation response regulator  39.65 
 
 		 620 aa  429  1e-119  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01839  sulfur deprivation response regulator  39.59 
 
 		 620 aa  430  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.379301  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1981  TrkA domain-containing protein  39.65 
 
 		 620 aa  429  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0994833  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2399  TrkA domain-containing protein  42.3 
 
 		 608 aa  414  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.9987  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0357  citrate transporter  38.84 
 
 		 595 aa  384  1e-105  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.152666  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  30.91 
 
 		 588 aa  264  4e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  31.17 
 
 		 609 aa  261  2e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  29.38 
 
 		 613 aa  258  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  31.02 
 
 		 612 aa  246  6.999999999999999e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  30.25 
 
 		 627 aa  241  2.9999999999999997e-62  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  29.95 
 
 		 609 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  28.89 
 
 		 623 aa  235  2.0000000000000002e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  27.99 
 
 		 596 aa  231  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  27.83 
 
 		 596 aa  230  5e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  28.08 
 
 		 593 aa  228  2e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  28.17 
 
 		 622 aa  228  2e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  26.92 
 
 		 596 aa  224  4.9999999999999996e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  26.76 
 
 		 602 aa  223  9e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  29.7 
 
 		 609 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  29.45 
 
 		 609 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  29.45 
 
 		 609 aa  221  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14360  putative sodium:sulfate symporter  28.35 
 
 		 610 aa  220  7e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  28.55 
 
 		 616 aa  220  7.999999999999999e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2473  citrate transporter  29.33 
 
 		 608 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2681  citrate transporter  29.33 
 
 		 608 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.146948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1274  putative sodium:sulfate symporter  28.89 
 
 		 610 aa  218  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2573  citrate transporter  29.17 
 
 		 608 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2518  citrate transporter  29.17 
 
 		 608 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.465317  normal  0.346459 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  26.54 
 
 		 610 aa  214  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2561  citrate transporter  29.02 
 
 		 608 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.469603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  26.54 
 
 		 630 aa  214  3.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  28.06 
 
 		 605 aa  214  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  27.22 
 
 		 611 aa  214  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  27.63 
 
 		 597 aa  213  7e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  27.5 
 
 		 610 aa  213  7.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  26.38 
 
 		 610 aa  212  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3312  citrate transporter  27.45 
 
 		 610 aa  211  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00101097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  27.61 
 
 		 610 aa  211  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2836  citrate transporter  28.93 
 
 		 610 aa  209  9e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1349  Citrate transporter  28.06 
 
 		 609 aa  209  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000776771  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1777  citrate transporter  27.9 
 
 		 609 aa  209  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  27.23 
 
 		 592 aa  207  6e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  28.41 
 
 		 588 aa  206  9e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  28.6 
 
 		 589 aa  206  9e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  27.75 
 
 		 616 aa  206  1e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2447  putative transporter  27.61 
 
 		 610 aa  203  9e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.392855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0104  Citrate transporter  30.25 
 
 		 618 aa  202  9.999999999999999e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2668  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  27.77 
 
 		 610 aa  201  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238092  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02217  predicted transporter  27.61 
 
 		 610 aa  200  6e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1364  Citrate transporter  27.61 
 
 		 610 aa  200  6e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.020399  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1360  citrate transporter  27.61 
 
 		 610 aa  200  6e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.611944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3431  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  27.61 
 
 		 610 aa  200  6e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.346504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02177  hypothetical protein  27.61 
 
 		 610 aa  200  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2776  Citrate transporter  27.6 
 
 		 619 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3534  citrate transporter  29.65 
 
 		 609 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.433375 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2585  putative transporter  27.46 
 
 		 610 aa  197  6e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  27.26 
 
 		 592 aa  194  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3490  TrkA-C domain protein  28.08 
 
 		 608 aa  194  6e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  26.89 
 
 		 606 aa  193  8e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2690  citrate transporter  28.27 
 
 		 627 aa  193  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.390772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1177  Citrate transporter  26.42 
 
 		 604 aa  192  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437417  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1598  TrkA-C domain protein  28.64 
 
 		 593 aa  191  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.332959  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  26.99 
 
 		 611 aa  190  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  28.01 
 
 		 614 aa  189  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  25.97 
 
 		 621 aa  189  1e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1509  Citrate transporter  25.08 
 
 		 620 aa  189  2e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0502  TrkA domain-containing protein  27.79 
 
 		 593 aa  188  2e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42475  hitchhiker  0.00110922 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0633  TrkA-C  25.71 
 
 		 594 aa  188  2e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0927115  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0170  Citrate transporter  24.92 
 
 		 619 aa  188  3e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3860  transporter  27.01 
 
 		 586 aa  187  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102256  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  27.81 
 
 		 581 aa  186  1.0000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1238  hypothetical protein  26.15 
 
 		 590 aa  185  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  25.4 
 
 		 588 aa  184  6e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2586  TrkA domain-containing protein  27.42 
 
 		 605 aa  183  8.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  27.38 
 
 		 593 aa  183  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1238  hypothetical protein  25.99 
 
 		 590 aa  182  2e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1530  TrkA-C domain protein  25.32 
 
 		 591 aa  180  7e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  28.99 
 
 		 591 aa  180  8e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  28.07 
 
 		 588 aa  179  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  26.63 
 
 		 592 aa  178  3e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0381  DASS family sodium/sulfate transporter  25.7 
 
 		 601 aa  177  6e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.223448  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  25.12 
 
 		 608 aa  174  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2312  DASS family sodium/sulfate transporter  25.96 
 
 		 605 aa  172  1e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.160189 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  26.55 
 
 		 588 aa  172  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  24.12 
 
 		 592 aa  173  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2884  TrkA domain-containing protein  25.27 
 
 		 619 aa  172  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123208 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3469  hypothetical protein  25.24 
 
 		 600 aa  171  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.098173 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  27.69 
 
 		 598 aa  171  5e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  23.6 
 
 		 592 aa  170  8e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  23.6 
 
 		 592 aa  169  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01481  DASS family sodium/sulfate transporter  24.72 
 
 		 605 aa  169  1e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1447  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  24.72 
 
 		 605 aa  169  2e-40  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.629217  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1558  TrkA domain-containing protein  25.97 
 
 		 613 aa  168  2e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  25.26 
 
 		 596 aa  169  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>