80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_D6506 on replicon NC_007337
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 260 aa  534  1e-151  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  99.62 
 
 		 260 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  98.08 
 
 		 260 aa  527  1e-149  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  48.39 
 
 		 238 aa  214  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  44.02 
 
 		 240 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  37.79 
 
 		 220 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  35.48 
 
 		 220 aa  166  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  35.94 
 
 		 220 aa  166  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  38.12 
 
 		 229 aa  164  1.0000000000000001e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  35.94 
 
 		 220 aa  162  4.0000000000000004e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  34.56 
 
 		 220 aa  155  8e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  32.59 
 
 		 221 aa  148  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  32.61 
 
 		 230 aa  125  6e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  34.88 
 
 		 232 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  29.46 
 
 		 232 aa  110  3e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  27.8 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  30.8 
 
 		 229 aa  105  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  32.73 
 
 		 234 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  31.25 
 
 		 227 aa  103  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  35.29 
 
 		 217 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  31.22 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  31.82 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  32.41 
 
 		 234 aa  99.8  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  32.41 
 
 		 234 aa  99.8  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  31.76 
 
 		 234 aa  99.4  5e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  33.18 
 
 		 234 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  30.8 
 
 		 228 aa  99.8  5e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  29.74 
 
 		 229 aa  99  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  29.74 
 
 		 229 aa  99  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  32.89 
 
 		 226 aa  99  7e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  32.72 
 
 		 234 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  31.98 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 234 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 234 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  32.41 
 
 		 234 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  29.31 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  26.41 
 
 		 229 aa  96.3  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 234 aa  96.3  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 234 aa  96.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  31.36 
 
 		 234 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  27.85 
 
 		 227 aa  96.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  30.17 
 
 		 229 aa  96.7  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  31.94 
 
 		 234 aa  96.3  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  30.59 
 
 		 234 aa  96.3  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  31.7 
 
 		 232 aa  95.9  6e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  28.57 
 
 		 229 aa  95.9  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  29.41 
 
 		 229 aa  95.1  9e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  31.48 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  30.59 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  30.25 
 
 		 229 aa  94.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  28.31 
 
 		 226 aa  94.4  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  29.22 
 
 		 229 aa  93.2  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  27.85 
 
 		 227 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  27.27 
 
 		 227 aa  92.8  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  31.2 
 
 		 228 aa  92.4  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  27.27 
 
 		 227 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  28.45 
 
 		 227 aa  91.3  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  29.44 
 
 		 226 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  26.99 
 
 		 227 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  30.14 
 
 		 229 aa  89.4  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  30 
 
 		 229 aa  89.4  6e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  29.41 
 
 		 226 aa  89  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  30.84 
 
 		 227 aa  89  8e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  28.24 
 
 		 227 aa  87.4  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  28.18 
 
 		 227 aa  87.8  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  30 
 
 		 229 aa  85.9  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  28 
 
 		 226 aa  85.5  8e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  30.45 
 
 		 234 aa  85.1  9e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  30.77 
 
 		 261 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  27.59 
 
 		 227 aa  84.3  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  27.6 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  25.79 
 
 		 229 aa  82.4  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  31.76 
 
 		 227 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1694  conjugal transfer protein  26.34 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194664  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1392  conjugal transfer protein  26.34 
 
 		 222 aa  79  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  28.51 
 
 		 227 aa  78.6  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0256  conjugal transfer protein  26.34 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1190  hypothetical protein  23.98 
 
 		 234 aa  47.4  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9815  Type IV secretory pathway component VirB8  23.35 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0898  Type IV secretory pathway TrbF protein-like protein  21.65 
 
 		 234 aa  43.9  0.003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>