85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_3499 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 234 aa  478  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  98.72 
 
 		 234 aa  475  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  97.44 
 
 		 234 aa  469  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  96.15 
 
 		 234 aa  466  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  95.3 
 
 		 234 aa  457  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  89.32 
 
 		 234 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  88.46 
 
 		 234 aa  431  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  87.61 
 
 		 234 aa  431  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  88.46 
 
 		 234 aa  430  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  87.18 
 
 		 234 aa  426  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  86.75 
 
 		 234 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  85.9 
 
 		 234 aa  420  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  85.9 
 
 		 234 aa  422  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  85.9 
 
 		 234 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  86.32 
 
 		 234 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  85.04 
 
 		 234 aa  417  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  84.62 
 
 		 234 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  82.48 
 
 		 234 aa  408  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  67.09 
 
 		 234 aa  330  8e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  62.05 
 
 		 229 aa  301  6.000000000000001e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  60.27 
 
 		 229 aa  298  4e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  60.71 
 
 		 227 aa  296  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 228 aa  296  2e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  60.27 
 
 		 229 aa  294  9e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  62.05 
 
 		 227 aa  293  1e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 229 aa  293  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  62.95 
 
 		 226 aa  291  6e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 229 aa  290  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 229 aa  290  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 226 aa  289  3e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 229 aa  289  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  58.93 
 
 		 229 aa  289  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 229 aa  288  7e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 		 226 aa  288  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 227 aa  287  9e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  60.89 
 
 		 229 aa  287  1e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 226 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 229 aa  286  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  58.48 
 
 		 227 aa  286  2e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 227 aa  285  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 		 227 aa  285  4e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  57.14 
 
 		 227 aa  284  1.0000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 229 aa  282  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  56.7 
 
 		 227 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  59.82 
 
 		 227 aa  281  8.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  59.38 
 
 		 227 aa  279  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  58.04 
 
 		 227 aa  277  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  56.7 
 
 		 229 aa  277  1e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  56.7 
 
 		 227 aa  275  3e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  57.14 
 
 		 226 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  54.7 
 
 		 232 aa  269  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  53.45 
 
 		 261 aa  252  5.000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  54.46 
 
 		 227 aa  249  3e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  49.78 
 
 		 228 aa  229  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  50.89 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  41.52 
 
 		 227 aa  194  9e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  42.86 
 
 		 228 aa  191  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  41.23 
 
 		 232 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  38.68 
 
 		 232 aa  157  1e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  38.32 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  28.5 
 
 		 220 aa  99.8  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  29.25 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  27.44 
 
 		 220 aa  98.6  8e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  28.84 
 
 		 220 aa  98.2  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  28.84 
 
 		 220 aa  97.8  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  28.37 
 
 		 220 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 260 aa  96.3  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  31.48 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  31.48 
 
 		 260 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  32.16 
 
 		 229 aa  93.2  3e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  33.8 
 
 		 217 aa  87.8  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  27.97 
 
 		 240 aa  82  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  25.81 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  25.81 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  29.33 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  24.55 
 
 		 238 aa  66.6  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  26.27 
 
 		 222 aa  65.9  0.0000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2824  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  23.77 
 
 		 260 aa  62.4  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1084  conjugal transfer protein  56.52 
 
 		 56 aa  60.8  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5235  Type IV secretory pathway component VirB8-like  28.77 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0587868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5457  Type IV secretory pathway component VirB8-like  25.13 
 
 		 256 aa  52.4  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0195796 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0898  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  24.46 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1190  hypothetical protein  25.13 
 
 		 234 aa  46.2  0.0004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4254  Type IV secretory pathway component VirB8-like  23.76 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  25.46 
 
 		 230 aa  42  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>