81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0168 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 229 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  59.65 
 
 		 229 aa  287  8e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  59.65 
 
 		 229 aa  287  8e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  63.39 
 
 		 227 aa  286  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  61.5 
 
 		 227 aa  285  5e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  61.5 
 
 		 227 aa  285  5.999999999999999e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  60.62 
 
 		 227 aa  284  8e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  59.21 
 
 		 228 aa  283  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  61.57 
 
 		 229 aa  283  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  61.14 
 
 		 229 aa  282  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  60.7 
 
 		 229 aa  281  6.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  59.13 
 
 		 229 aa  281  8.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  58.95 
 
 		 229 aa  278  6e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  60 
 
 		 226 aa  277  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  63.11 
 
 		 226 aa  276  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  59.29 
 
 		 227 aa  276  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  57.39 
 
 		 229 aa  275  4e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  57.33 
 
 		 226 aa  273  1.0000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  59.56 
 
 		 227 aa  273  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  60.26 
 
 		 229 aa  272  4.0000000000000004e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  57.33 
 
 		 226 aa  271  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  57.33 
 
 		 226 aa  271  7e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  58.59 
 
 		 229 aa  270  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 227 aa  270  1e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  60.44 
 
 		 227 aa  270  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  61.06 
 
 		 227 aa  269  2.9999999999999997e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  57.89 
 
 		 229 aa  268  5.9999999999999995e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  57.64 
 
 		 229 aa  266  2.9999999999999995e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  56.44 
 
 		 227 aa  265  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  56.09 
 
 		 229 aa  265  5.999999999999999e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  58.41 
 
 		 227 aa  264  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  56.58 
 
 		 227 aa  261  4.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  57.89 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  56 
 
 		 227 aa  251  7e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  53.33 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  54.22 
 
 		 234 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  54.22 
 
 		 234 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  52.23 
 
 		 234 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  52.89 
 
 		 234 aa  229  3e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  53.33 
 
 		 234 aa  228  4e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  52.89 
 
 		 234 aa  228  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  52.23 
 
 		 234 aa  228  7e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  51.79 
 
 		 234 aa  228  8e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  52.89 
 
 		 234 aa  227  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  50.89 
 
 		 234 aa  227  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  50.89 
 
 		 234 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  50.89 
 
 		 234 aa  226  2e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  52.44 
 
 		 234 aa  225  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  52.89 
 
 		 234 aa  226  3e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  50 
 
 		 234 aa  225  5.0000000000000005e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  52 
 
 		 234 aa  224  6e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  52.44 
 
 		 234 aa  223  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  49.55 
 
 		 234 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  48.44 
 
 		 234 aa  218  7.999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  46.19 
 
 		 261 aa  201  7e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  35.24 
 
 		 227 aa  165  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  34.96 
 
 		 232 aa  159  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  37.95 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  35.48 
 
 		 230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  33.63 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  31.48 
 
 		 220 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  33.63 
 
 		 220 aa  111  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  30.56 
 
 		 220 aa  109  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  30.73 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  28.24 
 
 		 221 aa  92.4  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  29.11 
 
 		 217 aa  86.7  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  25.79 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  25.22 
 
 		 260 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  25.34 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  28.84 
 
 		 229 aa  77.4  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  26.76 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  26.76 
 
 		 222 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  22.58 
 
 		 240 aa  67.4  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  26.14 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  27.23 
 
 		 222 aa  58.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  45.83 
 
 		 56 aa  50.4  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  28.04 
 
 		 231 aa  48.9  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  21.96 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  24.35 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  22.71 
 
 		 232 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>