40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0866 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0866  VirB8 family protein  100 
 
 		 290 aa  587  1e-166  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1681  type IV secretory pathway, VirB8 component  80 
 
 		 215 aa  354  1e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.944292  normal  0.516044 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0453  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  39.65 
 
 		 248 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4197  VirB8 family protein  41.29 
 
 		 234 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  0.861265 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4848  VirB8  40.8 
 
 		 234 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3318  VirB8 family protein  40.8 
 
 		 234 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0167  VirB8 family protein  38.12 
 
 		 252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.42485 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6330  VirB8 family protein  39.45 
 
 		 251 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6500  VirB8 family protein  37.73 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2652  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  39.11 
 
 		 234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1759  putative type IV secretion system protein VirB8/TraJ  40.49 
 
 		 239 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0117754  normal  0.26092 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0057  type IV secretion system protein VirB8  34.42 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0062  type IV secretion system protein VirB8  34.42 
 
 		 239 aa  124  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622511  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0176  cmgB8  29.77 
 
 		 225 aa  106  4e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.579945  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0682  VirB8 family protein  34.43 
 
 		 223 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.765146  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a016  conjugal transfer protein TraJ/VirB8  30.92 
 
 		 202 aa  96.3  5e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0036  cmgB8  34.13 
 
 		 220 aa  94.7  2e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0043  TriG protein  30.14 
 
 		 228 aa  91.7  1e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2448  VirB8 family protein  29.36 
 
 		 351 aa  86.3  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08208  conjugal transfer protein TraG  31.78 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5081  VirB8 family protein  34.6 
 
 		 223 aa  82  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.477403 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1142  VirB8 family protein  34.91 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1482  VirB8 family protein  31.16 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.96706  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4341  VirB8  32.23 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342732  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5023  VirB8 family protein  26.51 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00032583  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0251  Type IV secretory pathway AvhB8 protein  30.73 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5004  VirB8 family protein  30.17 
 
 		 229 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.04145  normal  0.518843 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4372  VirB8 family protein  31.11 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.929771 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4173  VirB8  26.67 
 
 		 231 aa  65.1  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.717202  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  26.41 
 
 		 231 aa  65.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0013  conjugal transfer protein TraG  31.64 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.734906 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0027  conjugal transfer protein  31.67 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0097  pilx8 protein  28.07 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0330769  normal  0.561395 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4440  VirB8  23.98 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  24.45 
 
 		 230 aa  58.2  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4558  VirB8 family protein  27.59 
 
 		 231 aa  57  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.837968  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6211  VirB8 family protein  30.62 
 
 		 244 aa  56.2  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0724347 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5819  VirB8 family protein  27.24 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0113  TriG protein  23.93 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3526  type IV secretion system protein VirB8  23.53 
 
 		 233 aa  44.3  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>