More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1777 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  57.19 
 
 		 609 aa  646    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1509  Citrate transporter  55.74 
 
 		 620 aa  651    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355628  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1777  citrate transporter  100 
 
 		 609 aa  1187    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  56.01 
 
 		 609 aa  635    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  56.34 
 
 		 609 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2690  citrate transporter  57.29 
 
 		 627 aa  629  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.390772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1274  putative sodium:sulfate symporter  56.23 
 
 		 610 aa  629  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  56.34 
 
 		 609 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14360  putative sodium:sulfate symporter  56.23 
 
 		 610 aa  626  1e-178  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  53.52 
 
 		 610 aa  616  1e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  53.36 
 
 		 630 aa  615  1e-175  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  53.36 
 
 		 610 aa  615  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3312  citrate transporter  54.53 
 
 		 610 aa  598  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00101097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  52.85 
 
 		 610 aa  597  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  51.31 
 
 		 611 aa  594  1e-168  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  52.79 
 
 		 611 aa  587  1e-166  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2776  Citrate transporter  53.36 
 
 		 619 aa  587  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  50.98 
 
 		 610 aa  575  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3534  citrate transporter  55.67 
 
 		 609 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.433375 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2573  citrate transporter  51.64 
 
 		 608 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2561  citrate transporter  51.81 
 
 		 608 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.469603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2518  citrate transporter  51.64 
 
 		 608 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.465317  normal  0.346459 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2473  citrate transporter  51.48 
 
 		 608 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2668  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  50.98 
 
 		 610 aa  558  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238092  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2681  citrate transporter  51.48 
 
 		 608 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.146948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2447  putative transporter  50.98 
 
 		 610 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.392855  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02217  predicted transporter  50.98 
 
 		 610 aa  558  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1364  Citrate transporter  50.98 
 
 		 610 aa  558  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.020399  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2836  citrate transporter  50.66 
 
 		 610 aa  557  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523534  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02177  hypothetical protein  50.98 
 
 		 610 aa  558  1e-157  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1360  citrate transporter  50.98 
 
 		 610 aa  558  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.611944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3431  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  50.98 
 
 		 610 aa  558  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.346504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2585  putative transporter  50.82 
 
 		 610 aa  555  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  41.37 
 
 		 613 aa  455  1.0000000000000001e-126  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  43.23 
 
 		 612 aa  406  1.0000000000000001e-112  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  41.77 
 
 		 609 aa  395  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1349  Citrate transporter  37.67 
 
 		 609 aa  362  1e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000776771  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0170  Citrate transporter  36.05 
 
 		 619 aa  355  8.999999999999999e-97  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  36.15 
 
 		 588 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  35.21 
 
 		 616 aa  336  7.999999999999999e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  35.18 
 
 		 621 aa  321  3e-86  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  34.7 
 
 		 588 aa  291  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3469  hypothetical protein  33.33 
 
 		 600 aa  288  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.098173 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0107  Citrate transporter  37.23 
 
 		 545 aa  269  1e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0878847  normal  0.704215 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1537  Citrate transporter  31.77 
 
 		 604 aa  261  2e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.853419  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  30.23 
 
 		 602 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  29.98 
 
 		 596 aa  255  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  31.96 
 
 		 592 aa  250  6e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  32.15 
 
 		 589 aa  249  9e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5235  citrate transporter  32.69 
 
 		 612 aa  249  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  32.41 
 
 		 616 aa  248  3e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  28.67 
 
 		 596 aa  247  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  29.11 
 
 		 596 aa  246  8e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1177  Citrate transporter  30.49 
 
 		 604 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437417  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  30.52 
 
 		 588 aa  244  1.9999999999999999e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  30.92 
 
 		 593 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  29.86 
 
 		 623 aa  243  5e-63  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  29.32 
 
 		 597 aa  242  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  30.56 
 
 		 632 aa  241  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  30.66 
 
 		 592 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  31.44 
 
 		 627 aa  240  5e-62  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  29.87 
 
 		 592 aa  239  9e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  30.88 
 
 		 596 aa  239  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  31.77 
 
 		 588 aa  239  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  30.49 
 
 		 592 aa  239  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0381  DASS family sodium/sulfate transporter  32.24 
 
 		 601 aa  237  4e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.223448  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2565  Citrate transporter  29.94 
 
 		 612 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000262812  hitchhiker  0.00846498 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3239  TrkA-C domain protein  28.3 
 
 		 613 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0010645  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  30.82 
 
 		 606 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  30.58 
 
 		 605 aa  234  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01481  DASS family sodium/sulfate transporter  31.2 
 
 		 605 aa  230  4e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1447  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  31.2 
 
 		 605 aa  230  6e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.629217  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2399  TrkA domain-containing protein  30.92 
 
 		 608 aa  230  7e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.9987  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  31.77 
 
 		 588 aa  229  8e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  30.51 
 
 		 622 aa  228  2e-58  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  32.34 
 
 		 581 aa  228  2e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1558  TrkA domain-containing protein  30.86 
 
 		 613 aa  228  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  32.8 
 
 		 591 aa  226  1e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2312  DASS family sodium/sulfate transporter  31.6 
 
 		 605 aa  225  1e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.160189 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3490  TrkA-C domain protein  30.68 
 
 		 608 aa  225  2e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0086  DASS family sodium/sulfate transporter  29.32 
 
 		 602 aa  225  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.121034  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0490  Citrate transporter  31.54 
 
 		 605 aa  225  2e-57  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  31.51 
 
 		 614 aa  223  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  30.85 
 
 		 593 aa  222  1.9999999999999999e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  32.14 
 
 		 592 aa  221  3e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0631  TrkA-C domain protein  30.91 
 
 		 599 aa  220  5e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1168  transporter, Divalent Anion:Sodium Symporter family  27.12 
 
 		 593 aa  218  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0633  TrkA-C  29.17 
 
 		 594 aa  217  4e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0927115  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00951  DASS family sodium/sulfate transporter  28.74 
 
 		 602 aa  217  4e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.8674  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3860  transporter  30.33 
 
 		 586 aa  217  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102256  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  30.91 
 
 		 598 aa  217  5.9999999999999996e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00931  DASS family sodium/sulfate transporter  30.3 
 
 		 602 aa  216  7e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.490599  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0637  membrane transporter  27.78 
 
 		 620 aa  216  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.797217  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2586  TrkA domain-containing protein  31.1 
 
 		 605 aa  216  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  29.34 
 
 		 608 aa  215  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02561  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  31.37 
 
 		 606 aa  213  7e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00961  DASS family sodium/sulfate transporter  28.24 
 
 		 602 aa  213  9e-54  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.531259  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00921  DASS family sodium/sulfate transporter  29.72 
 
 		 609 aa  213  9e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0502  TrkA-C domain protein  30.22 
 
 		 620 aa  212  1e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  29.89 
 
 		 588 aa  213  1e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>