86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2011 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  97.86 
 
 		 234 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  94.87 
 
 		 234 aa  460  1e-129  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  94.87 
 
 		 234 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  93.16 
 
 		 234 aa  453  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  91.03 
 
 		 234 aa  444  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  91.45 
 
 		 234 aa  443  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  88.46 
 
 		 234 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  88.46 
 
 		 234 aa  431  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  88.46 
 
 		 234 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  87.61 
 
 		 234 aa  428  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  86.32 
 
 		 234 aa  425  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  86.75 
 
 		 234 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  86.75 
 
 		 234 aa  424  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  87.18 
 
 		 234 aa  424  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  86.75 
 
 		 234 aa  425  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  85.9 
 
 		 234 aa  422  1e-117  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  85.9 
 
 		 234 aa  418  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  68.8 
 
 		 234 aa  335  2.9999999999999997e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  62.5 
 
 		 229 aa  302  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  61.61 
 
 		 227 aa  297  9e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  60.27 
 
 		 228 aa  295  3e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 229 aa  293  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 229 aa  293  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 229 aa  291  6e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  61.16 
 
 		 229 aa  290  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  63.39 
 
 		 226 aa  290  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  62.05 
 
 		 227 aa  290  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 229 aa  288  6e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 227 aa  288  7e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 226 aa  288  7e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 226 aa  287  8e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  59.11 
 
 		 229 aa  286  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 227 aa  285  5e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 227 aa  284  9e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 229 aa  284  9e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  60.44 
 
 		 229 aa  283  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  60.27 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  60.27 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 226 aa  281  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  57.14 
 
 		 227 aa  281  7.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  60.27 
 
 		 227 aa  280  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 229 aa  280  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  56.7 
 
 		 227 aa  279  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 227 aa  278  4e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 227 aa  278  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  56.25 
 
 		 229 aa  275  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  55.8 
 
 		 227 aa  274  8e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  57.08 
 
 		 227 aa  273  1.0000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  55.41 
 
 		 232 aa  272  4.0000000000000004e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  56.25 
 
 		 226 aa  270  2e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  53.02 
 
 		 261 aa  249  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  54.46 
 
 		 227 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  51.57 
 
 		 228 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  53.33 
 
 		 229 aa  228  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  41.96 
 
 		 227 aa  195  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  40.79 
 
 		 232 aa  186  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  42.86 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  40.57 
 
 		 232 aa  167  9e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  40.19 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 220 aa  109  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  29.82 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  30.09 
 
 		 220 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  30.05 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  29.49 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  29.82 
 
 		 220 aa  99.4  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  31.36 
 
 		 260 aa  96.7  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  29.96 
 
 		 260 aa  95.1  7e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  30.91 
 
 		 260 aa  95.1  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  29.65 
 
 		 229 aa  93.6  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  32.24 
 
 		 217 aa  87  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  26.73 
 
 		 222 aa  85.5  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  26.73 
 
 		 222 aa  85.5  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  30.95 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  26.27 
 
 		 240 aa  78.2  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  27.19 
 
 		 222 aa  71.6  0.000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  24.89 
 
 		 238 aa  68.6  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  28.9 
 
 		 243 aa  68.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  58.7 
 
 		 56 aa  62  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  24.37 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  19.91 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  21.16 
 
 		 232 aa  48.5  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  24.58 
 
 		 247 aa  48.5  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  27.44 
 
 		 231 aa  45.8  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  26.73 
 
 		 230 aa  43.9  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3697  hypothetical protein  24.42 
 
 		 231 aa  43.1  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.477801  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>