54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4754 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  100 
 
 		 232 aa  484  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  30.61 
 
 		 243 aa  119  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  27.91 
 
 		 256 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  25 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  22.87 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  23.85 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4237  hypothetical protein  25.73 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  25.56 
 
 		 226 aa  57.8  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5414  hypothetical protein  28.57 
 
 		 242 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5009  hypothetical protein  28.57 
 
 		 242 aa  55.8  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.289444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  26.98 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  25.84 
 
 		 229 aa  53.1  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  21.99 
 
 		 234 aa  50.4  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  23.79 
 
 		 229 aa  50.8  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  24.77 
 
 		 227 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  23.66 
 
 		 227 aa  50.1  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  24.17 
 
 		 229 aa  50.1  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  21.99 
 
 		 234 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  21.16 
 
 		 234 aa  49.3  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6330  VirB8 family protein  24.35 
 
 		 251 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  21.16 
 
 		 234 aa  48.9  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  21.16 
 
 		 234 aa  48.5  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  23.77 
 
 		 229 aa  47.8  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  21.58 
 
 		 234 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  24.53 
 
 		 229 aa  48.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  21.16 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  24.06 
 
 		 229 aa  47.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  23.22 
 
 		 229 aa  47  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  20.75 
 
 		 234 aa  47  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  21.16 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5545  hypothetical protein  22.63 
 
 		 238 aa  46.6  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0140243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  23.22 
 
 		 229 aa  46.2  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5191  type IV secretory pathway, conjugal transfert protein (putative precursor)  21.52 
 
 		 237 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.100483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  23.83 
 
 		 230 aa  46.2  0.0005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1526  hypothetical protein  21.52 
 
 		 237 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  23.83 
 
 		 227 aa  45.4  0.0007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  20.75 
 
 		 234 aa  45.4  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  24.04 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  20.75 
 
 		 234 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  23.56 
 
 		 228 aa  44.3  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  22.71 
 
 		 229 aa  44.3  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  20.33 
 
 		 234 aa  43.9  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  23.7 
 
 		 229 aa  43.9  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  22.97 
 
 		 227 aa  43.5  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  23.58 
 
 		 229 aa  43.1  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  23.58 
 
 		 227 aa  43.1  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  21.36 
 
 		 227 aa  43.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  20.93 
 
 		 227 aa  42.7  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  20.33 
 
 		 234 aa  42.4  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  20.33 
 
 		 234 aa  42.7  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  21.55 
 
 		 232 aa  42.4  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6571  hypothetical protein  21.25 
 
 		 238 aa  42.4  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.625526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  20.75 
 
 		 234 aa  42  0.008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  23.56 
 
 		 226 aa  42  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>