55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4440 on replicon NC_007960
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007960  Nham_4440  VirB8  100 
 
 		 238 aa  484  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  54.59 
 
 		 231 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  53.39 
 
 		 230 aa  249  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4173  VirB8  53.21 
 
 		 231 aa  244  9.999999999999999e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.717202  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4558  VirB8 family protein  55.87 
 
 		 231 aa  237  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837968  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5004  VirB8 family protein  35.07 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.04145  normal  0.518843 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0251  Type IV secretory pathway AvhB8 protein  35.98 
 
 		 223 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4341  VirB8  32.23 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342732  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5081  VirB8 family protein  33.18 
 
 		 223 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0682  VirB8 family protein  31.75 
 
 		 223 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.765146  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5819  VirB8 family protein  33.63 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5023  VirB8 family protein  29.61 
 
 		 238 aa  103  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00032583  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6211  VirB8 family protein  34.52 
 
 		 244 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0724347 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4372  VirB8 family protein  31.12 
 
 		 228 aa  99.8  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.929771 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6330  VirB8 family protein  29.22 
 
 		 251 aa  95.1  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1142  VirB8 family protein  33.18 
 
 		 225 aa  94  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a016  conjugal transfer protein TraJ/VirB8  31.96 
 
 		 202 aa  92.8  5e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0176  cmgB8  31.47 
 
 		 225 aa  91.7  9e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.579945  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0036  cmgB8  31.63 
 
 		 220 aa  90.9  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0004  type IV secretion system protein VirB8  31.32 
 
 		 226 aa  85.5  7e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.2066  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0057  type IV secretion system protein VirB8  27.98 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0062  type IV secretion system protein VirB8  27.98 
 
 		 239 aa  82.4  0.000000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622511  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0022  VirB8  24.62 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0044  type IV secretion system protein VirB8  25.13 
 
 		 237 aa  81.6  0.00000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.677049  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2448  VirB8 family protein  28.12 
 
 		 351 aa  79.3  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0043  TriG protein  27.1 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0013  conjugal transfer protein TraG  26.7 
 
 		 245 aa  71.6  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.734906 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0158  hypothetical protein  26.55 
 
 		 238 aa  70.1  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08208  conjugal transfer protein TraG  25.75 
 
 		 251 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0176  hypothetical protein  26.11 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0453  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  26.84 
 
 		 248 aa  65.5  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1482  VirB8 family protein  26.85 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4848  VirB8  28.99 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3318  VirB8 family protein  28.99 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4197  VirB8 family protein  27.36 
 
 		 234 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  0.861265 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0027  conjugal transfer protein  25.21 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0743  type IV secretion system protein VirB8  23.2 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.123986  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0866  VirB8 family protein  23.98 
 
 		 290 aa  58.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0167  VirB8 family protein  24.55 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.42485 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6155  type IV secretion system protein VirB8  23.15 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6500  VirB8 family protein  26.89 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3526  type IV secretion system protein VirB8  23.26 
 
 		 233 aa  53.9  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2652  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  28.79 
 
 		 234 aa  52  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7530  VirB8 family protein  24.37 
 
 		 283 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.587381  normal  0.0751978 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3815  VirB8  26.85 
 
 		 217 aa  50.1  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.626186  normal  0.202746 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1759  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  28.43 
 
 		 239 aa  49.7  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117754  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3980  VirB8 family protein  26.29 
 
 		 217 aa  49.3  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.505603  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3645  VirB8 family protein  26.06 
 
 		 218 aa  49.3  0.00005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0668357 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7350  Type IV secretory pathway component VirB8 protein-like protein  24.67 
 
 		 299 aa  48.5  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.160326 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  24.32 
 
 		 243 aa  48.1  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0097  pilx8 protein  25.9 
 
 		 237 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0330769  normal  0.561395 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1681  type IV secretory pathway, VirB8 component  24.54 
 
 		 215 aa  46.6  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.944292  normal  0.516044 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0113  TriG protein  27.4 
 
 		 228 aa  46.6  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  26.14 
 
 		 247 aa  45.4  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8221  type IV secretion system protein VirB8  21.84 
 
 		 237 aa  42.7  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>