84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7748 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 226 aa  455  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  87.11 
 
 		 229 aa  414  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  87.56 
 
 		 229 aa  410  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  87.17 
 
 		 227 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  86.67 
 
 		 229 aa  408  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  86.67 
 
 		 229 aa  408  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  84.44 
 
 		 229 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  84.51 
 
 		 229 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  90.27 
 
 		 227 aa  400  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  88.05 
 
 		 229 aa  399  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  88.94 
 
 		 227 aa  396  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  87.11 
 
 		 229 aa  394  1e-109  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  82.3 
 
 		 227 aa  391  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  80.53 
 
 		 228 aa  392  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  81.42 
 
 		 227 aa  386  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  76.99 
 
 		 227 aa  377  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  79.56 
 
 		 229 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  79.56 
 
 		 229 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  82.14 
 
 		 229 aa  375  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  82.22 
 
 		 229 aa  376  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  79.65 
 
 		 226 aa  371  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  79.56 
 
 		 227 aa  373  1e-102  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  76.11 
 
 		 226 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  74.78 
 
 		 227 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  75.11 
 
 		 227 aa  360  9e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  73.89 
 
 		 229 aa  356  1.9999999999999998e-97  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  73.89 
 
 		 227 aa  355  2.9999999999999997e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  73.01 
 
 		 226 aa  355  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  72.12 
 
 		 227 aa  349  2e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  73.01 
 
 		 226 aa  347  7e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  72.44 
 
 		 227 aa  345  5e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  71.24 
 
 		 227 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  64.29 
 
 		 234 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  63.84 
 
 		 234 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  63.39 
 
 		 234 aa  305  5.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  64.73 
 
 		 234 aa  304  7e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  64.29 
 
 		 234 aa  304  8.000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  63.39 
 
 		 234 aa  303  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  62.95 
 
 		 234 aa  301  5.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  63.39 
 
 		 234 aa  301  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  62.95 
 
 		 234 aa  301  7.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  62.5 
 
 		 234 aa  300  8.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  62.95 
 
 		 234 aa  300  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  63.39 
 
 		 234 aa  299  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  62.95 
 
 		 234 aa  299  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  62.5 
 
 		 234 aa  297  7e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  63.39 
 
 		 234 aa  298  7e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  62.5 
 
 		 234 aa  297  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  62.95 
 
 		 234 aa  296  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  61.78 
 
 		 232 aa  295  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  62.95 
 
 		 234 aa  294  6e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  64.44 
 
 		 228 aa  294  6e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  63.11 
 
 		 229 aa  288  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  57.59 
 
 		 234 aa  272  4.0000000000000004e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  50.22 
 
 		 261 aa  232  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  41.96 
 
 		 227 aa  201  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  42.86 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  39.38 
 
 		 232 aa  187  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  35.98 
 
 		 232 aa  154  9e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  35.65 
 
 		 230 aa  150  2e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  32.58 
 
 		 220 aa  120  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  32.72 
 
 		 220 aa  119  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  32.58 
 
 		 220 aa  118  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  32.87 
 
 		 220 aa  115  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  33.18 
 
 		 220 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  30.91 
 
 		 221 aa  112  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  34.11 
 
 		 217 aa  100  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  29.44 
 
 		 260 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  29.31 
 
 		 260 aa  99  5e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  29 
 
 		 260 aa  98.2  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  30.53 
 
 		 229 aa  97.1  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  27.65 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  27.65 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  27.39 
 
 		 240 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  24.89 
 
 		 238 aa  79.7  0.00000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  28.11 
 
 		 222 aa  73.6  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  74.42 
 
 		 56 aa  70.1  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  22.27 
 
 		 232 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  22.57 
 
 		 260 aa  52.4  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  28.96 
 
 		 243 aa  50.4  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  23.03 
 
 		 247 aa  48.9  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  24.04 
 
 		 232 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  23.61 
 
 		 256 aa  46.6  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0898  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  20.77 
 
 		 234 aa  46.6  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>