More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0475 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  60.71 
 
 		 614 aa  691    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0637  membrane transporter  58.23 
 
 		 620 aa  703    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.797217  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  100 
 
 		 632 aa  1254    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1887  Citrate transporter  58.03 
 
 		 641 aa  692    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.554815  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  47.36 
 
 		 593 aa  533  1e-150  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  47.03 
 
 		 606 aa  502  1e-141  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0633  TrkA-C  44.32 
 
 		 594 aa  493  9.999999999999999e-139  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0927115  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  45.12 
 
 		 588 aa  490  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  45.35 
 
 		 605 aa  490  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1238  hypothetical protein  43.83 
 
 		 590 aa  476  1e-133  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1238  hypothetical protein  43.33 
 
 		 590 aa  471  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1168  transporter, Divalent Anion:Sodium Symporter family  43.85 
 
 		 593 aa  471  1.0000000000000001e-131  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3381  TrkA-like  41.42 
 
 		 591 aa  458  1e-127  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1803  TrkA domain-containing protein  41.68 
 
 		 591 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129836 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1895  TrkA-C  44.88 
 
 		 591 aa  444  1e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.940085 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2162  TrkA-C  38.61 
 
 		 590 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0502  TrkA domain-containing protein  41.05 
 
 		 593 aa  430  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42475  hitchhiker  0.00110922 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1598  TrkA-C domain protein  40.69 
 
 		 593 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.332959  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3754  TrkA domain-containing protein  40.53 
 
 		 590 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5704  TrkA-C domain protein  38.88 
 
 		 588 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3860  transporter  41.15 
 
 		 586 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102256  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5342  TrkA-C domain protein  38.22 
 
 		 588 aa  405  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.270023 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2761  uncharacterized transporter  42.6 
 
 		 592 aa  402  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0332677 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0621  TrkA family protein  39.7 
 
 		 590 aa  402  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4381  TrkA domain-containing protein  41.19 
 
 		 591 aa  403  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.558265  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2081  TrkA-C  39.14 
 
 		 593 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0659  TrkA family protein  39.6 
 
 		 619 aa  396  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.702121  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3039  TrkA domain-containing protein  37.89 
 
 		 594 aa  381  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3445  TrkA domain-containing protein  39.34 
 
 		 587 aa  374  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3475  citrate transporter  39.7 
 
 		 591 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0424744  hitchhiker  0.000014271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  33.33 
 
 		 588 aa  338  9.999999999999999e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  33.88 
 
 		 588 aa  295  1e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3404  TrkA domain-containing protein  37.11 
 
 		 584 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  30.25 
 
 		 602 aa  286  5.999999999999999e-76  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  30.41 
 
 		 596 aa  286  7e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  29.25 
 
 		 613 aa  284  3.0000000000000004e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  34.43 
 
 		 588 aa  278  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  33.93 
 
 		 612 aa  275  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  30.56 
 
 		 597 aa  272  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3312  citrate transporter  32.31 
 
 		 610 aa  268  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00101097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  30.48 
 
 		 611 aa  262  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  33.33 
 
 		 592 aa  261  2e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14360  putative sodium:sulfate symporter  31.49 
 
 		 610 aa  261  4e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  31.45 
 
 		 598 aa  261  4e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  30.47 
 
 		 616 aa  260  5.0000000000000005e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1274  putative sodium:sulfate symporter  31.33 
 
 		 610 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1777  citrate transporter  30.16 
 
 		 609 aa  259  8e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  31.12 
 
 		 609 aa  258  2e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  29.98 
 
 		 610 aa  256  8e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  29.47 
 
 		 623 aa  256  8e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  29.98 
 
 		 630 aa  256  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  28.62 
 
 		 622 aa  256  1.0000000000000001e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  32.07 
 
 		 610 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  32.57 
 
 		 588 aa  255  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  29.82 
 
 		 610 aa  254  4.0000000000000004e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  29.77 
 
 		 596 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  30.94 
 
 		 627 aa  253  8.000000000000001e-66  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  29.68 
 
 		 593 aa  250  6e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1530  TrkA-C domain protein  28.84 
 
 		 591 aa  249  9e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2776  Citrate transporter  32.57 
 
 		 619 aa  249  1e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3152  Citrate transporter  31.42 
 
 		 580 aa  248  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  29.49 
 
 		 592 aa  248  2e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  29.84 
 
 		 609 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  31.17 
 
 		 609 aa  248  4e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3490  TrkA-C domain protein  29.38 
 
 		 608 aa  245  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1509  Citrate transporter  28.28 
 
 		 620 aa  244  3.9999999999999997e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355628  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3442  Citrate transporter  31.24 
 
 		 581 aa  243  6e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739627  normal  0.715274 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1106  TrkA-like protein  31.82 
 
 		 589 aa  243  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  28.41 
 
 		 596 aa  242  1e-62  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  28.24 
 
 		 596 aa  241  2e-62  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  32.57 
 
 		 591 aa  241  4e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  29.73 
 
 		 621 aa  240  5.999999999999999e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  28.48 
 
 		 616 aa  240  5.999999999999999e-62  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0693  TrkA domain-containing protein  28.9 
 
 		 607 aa  239  9e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00166729  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  30.83 
 
 		 611 aa  239  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3469  hypothetical protein  29.82 
 
 		 600 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.098173 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0631  TrkA-C domain protein  29.8 
 
 		 599 aa  238  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  29.67 
 
 		 589 aa  237  4e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2586  TrkA domain-containing protein  29.29 
 
 		 605 aa  234  4.0000000000000004e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  30.78 
 
 		 609 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  33.98 
 
 		 581 aa  233  6e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0290  TrkA domain-containing protein  32.28 
 
 		 618 aa  233  6e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  28.96 
 
 		 610 aa  233  7.000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1177  Citrate transporter  29.17 
 
 		 604 aa  233  8.000000000000001e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.437417  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0170  Citrate transporter  28.32 
 
 		 619 aa  233  9e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  31.13 
 
 		 609 aa  233  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  29.65 
 
 		 592 aa  231  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2793  TrkA domain-containing protein  29.01 
 
 		 588 aa  232  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  28.46 
 
 		 608 aa  231  4e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  30.54 
 
 		 588 aa  229  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2312  DASS family sodium/sulfate transporter  30.88 
 
 		 605 aa  228  3e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.160189 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2836  citrate transporter  28.99 
 
 		 610 aa  226  9e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  27.41 
 
 		 592 aa  225  1e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  27.17 
 
 		 592 aa  225  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  27.24 
 
 		 592 aa  224  4e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2447  putative transporter  29.13 
 
 		 610 aa  224  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.392855  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2347  TrkA domain-containing protein  29.57 
 
 		 588 aa  223  9e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1364  Citrate transporter  28.96 
 
 		 610 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.020399  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1360  citrate transporter  28.96 
 
 		 610 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.611944 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02177  hypothetical protein  28.96 
 
 		 610 aa  222  9.999999999999999e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>