More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2681 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02217  predicted transporter  90.82 
 
 
610 aa  1099    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1364  Citrate transporter  90.82 
 
 
610 aa  1099    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.020399  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  60.1 
 
 
609 aa  713    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2776  Citrate transporter  73.93 
 
 
619 aa  880    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2681  citrate transporter  100 
 
 
608 aa  1211    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.146948  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  72.95 
 
 
611 aa  887    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2668  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  90.66 
 
 
610 aa  1098    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238092  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  74.14 
 
 
610 aa  899    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2561  citrate transporter  99.51 
 
 
608 aa  1206    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.469603  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  90.82 
 
 
610 aa  1120    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2585  putative transporter  90.66 
 
 
610 aa  1098    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2573  citrate transporter  99.67 
 
 
608 aa  1205    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1360  citrate transporter  90.82 
 
 
610 aa  1099    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.611944 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1274  putative sodium:sulfate symporter  60.66 
 
 
610 aa  707    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  59.47 
 
 
609 aa  719    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  71.64 
 
 
630 aa  894    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  58.98 
 
 
609 aa  718    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02177  hypothetical protein  90.82 
 
 
610 aa  1099    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14360  putative sodium:sulfate symporter  60.66 
 
 
610 aa  707    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2836  citrate transporter  88.69 
 
 
610 aa  1070    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523534  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  69.56 
 
 
611 aa  879    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3312  citrate transporter  72.79 
 
 
610 aa  877    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00101097  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2518  citrate transporter  99.67 
 
 
608 aa  1205    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.465317  normal  0.346459 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3431  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  90.82 
 
 
610 aa  1099    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.346504  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  71.64 
 
 
610 aa  894    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2473  citrate transporter  100 
 
 
608 aa  1211    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  71.8 
 
 
610 aa  896    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2447  putative transporter  90.49 
 
 
610 aa  1097    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.392855  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  60.1 
 
 
609 aa  713    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3534  citrate transporter  57.8 
 
 
609 aa  622  1e-177  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.433375 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1777  citrate transporter  51.48 
 
 
609 aa  583  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1509  Citrate transporter  49.11 
 
 
620 aa  556  1e-157  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355628  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2690  citrate transporter  47.55 
 
 
627 aa  528  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.390772  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  42.58 
 
 
613 aa  497  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  42.18 
 
 
612 aa  426  1e-118  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  41.75 
 
 
609 aa  425  1e-117  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0170  Citrate transporter  37.66 
 
 
619 aa  406  1.0000000000000001e-112  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  37.38 
 
 
616 aa  394  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  36.77 
 
 
621 aa  379  1e-104  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  36.9 
 
 
588 aa  360  5e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1349  Citrate transporter  37.12 
 
 
609 aa  355  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000776771  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0107  Citrate transporter  36.15 
 
 
545 aa  305  2.0000000000000002e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0878847  normal  0.704215 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3469  hypothetical protein  33.66 
 
 
600 aa  291  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.098173 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  32.18 
 
 
588 aa  288  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  29.4 
 
 
596 aa  271  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  30.91 
 
 
608 aa  269  1e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  29.48 
 
 
602 aa  266  7e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  29.15 
 
 
596 aa  260  4e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3239  TrkA-C domain protein  30.3 
 
 
613 aa  258  2e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0010645  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  28.38 
 
 
596 aa  256  7e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2565  Citrate transporter  31.9 
 
 
612 aa  256  7e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000262812  hitchhiker  0.00846498 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  30.93 
 
 
592 aa  256  1.0000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  31.09 
 
 
596 aa  251  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  30.43 
 
 
627 aa  250  5e-65  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  31.43 
 
 
593 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  32.9 
 
 
581 aa  244  1.9999999999999999e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  28.57 
 
 
623 aa  244  3e-63  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  30.15 
 
 
592 aa  242  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  29.98 
 
 
592 aa  241  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  28.16 
 
 
597 aa  240  5e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  30.13 
 
 
592 aa  239  9e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  31.01 
 
 
588 aa  239  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5235  citrate transporter  31.49 
 
 
612 aa  237  6e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  31.31 
 
 
593 aa  236  9e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1537  Citrate transporter  27.36 
 
 
604 aa  236  1.0000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.853419  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  30.45 
 
 
589 aa  236  1.0000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  30.16 
 
 
606 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0357  citrate transporter  30 
 
 
595 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.152666  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  29.5 
 
 
588 aa  234  2.0000000000000002e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  29.24 
 
 
622 aa  233  8.000000000000001e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0490  Citrate transporter  30.92 
 
 
605 aa  232  2e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0633  TrkA-C  29.13 
 
 
594 aa  231  3e-59  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0927115  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  30.21 
 
 
605 aa  229  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  28.85 
 
 
592 aa  228  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  30.1 
 
 
598 aa  228  3e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  29.78 
 
 
614 aa  226  8e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1728  citrate transporter  27.87 
 
 
650 aa  226  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000373143  normal  0.108041 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0233  putative citrate transporter  29.33 
 
 
627 aa  225  1e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0502  TrkA domain-containing protein  29.79 
 
 
593 aa  225  2e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42475  hitchhiker  0.00110922 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  29.82 
 
 
591 aa  223  8e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1803  TrkA domain-containing protein  30.36 
 
 
591 aa  219  8.999999999999998e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00129836 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  29.32 
 
 
588 aa  219  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0631  TrkA-C domain protein  29.75 
 
 
599 aa  219  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3490  TrkA-C domain protein  29.15 
 
 
608 aa  219  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2793  TrkA domain-containing protein  29.8 
 
 
588 aa  218  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  29.1 
 
 
588 aa  219  2e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1238  hypothetical protein  27.16 
 
 
590 aa  217  4e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0660  TrkA-C  29.09 
 
 
596 aa  217  4e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.178336  normal  0.122015 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1168  transporter, Divalent Anion:Sodium Symporter family  28.09 
 
 
593 aa  218  4e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1899  TrkA-C  29.91 
 
 
592 aa  216  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1238  hypothetical protein  27.5 
 
 
590 aa  216  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1861  citrate transporter  31.22 
 
 
587 aa  216  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394844  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2347  TrkA domain-containing protein  30.65 
 
 
588 aa  216  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  29.74 
 
 
616 aa  214  2.9999999999999995e-54  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  29.17 
 
 
632 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1177  Citrate transporter  28.55 
 
 
604 aa  213  7e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437417  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1106  TrkA-like protein  28.53 
 
 
589 aa  212  2e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  30.26 
 
 
592 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3860  transporter  28.34 
 
 
586 aa  211  3e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102256  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2399  TrkA domain-containing protein  29.76 
 
 
608 aa  208  2e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.9987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>