50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5819 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5819  VirB8 family protein  100 
 
 		 240 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5081  VirB8 family protein  39.74 
 
 		 223 aa  145  8.000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0682  VirB8 family protein  32.6 
 
 		 223 aa  132  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.765146  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5004  VirB8 family protein  35.29 
 
 		 229 aa  131  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.04145  normal  0.518843 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0062  type IV secretion system protein VirB8  35.62 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622511  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0057  type IV secretion system protein VirB8  35.62 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4341  VirB8  37 
 
 		 223 aa  125  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342732  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4372  VirB8 family protein  35.53 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.929771 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6330  VirB8 family protein  32.58 
 
 		 251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0251  Type IV secretory pathway AvhB8 protein  35.65 
 
 		 223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4440  VirB8  33.63 
 
 		 238 aa  113  3e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1142  VirB8 family protein  38.16 
 
 		 225 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0176  cmgB8  32.69 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.579945  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  28.19 
 
 		 231 aa  100  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4173  VirB8  29.78 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.717202  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0453  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  29.66 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5023  VirB8 family protein  29.2 
 
 		 238 aa  95.5  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00032583  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0043  TriG protein  28.25 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a016  conjugal transfer protein TraJ/VirB8  32.84 
 
 		 202 aa  93.6  2e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  27.95 
 
 		 230 aa  94.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0036  cmgB8  31.84 
 
 		 220 aa  93.2  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4558  VirB8 family protein  29.82 
 
 		 231 aa  89  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837968  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0013  conjugal transfer protein TraG  32.2 
 
 		 245 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.734906 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08208  conjugal transfer protein TraG  27.52 
 
 		 251 aa  85.9  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0167  VirB8 family protein  29.36 
 
 		 252 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.42485 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2448  VirB8 family protein  31.28 
 
 		 351 aa  82.8  0.000000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7530  VirB8 family protein  29.96 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.587381  normal  0.0751978 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6500  VirB8 family protein  29.19 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1759  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  30.1 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117754  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2652  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  29.11 
 
 		 234 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4197  VirB8 family protein  27.75 
 
 		 234 aa  72  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  0.861265 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6211  VirB8 family protein  28.23 
 
 		 244 aa  70.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0724347 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0866  VirB8 family protein  27.24 
 
 		 290 aa  70.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3318  VirB8 family protein  27.27 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4848  VirB8  27.27 
 
 		 234 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7350  Type IV secretory pathway component VirB8 protein-like protein  27.85 
 
 		 299 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.160326 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0176  hypothetical protein  23.61 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0158  hypothetical protein  23.18 
 
 		 238 aa  65.5  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6155  type IV secretion system protein VirB8  27.6 
 
 		 237 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0022  VirB8  25.33 
 
 		 234 aa  62  0.000000009  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3526  type IV secretion system protein VirB8  25.22 
 
 		 233 aa  61.6  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0044  type IV secretion system protein VirB8  24.34 
 
 		 237 aa  60.8  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.677049  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0004  type IV secretion system protein VirB8  28.19 
 
 		 226 aa  60.1  0.00000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.2066  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1482  VirB8 family protein  26.13 
 
 		 227 aa  58.9  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0027  conjugal transfer protein  27.08 
 
 		 263 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0743  type IV secretion system protein VirB8  26.34 
 
 		 225 aa  52.8  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.123986  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1681  type IV secretory pathway, VirB8 component  24.14 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.944292  normal  0.516044 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8221  type IV secretion system protein VirB8  25.86 
 
 		 237 aa  50.4  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0113  TriG protein  27.06 
 
 		 228 aa  47.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  46.81 
 
 		 243 aa  43.5  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>