81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_0311 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 
227 aa  456  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  80.89 
 
 
227 aa  383  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  77.78 
 
 
227 aa  369  1e-101  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  73.01 
 
 
227 aa  357  8e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  73.01 
 
 
227 aa  357  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  72.57 
 
 
227 aa  354  5.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  72.12 
 
 
229 aa  351  5e-96  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  68.14 
 
 
228 aa  343  8.999999999999999e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  73.89 
 
 
227 aa  343  1e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  72.12 
 
 
226 aa  343  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  71.11 
 
 
229 aa  343  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  69.47 
 
 
226 aa  342  4e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  73.45 
 
 
227 aa  340  7e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  73.89 
 
 
226 aa  340  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  70.22 
 
 
229 aa  338  2.9999999999999998e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  69.03 
 
 
226 aa  338  5e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  68.14 
 
 
229 aa  337  8e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  68.14 
 
 
229 aa  337  8e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  69.03 
 
 
229 aa  336  1.9999999999999998e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  66.81 
 
 
229 aa  333  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  72.57 
 
 
227 aa  332  2e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  67.26 
 
 
227 aa  332  4e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  69.03 
 
 
227 aa  331  7.000000000000001e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  68.58 
 
 
226 aa  330  1e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  67.11 
 
 
229 aa  330  1e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  67.26 
 
 
227 aa  328  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  66.81 
 
 
229 aa  327  8e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  67.26 
 
 
227 aa  323  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  69.47 
 
 
229 aa  321  6e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  68 
 
 
229 aa  318  3.9999999999999996e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  65.49 
 
 
229 aa  310  1e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  65.62 
 
 
229 aa  306  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 
234 aa  285  5e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  58.85 
 
 
234 aa  285  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  58.85 
 
 
234 aa  285  5.999999999999999e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  58.41 
 
 
234 aa  283  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  58.41 
 
 
234 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  57.96 
 
 
232 aa  281  4.0000000000000003e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  58.41 
 
 
234 aa  281  7.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  57.08 
 
 
234 aa  279  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 
234 aa  280  2e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  60.18 
 
 
228 aa  279  2e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 
234 aa  278  5e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  57.08 
 
 
234 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  57.08 
 
 
234 aa  276  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  56.7 
 
 
234 aa  275  3e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  57.14 
 
 
234 aa  275  5e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  56.19 
 
 
234 aa  274  7e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  56.19 
 
 
234 aa  274  8e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  56.64 
 
 
234 aa  274  8e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  57.08 
 
 
234 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  59.56 
 
 
229 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  56.7 
 
 
234 aa  272  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  55.11 
 
 
234 aa  256  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  51.33 
 
 
261 aa  235  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  40.18 
 
 
227 aa  191  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  41.52 
 
 
228 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  37.61 
 
 
232 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  38.81 
 
 
230 aa  152  4e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  33.63 
 
 
232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  30.36 
 
 
220 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  29.46 
 
 
220 aa  107  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  29.46 
 
 
220 aa  104  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  33.8 
 
 
217 aa  104  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  31.25 
 
 
260 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  30.8 
 
 
260 aa  102  6e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  30.8 
 
 
260 aa  101  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  29.22 
 
 
220 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  28.84 
 
 
220 aa  99  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  28.5 
 
 
221 aa  97.4  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  27.78 
 
 
222 aa  91.7  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  27.78 
 
 
222 aa  91.7  8e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  30.56 
 
 
229 aa  90.5  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  29.39 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  28.02 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  27.31 
 
 
222 aa  75.9  0.0000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  25.23 
 
 
232 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  62.79 
 
 
56 aa  60.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  21.76 
 
 
260 aa  46.6  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  24.04 
 
 
232 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  27.48 
 
 
243 aa  45.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>