More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1258 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 326 aa  645    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0485  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.51 
 
 		 325 aa  224  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2680  DNA polymerase III subunit delta'  38.11 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.22227  normal  0.349862 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3115  DNA polymerase III subunit delta'  36.89 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0432076  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4101  DNA polymerase III subunit delta'  36.47 
 
 		 346 aa  169  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0423966 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1940  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.99 
 
 		 318 aa  169  8e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.792182  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2716  DNA polymerase III subunit delta'  36.2 
 
 		 346 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6279  DNA-directed DNA polymerase  37.99 
 
 		 347 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0702265  normal  0.173091 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1453  DNA polymerase III, delta prime subunit  42.33 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.675229  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3112  DNA replication ATPase  43.39 
 
 		 387 aa  162  5.0000000000000005e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.347103  normal  0.240633 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2009  DNA polymerase III subunit delta'  35.89 
 
 		 346 aa  161  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.225476  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4326  DNA-directed DNA polymerase  36.73 
 
 		 347 aa  155  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.194221 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  39.08 
 
 		 374 aa  154  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.303691 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0971  DNA polymerase III subunit delta'  43.52 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  42.08 
 
 		 373 aa  153  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2156  DNA polymerase III subunit delta'  35.29 
 
 		 346 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.321574  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1291  DNA polymerase III subunit delta'  32.47 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0826034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6922  DNA-directed DNA polymerase  38.6 
 
 		 348 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4706  DNA-directed DNA polymerase  38.06 
 
 		 363 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.586259  normal  0.0211469 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  39.75 
 
 		 381 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2328  DNA polymerase III subunit delta'  35.97 
 
 		 370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.958116  normal  0.527061 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1992  DNA polymerase III subunit delta'  37.5 
 
 		 341 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00150502 
 
 
-
 
NC_004310  BR0993  DNA polymerase III subunit delta'  40.33 
 
 		 360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4561  DNA-directed DNA polymerase  37.92 
 
 		 360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481639  normal  0.0700899 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0961  DNA polymerase III subunit delta'  40.33 
 
 		 360 aa  147  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.220444  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0674  DNA polymerase III subunit delta'  35.31 
 
 		 370 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.593154  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2698  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.41 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.150923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0556  DNA polymerase III subunit delta'  34.65 
 
 		 373 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.15222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0028  DNA-directed DNA polymerase  38.53 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0584307 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  40.53 
 
 		 354 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1509  DNA-directed DNA polymerase  36.28 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4190  DNA-directed DNA polymerase  37.55 
 
 		 360 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2078  DNA polymerase III subunit delta'  32.01 
 
 		 358 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2704  DNA polymerase III subunit delta'  35.17 
 
 		 346 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0542  AAA ATPase  42.19 
 
 		 364 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1804  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 		 341 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614913  normal  0.0173995 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  35.32 
 
 		 347 aa  137  2e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1702  DNA polymerase III subunit delta'  36.78 
 
 		 374 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.468151  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1463  DNA polymerase III subunit delta'  40.78 
 
 		 346 aa  133  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1535  putative DNA polymerase III delta prime subunit  38.34 
 
 		 372 aa  134  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.267106 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2145  DNA polymerase III subunit delta'  42.24 
 
 		 365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.04 
 
 		 343 aa  121  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  33.63 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.63 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  37.95 
 
 		 328 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  42.28 
 
 		 328 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.25 
 
 		 351 aa  109  8.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  35.05 
 
 		 330 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  35.86 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  35.86 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.64 
 
 		 335 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.98 
 
 		 363 aa  108  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  36.08 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  44.52 
 
 		 337 aa  106  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  35.05 
 
 		 328 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.98 
 
 		 363 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.73 
 
 		 517 aa  105  1e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.71 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  33.77 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.1 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  31.86 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0037  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.98 
 
 		 338 aa  104  2e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.418255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.66 
 
 		 370 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.57 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  29.96 
 
 		 388 aa  103  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.12 
 
 		 354 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  39.23 
 
 		 321 aa  103  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0878  DNA polymerase III subunit delta'  32.33 
 
 		 318 aa  102  7e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  34.63 
 
 		 327 aa  102  8e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  35.67 
 
 		 300 aa  102  8e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  31.5 
 
 		 325 aa  102  9e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  35.81 
 
 		 334 aa  100  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  26.99 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  31.38 
 
 		 589 aa  100  5e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  39.35 
 
 		 328 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  39.35 
 
 		 328 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  33.96 
 
 		 334 aa  99.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.84 
 
 		 323 aa  99.8  7e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0084  DNA polymerase III subunit delta'  31.19 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  35.35 
 
 		 334 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  31.08 
 
 		 389 aa  98.6  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  35.35 
 
 		 334 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.43 
 
 		 330 aa  98.2  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  37.06 
 
 		 304 aa  98.2  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  32.6 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6483  DNA-directed DNA polymerase  38.1 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  29.64 
 
 		 334 aa  97.1  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.51 
 
 		 323 aa  96.7  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.23 
 
 		 324 aa  96.7  5e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0389  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  30.26 
 
 		 485 aa  96.7  6e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.66 
 
 		 327 aa  96.7  6e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_524  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  27.83 
 
 		 562 aa  96.3  7e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000305256  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  38.12 
 
 		 336 aa  95.9  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  34.88 
 
 		 334 aa  95.9  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  34.91 
 
 		 340 aa  95.9  9e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  33.68 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  33.92 
 
 		 337 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  31.56 
 
 		 323 aa  94.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0058  DNA-directed DNA polymerase  28.77 
 
 		 625 aa  94.7  2e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1468  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.52 
 
 		 627 aa  94.7  2e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>