68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6400 on replicon NC_009622
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  100 
 
 		 231 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  81.22 
 
 		 230 aa  394  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4173  VirB8  73.68 
 
 		 231 aa  360  9e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.717202  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4558  VirB8 family protein  76.96 
 
 		 231 aa  360  1e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837968  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4440  VirB8  54.59 
 
 		 238 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5004  VirB8 family protein  37.05 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.04145  normal  0.518843 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0682  VirB8 family protein  32.72 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.765146  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4341  VirB8  33.49 
 
 		 223 aa  132  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342732  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5081  VirB8 family protein  33.33 
 
 		 223 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0251  Type IV secretory pathway AvhB8 protein  35.48 
 
 		 223 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6211  VirB8 family protein  33.49 
 
 		 244 aa  108  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0724347 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5023  VirB8 family protein  33.8 
 
 		 238 aa  108  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00032583  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6330  VirB8 family protein  29.29 
 
 		 251 aa  102  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4372  VirB8 family protein  31.44 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.929771 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0176  cmgB8  28.77 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.579945  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0057  type IV secretion system protein VirB8  27.8 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0062  type IV secretion system protein VirB8  27.8 
 
 		 239 aa  91.7  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622511  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5819  VirB8 family protein  28.19 
 
 		 240 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0036  cmgB8  31.84 
 
 		 220 aa  89.7  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a016  conjugal transfer protein TraJ/VirB8  30.85 
 
 		 202 aa  87.8  1e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1142  VirB8 family protein  28.7 
 
 		 225 aa  85.1  8e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0013  conjugal transfer protein TraG  31.61 
 
 		 245 aa  82.8  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.734906 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2448  VirB8 family protein  26.61 
 
 		 351 aa  80.1  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1482  VirB8 family protein  28.04 
 
 		 227 aa  80.5  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0027  conjugal transfer protein  30.94 
 
 		 263 aa  77  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0158  hypothetical protein  26.89 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0453  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  29.72 
 
 		 248 aa  72  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0176  hypothetical protein  26.89 
 
 		 238 aa  71.6  0.000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0004  type IV secretion system protein VirB8  26.52 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.2066  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0043  TriG protein  29.11 
 
 		 228 aa  68.6  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3526  type IV secretion system protein VirB8  25.32 
 
 		 233 aa  67.8  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0044  type IV secretion system protein VirB8  23.2 
 
 		 237 aa  66.2  0.0000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.677049  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0866  VirB8 family protein  26.41 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0167  VirB8 family protein  27.36 
 
 		 252 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.42485 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0022  VirB8  21.82 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6155  type IV secretion system protein VirB8  25 
 
 		 237 aa  63.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08208  conjugal transfer protein TraG  22.17 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0743  type IV secretion system protein VirB8  24.77 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.123986  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2652  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  27.96 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3980  VirB8 family protein  28.16 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.505603  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1759  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  28.92 
 
 		 239 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117754  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6500  VirB8 family protein  26.54 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3645  VirB8 family protein  27.67 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0668357 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3815  VirB8  27.67 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.626186  normal  0.202746 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4848  VirB8  26.9 
 
 		 234 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4197  VirB8 family protein  26.9 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  0.861265 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3318  VirB8 family protein  26.9 
 
 		 234 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1681  type IV secretory pathway, VirB8 component  24.17 
 
 		 215 aa  54.3  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.944292  normal  0.516044 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  23.42 
 
 		 243 aa  52  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  29.15 
 
 		 234 aa  51.6  0.000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0097  pilx8 protein  27.98 
 
 		 237 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0330769  normal  0.561395 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  27.62 
 
 		 260 aa  50.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8221  type IV secretion system protein VirB8  23.03 
 
 		 237 aa  49.3  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  28.04 
 
 		 229 aa  48.9  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  28.72 
 
 		 234 aa  48.9  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7350  Type IV secretory pathway component VirB8 protein-like protein  23.18 
 
 		 299 aa  48.9  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.160326 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0113  TriG protein  26.27 
 
 		 228 aa  47.8  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  28.25 
 
 		 234 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  26.15 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  29.08 
 
 		 234 aa  46.6  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  27.44 
 
 		 234 aa  45.8  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  27.69 
 
 		 234 aa  45.8  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7530  VirB8 family protein  23.85 
 
 		 283 aa  45.8  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.587381  normal  0.0751978 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  27.44 
 
 		 234 aa  45.8  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  30.43 
 
 		 234 aa  45.4  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  27.44 
 
 		 234 aa  45.4  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  27.44 
 
 		 234 aa  45.1  0.0009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  27.69 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>