83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1477 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 229 aa  461  1e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  88.21 
 
 		 229 aa  421  1e-117  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  87.77 
 
 		 229 aa  419  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  82.53 
 
 		 229 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  82.53 
 
 		 229 aa  397  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  84.28 
 
 		 229 aa  388  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  80.35 
 
 		 229 aa  389  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  84.44 
 
 		 226 aa  384  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  83.84 
 
 		 229 aa  386  1e-106  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  82.97 
 
 		 229 aa  382  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  81.94 
 
 		 227 aa  377  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  77.53 
 
 		 227 aa  379  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  81.06 
 
 		 227 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  77.97 
 
 		 228 aa  376  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  79.04 
 
 		 229 aa  375  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  74.89 
 
 		 227 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  74.45 
 
 		 227 aa  366  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  73.36 
 
 		 229 aa  360  7.0000000000000005e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  72.89 
 
 		 226 aa  358  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  70.93 
 
 		 227 aa  358  5e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  71.62 
 
 		 229 aa  356  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  72.69 
 
 		 227 aa  355  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  71.81 
 
 		 227 aa  354  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  72.69 
 
 		 227 aa  351  5.9999999999999994e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  72.89 
 
 		 226 aa  345  3e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  68.28 
 
 		 227 aa  340  7e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  66.67 
 
 		 226 aa  340  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  68.12 
 
 		 229 aa  338  5.9999999999999996e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  67.11 
 
 		 227 aa  330  1e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  65.64 
 
 		 227 aa  328  3e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  64.6 
 
 		 226 aa  317  1e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  66.08 
 
 		 227 aa  306  2.0000000000000002e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 234 aa  295  5e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 234 aa  293  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 234 aa  291  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 234 aa  290  1e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  59.56 
 
 		 234 aa  290  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  60 
 
 		 234 aa  290  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  59.56 
 
 		 234 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  58.67 
 
 		 234 aa  288  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 234 aa  288  5.0000000000000004e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  59.11 
 
 		 234 aa  286  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  58.22 
 
 		 234 aa  287  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  59.56 
 
 		 234 aa  286  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  57.78 
 
 		 234 aa  285  5e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  57.78 
 
 		 234 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  57.78 
 
 		 234 aa  282  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  57.33 
 
 		 234 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  57.96 
 
 		 232 aa  280  1e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  57.78 
 
 		 234 aa  280  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  56.89 
 
 		 234 aa  279  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  58.41 
 
 		 228 aa  270  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  56.89 
 
 		 234 aa  267  8.999999999999999e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  56.09 
 
 		 229 aa  265  5.999999999999999e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  48.43 
 
 		 261 aa  228  9e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  41.41 
 
 		 227 aa  192  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  41.52 
 
 		 228 aa  180  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  39.44 
 
 		 232 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  35.05 
 
 		 232 aa  151  7e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  34.42 
 
 		 230 aa  141  7e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  31.34 
 
 		 220 aa  115  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  30.77 
 
 		 220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  31.98 
 
 		 220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  32.72 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  32.26 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  30 
 
 		 221 aa  108  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  34.11 
 
 		 217 aa  95.9  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  29.22 
 
 		 260 aa  93.2  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  28.77 
 
 		 260 aa  91.3  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  28.77 
 
 		 260 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  30.77 
 
 		 229 aa  85.5  6e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  84.78 
 
 		 56 aa  79  0.00000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  26.73 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  26.73 
 
 		 222 aa  78.6  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  26.34 
 
 		 240 aa  70.5  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  21.3 
 
 		 238 aa  67  0.0000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  27.19 
 
 		 222 aa  65.5  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  21.63 
 
 		 232 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  27.6 
 
 		 243 aa  57  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  22.62 
 
 		 247 aa  50.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  24.53 
 
 		 232 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  23.98 
 
 		 256 aa  44.3  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  21.24 
 
 		 260 aa  42  0.007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>