More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0290 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3372  putative transporter  57.26 
 
 
609 aa  663    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.236753  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0290  TrkA domain-containing protein  100 
 
 
618 aa  1220    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1240  citrate transporter  60.6 
 
 
610 aa  689    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2884  TrkA domain-containing protein  37.46 
 
 
619 aa  327  3e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123208 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  33.61 
 
 
608 aa  314  3.9999999999999997e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  32.13 
 
 
596 aa  291  3e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  32.08 
 
 
602 aa  290  4e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1558  TrkA domain-containing protein  32.56 
 
 
613 aa  286  5.999999999999999e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256635  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  33.51 
 
 
596 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  31.61 
 
 
588 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  35.86 
 
 
588 aa  280  5e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  33.76 
 
 
597 aa  278  3e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0631  TrkA-C domain protein  32.19 
 
 
599 aa  269  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  33.69 
 
 
596 aa  267  2.9999999999999995e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  34.78 
 
 
592 aa  266  8e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  34.56 
 
 
592 aa  265  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  33.81 
 
 
596 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  31.58 
 
 
623 aa  262  1e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  32.83 
 
 
592 aa  263  1e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  33.51 
 
 
598 aa  258  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  29.77 
 
 
622 aa  256  1.0000000000000001e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0693  TrkA domain-containing protein  31.32 
 
 
607 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00166729  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2347  TrkA domain-containing protein  32.33 
 
 
588 aa  245  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1490  TrkA-C domain protein  30.16 
 
 
624 aa  244  3e-63  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1899  TrkA-C  31.32 
 
 
592 aa  243  7.999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  31.72 
 
 
592 aa  243  7.999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  31.32 
 
 
589 aa  242  1e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  31.99 
 
 
592 aa  242  1e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  29.98 
 
 
592 aa  240  5e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1530  TrkA-C domain protein  31.4 
 
 
591 aa  239  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  32.62 
 
 
627 aa  239  2e-61  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  33.03 
 
 
588 aa  239  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  32.01 
 
 
606 aa  238  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  34.05 
 
 
581 aa  237  5.0000000000000005e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1106  TrkA-like protein  34.62 
 
 
589 aa  236  6e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  31.58 
 
 
593 aa  236  7e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  31.18 
 
 
609 aa  234  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  29.86 
 
 
588 aa  230  5e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2793  TrkA domain-containing protein  30.85 
 
 
588 aa  230  6e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01481  DASS family sodium/sulfate transporter  30.18 
 
 
605 aa  230  6e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1447  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  30.18 
 
 
605 aa  230  7e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.629217  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1895  TrkA-C  32.18 
 
 
591 aa  229  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.940085 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  32.32 
 
 
632 aa  229  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  30.56 
 
 
593 aa  228  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1803  TrkA domain-containing protein  28.18 
 
 
591 aa  227  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00129836 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  29.33 
 
 
616 aa  226  1e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  31.6 
 
 
614 aa  224  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0104  Citrate transporter  31.92 
 
 
618 aa  223  9e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0381  DASS family sodium/sulfate transporter  31.08 
 
 
601 aa  223  9.999999999999999e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.223448  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  31.2 
 
 
605 aa  221  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0660  TrkA-C  31.38 
 
 
596 aa  221  3e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.178336  normal  0.122015 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0659  TrkA family protein  31.61 
 
 
619 aa  221  3.9999999999999997e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.702121  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0621  TrkA family protein  31.61 
 
 
590 aa  220  6e-56  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2312  DASS family sodium/sulfate transporter  31.08 
 
 
605 aa  219  8.999999999999998e-56  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.160189 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00921  DASS family sodium/sulfate transporter  30.36 
 
 
609 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2081  TrkA-C  30.38 
 
 
593 aa  217  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  32.33 
 
 
591 aa  217  4e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3330  DASS family sodium/sulfate transporter  30.56 
 
 
592 aa  217  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4056  TrkA domain-containing protein  30.56 
 
 
592 aa  217  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0633  TrkA-C  28.71 
 
 
594 aa  216  9.999999999999999e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0927115  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0637  membrane transporter  31.7 
 
 
620 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.797217  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3754  TrkA domain-containing protein  30.51 
 
 
590 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1861  citrate transporter  29.82 
 
 
587 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394844  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3381  TrkA-like  30.55 
 
 
591 aa  213  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1168  transporter, Divalent Anion:Sodium Symporter family  30.66 
 
 
593 aa  211  3e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  31.75 
 
 
588 aa  209  9e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_22453  predicted protein  28.87 
 
 
622 aa  209  2e-52  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5342  TrkA-C domain protein  27.57 
 
 
588 aa  206  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.270023 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3490  TrkA-C domain protein  29.26 
 
 
608 aa  206  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  29.41 
 
 
612 aa  206  1e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00961  DASS family sodium/sulfate transporter  28.67 
 
 
602 aa  206  1e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.531259  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  28.37 
 
 
609 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  27.29 
 
 
610 aa  205  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00951  DASS family sodium/sulfate transporter  28.31 
 
 
602 aa  205  2e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.8674  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  27.29 
 
 
630 aa  204  3e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  28.15 
 
 
613 aa  204  4e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02561  putative sodium/sulfate transporter, DASS family  30.37 
 
 
606 aa  204  4e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  29.93 
 
 
588 aa  203  6e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3860  transporter  28.73 
 
 
586 aa  203  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102256  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  27.29 
 
 
610 aa  203  7e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0502  TrkA domain-containing protein  29.25 
 
 
593 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42475  hitchhiker  0.00110922 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2766  uncharacterized transporter  32.28 
 
 
599 aa  202  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.14891 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3312  citrate transporter  29.04 
 
 
610 aa  201  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00101097  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  28.62 
 
 
611 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0170  Citrate transporter  30.19 
 
 
619 aa  199  1.0000000000000001e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3584  TrkA-C domain protein  30.23 
 
 
609 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2292  citrate transporter  29.78 
 
 
596 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0655867  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1238  hypothetical protein  28.2 
 
 
590 aa  197  6e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1238  hypothetical protein  27.82 
 
 
590 aa  196  8.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5704  TrkA-C domain protein  27.99 
 
 
588 aa  195  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859269  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0086  DASS family sodium/sulfate transporter  27.93 
 
 
602 aa  194  5e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.121034  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  28.06 
 
 
609 aa  193  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  28.09 
 
 
611 aa  192  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2586  TrkA domain-containing protein  29.18 
 
 
605 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  26.39 
 
 
610 aa  190  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14360  putative sodium:sulfate symporter  28.57 
 
 
610 aa  190  8e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  27.67 
 
 
609 aa  189  9e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  27.67 
 
 
609 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2681  citrate transporter  27.27 
 
 
608 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.146948  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1274  putative sodium:sulfate symporter  28.57 
 
 
610 aa  189  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>