74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_A0051 on replicon NC_009704
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009704  YpsIP31758_A0051  conjugal transfer protein TrbF  100 
 
 		 240 aa  493  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2229  conjugal transfer protein TrbF  60.76 
 
 		 238 aa  305  5.0000000000000004e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.373405  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6631  conjugal transfer protein TrbF  44.44 
 
 		 260 aa  216  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4270  conjugal transfer protein TrbF  44.02 
 
 		 260 aa  215  5e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.117817  normal  0.0324718 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6506  conjugal transfer protein TrbF  44.02 
 
 		 260 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9651  conjugal transfer protein TrbF  32.75 
 
 		 221 aa  128  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.39699  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4562  conjugal transfer protein TrbF  31.82 
 
 		 220 aa  128  9.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.905041  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5383  conjugal transfer protein TrbF  30.91 
 
 		 220 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0583323 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1665  Conjugal transfer protein  33.64 
 
 		 229 aa  122  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8326  conjugal transfer protein TrbF  30.4 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.029334  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5489  conjugal transfer protein TrbF  31.22 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.229718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9260  conjugal transfer protein TrbF  30.32 
 
 		 220 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399754  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4695  conjugal transfer protein TrbF  32.09 
 
 		 232 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2353  Conjugal transfer protein  29.02 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.744768  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1713  Conjugal transfer protein  26.79 
 
 		 232 aa  97.8  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000549304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2093  conjugal transfer protein TrbF  26.94 
 
 		 228 aa  88.6  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0618543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7447  conjugal transfer protein TrbF  28.33 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2904  conjugal transfer protein TrbF  28.81 
 
 		 234 aa  86.3  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.071912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2509  conjugal transfer protein  30.59 
 
 		 217 aa  85.1  8e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.385646  normal  0.64897 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0733  conjugal transfer protein TrbF  28.94 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3834  conjugal transfer protein TrbF  27.08 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.135941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3858  conjugal transfer protein TrbF  26.53 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00683431  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3499  conjugal transfer protein TrbF  27.97 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2651  conjugal transfer protein TrbF  27.97 
 
 		 234 aa  82  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0552472  normal  0.84636 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0311  conjugal transfer protein TrbF  29.39 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2831  conjugal transfer protein TrbF  28.7 
 
 		 229 aa  81.6  0.000000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.571124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1487  conjugal transfer protein TrbF  26.58 
 
 		 226 aa  81.6  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2274  conjugal transfer protein TrbF  28.87 
 
 		 228 aa  79.3  0.00000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.736535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0692  conjugal transfer protein TrbF  26.42 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1557  conjugal transfer protein TrbF  27.12 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000776204  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2692  conjugal transfer protein TrbF  27.97 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0792392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0431  conjugal transfer protein TrbF  27.12 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.469364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0602  conjugal transfer protein TrbF  26.97 
 
 		 229 aa  78.6  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7748  conjugal transfer protein TrbF  26.97 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0520847  normal  0.0609964 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1289  conjugal transfer protein TrbF  26.27 
 
 		 234 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2011  conjugal transfer protein TrbF  26.27 
 
 		 234 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.264252  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2997  conjugal transfer protein TrbF  26.69 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30870  conjugal transfer protein TrbF  28.94 
 
 		 234 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177985  unclonable  2.25295e-22 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2317  conjugal transfer protein TrbF  26.34 
 
 		 229 aa  77.8  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.643073  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1006  conjugal transfer protein TrbF  28.45 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1187  conjugal transfer protein TrbF  24.9 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3548  conjugal transfer protein TrbF  24.9 
 
 		 229 aa  76.6  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4201  conjugal transfer protein TrbF  26.27 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.902696 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2345  Conjugal transfer protein  27.15 
 
 		 232 aa  77  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2357  conjugal transfer protein TrbF  26.27 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.109686  normal  0.258524 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2577  conjugal transfer protein TrbF  26.27 
 
 		 234 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.756433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3699  conjugal transfer protein TrbF  28.94 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3093  conjugal transfer protein TrbF  26.69 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1348  conjugal transfer protein TrbF  28.51 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000109379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2607  conjugal transfer protein TrbF  28 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3993  conjugal transfer protein TrbF  27.98 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0169499  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3698  conjugal transfer protein TrbF  27.66 
 
 		 227 aa  75.1  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1323  conjugal transfer protein TrbF  28.09 
 
 		 234 aa  75.1  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.30693  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0742  conjugal transfer protein TrbF  25.42 
 
 		 227 aa  75.1  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1902  conjugal transfer protein TrbF  27.54 
 
 		 234 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.617323  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0502  conjugal transfer protein TrbF  27.05 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0478499  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3219  conjugal transfer protein TrbF  24.39 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00389999  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35650  conjugal transfer protein TrbF  25.85 
 
 		 234 aa  73.6  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.109489  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0960  conjugal transfer protein TrbF  26.58 
 
 		 227 aa  73.6  0.000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1841  conjugal transfer protein TrbF  27.39 
 
 		 232 aa  71.2  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.377716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1477  conjugal transfer protein TrbF  26.34 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0985827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2885  conjugal transfer protein TrbF  23.75 
 
 		 227 aa  69.7  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.144779  normal  0.102082 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2479  conjugal transfer protein TrbF  27.08 
 
 		 227 aa  69.3  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.901597  normal  0.173698 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3371  conjugal transfer protein TrbF  24.58 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.143707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3201  conjugal transfer protein TrbF  25.62 
 
 		 229 aa  68.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0168  conjugal transfer protein TrbF  22.58 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.577326  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1506  conjugal transfer protein TrbF  22.75 
 
 		 227 aa  66.2  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.50681 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0149  conjugal transfer protein TrbF  25.1 
 
 		 229 aa  65.9  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3894  conjugal transfer protein TrbF  23.61 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.178974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3534  conjugal transfer protein TrbF  22.98 
 
 		 227 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776312  normal  0.529656 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5369  conjugal transfer protein TrbF  22.97 
 
 		 227 aa  64.3  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682768  normal  0.410714 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2033  conjugal transfer protein TrbF  26.22 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1146  conjugal transfer protein TrbF  24.32 
 
 		 234 aa  57.8  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5216  conjugal transfer protein TrbF  20 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>