50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_5457 on replicon NC_007950
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  100 
 
 		 256 aa  524  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  37.61 
 
 		 243 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  27.91 
 
 		 232 aa  103  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4237  hypothetical protein  25.38 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  26.63 
 
 		 234 aa  64.7  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  25 
 
 		 247 aa  63.5  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  26.63 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  25.84 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  26.32 
 
 		 234 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  23.29 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5545  hypothetical protein  27.4 
 
 		 238 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0140243 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  24.37 
 
 		 234 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  25.84 
 
 		 234 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  26.63 
 
 		 234 aa  58.9  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  27.64 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  24.87 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  24.75 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  23.35 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  25.13 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  25.13 
 
 		 234 aa  55.1  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  27.96 
 
 		 226 aa  55.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6571  hypothetical protein  27.34 
 
 		 238 aa  53.9  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.625526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  25.13 
 
 		 234 aa  52.4  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  25.13 
 
 		 234 aa  52  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  22.17 
 
 		 227 aa  52  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  25.13 
 
 		 234 aa  52  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  24.75 
 
 		 234 aa  52  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  27.46 
 
 		 220 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  24.77 
 
 		 229 aa  50.1  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  24.62 
 
 		 234 aa  49.7  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  24.23 
 
 		 220 aa  49.3  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  24.2 
 
 		 229 aa  48.5  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6400  VirB8 family protein  26.15 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6301  hypothetical protein  25 
 
 		 235 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  23.61 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  23.48 
 
 		 229 aa  45.8  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  23.48 
 
 		 229 aa  45.8  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  23.29 
 
 		 229 aa  45.8  0.0007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  21.43 
 
 		 229 aa  45.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  25 
 
 		 229 aa  44.7  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  25.34 
 
 		 220 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  23.87 
 
 		 229 aa  44.3  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  23.89 
 
 		 227 aa  44.3  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  23.98 
 
 		 229 aa  44.3  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  21.37 
 
 		 232 aa  43.9  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  22.12 
 
 		 227 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4173  VirB8  26.02 
 
 		 231 aa  42.7  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.717202  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  23.35 
 
 		 220 aa  42.7  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  22.43 
 
 		 229 aa  42.4  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  20.56 
 
 		 228 aa  42  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>