83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1348 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 234 aa  477  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  98.72 
 
 		 234 aa  472  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  98.29 
 
 		 234 aa  470  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  98.29 
 
 		 234 aa  471  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  96.15 
 
 		 234 aa  464  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  94.44 
 
 		 234 aa  454  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  92.31 
 
 		 234 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  90.6 
 
 		 234 aa  440  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  89.32 
 
 		 234 aa  434  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  89.74 
 
 		 234 aa  436  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  87.18 
 
 		 234 aa  427  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  87.61 
 
 		 234 aa  428  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  86.32 
 
 		 234 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  85.04 
 
 		 234 aa  418  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  85.47 
 
 		 234 aa  417  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  85.04 
 
 		 234 aa  417  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  84.19 
 
 		 234 aa  416  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  84.19 
 
 		 234 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  66.24 
 
 		 234 aa  322  3e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  62.05 
 
 		 229 aa  304  7e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 228 aa  296  2e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 227 aa  294  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  63.39 
 
 		 226 aa  293  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  61.61 
 
 		 227 aa  291  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 227 aa  291  6e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 		 229 aa  291  9e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 229 aa  291  9e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 229 aa  291  9e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 226 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 227 aa  289  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 226 aa  289  3e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 229 aa  287  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  60.89 
 
 		 229 aa  286  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  60.27 
 
 		 229 aa  286  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 		 229 aa  286  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 226 aa  285  5e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 		 227 aa  285  5e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 227 aa  284  1.0000000000000001e-75  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 		 229 aa  283  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  58.41 
 
 		 227 aa  283  2.0000000000000002e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  57.14 
 
 		 229 aa  283  2.0000000000000002e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  57.78 
 
 		 229 aa  282  3.0000000000000004e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 229 aa  280  1e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 229 aa  279  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 227 aa  279  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  55.8 
 
 		 227 aa  279  3e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  54.91 
 
 		 227 aa  277  9e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 227 aa  275  6e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  54.55 
 
 		 232 aa  273  1.0000000000000001e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  56.7 
 
 		 226 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  57.59 
 
 		 227 aa  270  1e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  53.02 
 
 		 261 aa  250  1e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  54.91 
 
 		 227 aa  250  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  52.02 
 
 		 228 aa  234  9e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  52.23 
 
 		 229 aa  228  8e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  40.18 
 
 		 227 aa  194  8.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  44.2 
 
 		 228 aa  191  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  40.35 
 
 		 232 aa  186  3e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  40.19 
 
 		 230 aa  162  3e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  39.15 
 
 		 232 aa  157  9e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  31.16 
 
 		 220 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  28.84 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  28.97 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  29.3 
 
 		 220 aa  102  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  29.3 
 
 		 220 aa  101  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  29.25 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  32.41 
 
 		 260 aa  99.8  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 260 aa  97.8  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 260 aa  97.8  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  29.96 
 
 		 229 aa  91.3  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  27.78 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  27.78 
 
 		 222 aa  87.4  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  32.71 
 
 		 217 aa  86.3  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  29.67 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  28.51 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  28.24 
 
 		 222 aa  72.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  25.11 
 
 		 238 aa  65.9  0.0000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  56.25 
 
 		 56 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  26.63 
 
 		 256 aa  58.9  0.00000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  27.85 
 
 		 243 aa  58.5  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  21.16 
 
 		 232 aa  48.9  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  17.68 
 
 		 260 aa  47.8  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  21.88 
 
 		 247 aa  46.2  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>