More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1465 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 		 336 aa  684    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  95.83 
 
 		 336 aa  642    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  91.37 
 
 		 336 aa  632  1e-180  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  65.48 
 
 		 337 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  66.07 
 
 		 337 aa  421  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  54.23 
 
 		 344 aa  368  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  55.13 
 
 		 342 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  56.3 
 
 		 342 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  56.6 
 
 		 342 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  53.35 
 
 		 344 aa  346  4e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  55.72 
 
 		 342 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  55.13 
 
 		 342 aa  344  1e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  55.72 
 
 		 342 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  55.72 
 
 		 342 aa  344  1e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  54.6 
 
 		 349 aa  334  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  54.65 
 
 		 344 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  54.55 
 
 		 344 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  54.55 
 
 		 344 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  54.55 
 
 		 344 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  54.55 
 
 		 344 aa  298  7e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  54.55 
 
 		 344 aa  298  7e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  54.55 
 
 		 344 aa  298  7e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  54.55 
 
 		 344 aa  296  2e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  43.11 
 
 		 339 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  36.07 
 
 		 377 aa  244  9.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  36.51 
 
 		 373 aa  238  8e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  40.12 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.69 
 
 		 368 aa  227  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.88 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.78 
 
 		 347 aa  194  3e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.55 
 
 		 360 aa  182  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  33.72 
 
 		 331 aa  160  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  33.72 
 
 		 332 aa  159  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.03 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.34 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  32.42 
 
 		 319 aa  149  7e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  32.58 
 
 		 351 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.65 
 
 		 357 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  33.23 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  33.92 
 
 		 349 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  42.63 
 
 		 328 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  39.63 
 
 		 327 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  42.11 
 
 		 328 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  34.67 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  35.38 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  31.22 
 
 		 379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  39.63 
 
 		 328 aa  133  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  33.23 
 
 		 340 aa  134  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.9 
 
 		 335 aa  132  9e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  39.45 
 
 		 328 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  34.98 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  30.88 
 
 		 336 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.39 
 
 		 337 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  38.25 
 
 		 330 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  32.07 
 
 		 374 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.85 
 
 		 323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.47 
 
 		 328 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.07 
 
 		 351 aa  125  8.000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  32.33 
 
 		 321 aa  125  9e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  35.18 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  31.8 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  39.15 
 
 		 328 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  39.15 
 
 		 328 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  38.62 
 
 		 328 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  34.87 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  34.06 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  38.1 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.07 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  34.36 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.33 
 
 		 327 aa  117  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.65 
 
 		 318 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  29.48 
 
 		 373 aa  116  5e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.65 
 
 		 318 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.25 
 
 		 318 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.38 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.59 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.27 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  29.04 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1574  DNA-directed DNA polymerase  29.63 
 
 		 343 aa  113  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.95 
 
 		 358 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.75 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.23 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.26 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  35.56 
 
 		 325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.09 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.09 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1313  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.28 
 
 		 366 aa  109  5e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.71 
 
 		 363 aa  110  5e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.96 
 
 		 331 aa  110  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.09 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.09 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.57 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.09 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.27 
 
 		 363 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.68 
 
 		 320 aa  106  6e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.35 
 
 		 335 aa  105  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  33.17 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  33.04 
 
 		 336 aa  104  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  31.71 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  35.8 
 
 		 284 aa  104  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>