More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1291 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 343 aa  683    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  68.91 
 
 		 341 aa  481  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  68.04 
 
 		 341 aa  471  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  63.8 
 
 		 346 aa  448  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  43.49 
 
 		 358 aa  276  5e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  44.9 
 
 		 360 aa  269  5e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  44.9 
 
 		 360 aa  269  5e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  42.6 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  38.67 
 
 		 347 aa  247  2e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  38.58 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  37.71 
 
 		 346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  38.2 
 
 		 370 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  38.1 
 
 		 370 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  38.86 
 
 		 346 aa  197  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  37.57 
 
 		 346 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.69 
 
 		 349 aa  195  7e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  39.64 
 
 		 360 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  39.13 
 
 		 347 aa  193  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  40.8 
 
 		 347 aa  192  5e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  38.33 
 
 		 346 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  38.46 
 
 		 363 aa  192  8e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  36.8 
 
 		 373 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  36.11 
 
 		 387 aa  191  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  39.35 
 
 		 360 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  40.55 
 
 		 322 aa  189  7e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  39.02 
 
 		 323 aa  189  9e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  36.75 
 
 		 374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  39.6 
 
 		 381 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  36.71 
 
 		 374 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  37.65 
 
 		 348 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  44.63 
 
 		 373 aa  179  7e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  35.67 
 
 		 372 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  36.69 
 
 		 364 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  38.39 
 
 		 346 aa  172  5e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  37.04 
 
 		 346 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  38.72 
 
 		 350 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  32.47 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  36.89 
 
 		 365 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.91 
 
 		 334 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.1 
 
 		 325 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  33.44 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.09 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02714  DNA polymerase III subunit delta'  40 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.577208  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  33.2 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.7 
 
 		 343 aa  102  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  33.47 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  34.15 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  32.26 
 
 		 327 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  32.2 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.09 
 
 		 328 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  30.83 
 
 		 328 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  31.17 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.94 
 
 		 358 aa  95.9  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  30.45 
 
 		 328 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.71 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.46 
 
 		 323 aa  94  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  39.6 
 
 		 328 aa  94  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.18 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  36.42 
 
 		 328 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  33.53 
 
 		 323 aa  92  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  36.42 
 
 		 328 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.58 
 
 		 391 aa  92.4  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.78 
 
 		 339 aa  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.64 
 
 		 323 aa  91.7  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  36.42 
 
 		 328 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  28.57 
 
 		 339 aa  90.5  4e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 		 351 aa  90.1  4e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.4 
 
 		 336 aa  90.1  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  35 
 
 		 336 aa  90.1  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  30.52 
 
 		 320 aa  89.7  6e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.94 
 
 		 335 aa  89.7  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1583  DNA polymerase III subunit delta'  32.4 
 
 		 323 aa  88.6  1e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0104741  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.7 
 
 		 334 aa  89  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.46 
 
 		 331 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.07 
 
 		 343 aa  88.6  2e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  30.09 
 
 		 321 aa  88.6  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.98 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.4 
 
 		 363 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.41 
 
 		 330 aa  87.4  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  28.27 
 
 		 373 aa  87.4  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.22 
 
 		 354 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.57 
 
 		 357 aa  87.8  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.7 
 
 		 363 aa  87  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  31.61 
 
 		 324 aa  87.4  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.22 
 
 		 732 aa  86.7  5e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1640  DNA polymerase III subunit delta'  32.4 
 
 		 330 aa  86.7  6e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.9 
 
 		 339 aa  86.3  7e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.36 
 
 		 517 aa  85.9  9e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  28.69 
 
 		 336 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  32.55 
 
 		 349 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  34.13 
 
 		 331 aa  84.3  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  28.61 
 
 		 336 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0803  hypothetical protein  24.13 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.964068  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3039  DNA polymerase III subunits gamma and tau  27.42 
 
 		 678 aa  83.2  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  28.11 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.81 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2897  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.97 
 
 		 914 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.579528  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  33.49 
 
 		 332 aa  83.2  0.000000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25 
 
 		 460 aa  82  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.08 
 
 		 320 aa  82  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>