82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3093 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 227 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  94.71 
 
 		 227 aa  443  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  81.5 
 
 		 227 aa  391  1e-108  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  81.86 
 
 		 229 aa  387  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  80.97 
 
 		 229 aa  383  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  78.41 
 
 		 229 aa  378  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  78.41 
 
 		 229 aa  378  1e-104  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  76.21 
 
 		 229 aa  374  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  77.53 
 
 		 229 aa  374  1e-103  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  77.09 
 
 		 229 aa  375  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  81.06 
 
 		 227 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  74.01 
 
 		 229 aa  370  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  81.42 
 
 		 226 aa  367  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  75.33 
 
 		 227 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  79.74 
 
 		 227 aa  370  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  74.45 
 
 		 229 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  77.09 
 
 		 227 aa  365  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  73.45 
 
 		 228 aa  362  2e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  72.12 
 
 		 226 aa  361  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  77.53 
 
 		 229 aa  359  2e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  74.34 
 
 		 226 aa  356  9.999999999999999e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  72.57 
 
 		 227 aa  354  5.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  74.01 
 
 		 227 aa  353  2e-96  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  75.33 
 
 		 229 aa  351  7e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  72.25 
 
 		 227 aa  350  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  70.93 
 
 		 227 aa  348  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  70.04 
 
 		 227 aa  347  8e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  70.8 
 
 		 226 aa  343  8.999999999999999e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  71.81 
 
 		 229 aa  340  1e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  69.47 
 
 		 226 aa  339  2e-92  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  69.91 
 
 		 229 aa  330  7.000000000000001e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  70.93 
 
 		 227 aa  325  3e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  58.22 
 
 		 232 aa  288  4e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  61.5 
 
 		 229 aa  285  5.999999999999999e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  57.14 
 
 		 234 aa  283  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  59.56 
 
 		 228 aa  282  3.0000000000000004e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  57.14 
 
 		 234 aa  281  4.0000000000000003e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  57.59 
 
 		 234 aa  281  4.0000000000000003e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  56.7 
 
 		 234 aa  281  7.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  57.14 
 
 		 234 aa  281  7.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  56.7 
 
 		 234 aa  280  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 		 234 aa  279  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  55.8 
 
 		 234 aa  279  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  56.25 
 
 		 234 aa  279  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  55.8 
 
 		 234 aa  278  4e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  55.8 
 
 		 234 aa  278  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  55.36 
 
 		 234 aa  278  5e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  55.36 
 
 		 234 aa  277  9e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  55.36 
 
 		 234 aa  276  1e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  54.91 
 
 		 234 aa  276  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  55.8 
 
 		 234 aa  276  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  55.8 
 
 		 234 aa  274  8e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  56.25 
 
 		 234 aa  273  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  53.12 
 
 		 234 aa  256  2e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  50.22 
 
 		 261 aa  240  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  40.18 
 
 		 227 aa  192  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  41.07 
 
 		 228 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  37.61 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  34.11 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  32.86 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  35.19 
 
 		 220 aa  119  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 220 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  33.33 
 
 		 220 aa  114  7.999999999999999e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  33.64 
 
 		 220 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  31.98 
 
 		 220 aa  113  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  31.53 
 
 		 221 aa  105  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  33.8 
 
 		 217 aa  99.8  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  27.85 
 
 		 260 aa  93.2  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  27.85 
 
 		 260 aa  92.8  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  27.43 
 
 		 260 aa  92  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  28.17 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  25.35 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  25.35 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  26.69 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  24.26 
 
 		 238 aa  68.2  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  65.22 
 
 		 56 aa  67.8  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  24.88 
 
 		 222 aa  63.2  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  19.16 
 
 		 232 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4754  hypothetical protein  24.77 
 
 		 232 aa  49.7  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.26139 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  26.24 
 
 		 243 aa  46.2  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  19.47 
 
 		 260 aa  45.1  0.0009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0898  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  24.22 
 
 		 234 aa  42.4  0.006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>