More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1593 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  100 
 
 
336 aa  682    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  68.75 
 
 
336 aa  448  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  61.61 
 
 
336 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  61.31 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  58.23 
 
 
335 aa  381  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  58.26 
 
 
340 aa  378  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  57.96 
 
 
340 aa  377  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  57.91 
 
 
335 aa  357  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  53.94 
 
 
334 aa  342  5.999999999999999e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  52.28 
 
 
334 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  51.98 
 
 
334 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  51.98 
 
 
334 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  51.98 
 
 
334 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  51.67 
 
 
334 aa  314  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  53.33 
 
 
334 aa  306  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  53.03 
 
 
334 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  53.03 
 
 
334 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  53.03 
 
 
334 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  53.03 
 
 
334 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  52.42 
 
 
334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  52.73 
 
 
334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  52.73 
 
 
334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  52.73 
 
 
334 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  40.74 
 
 
332 aa  239  5e-62  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  39.37 
 
 
352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  36.5 
 
 
330 aa  164  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 
328 aa  156  6e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  38.6 
 
 
295 aa  155  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.94 
 
 
328 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  35.21 
 
 
328 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  35.74 
 
 
328 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  35.93 
 
 
328 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  34.34 
 
 
328 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  35.93 
 
 
328 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  32.64 
 
 
337 aa  152  8e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.45 
 
 
319 aa  150  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.8 
 
 
342 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  33.09 
 
 
319 aa  150  4e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  40.71 
 
 
327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
328 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 
328 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.6 
 
 
351 aa  145  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.75 
 
 
335 aa  143  4e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  32.08 
 
 
323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.21 
 
 
331 aa  140  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  39.27 
 
 
300 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  30.91 
 
 
320 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  32.31 
 
 
324 aa  136  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  30.56 
 
 
320 aa  135  9e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.22 
 
 
304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  39.44 
 
 
304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.33 
 
 
323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.6 
 
 
312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 
318 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  34.07 
 
 
321 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.46 
 
 
337 aa  122  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.8 
 
 
318 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.18 
 
 
318 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.07 
 
 
305 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.57 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.95 
 
 
318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.95 
 
 
318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  36.41 
 
 
325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.61 
 
 
357 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.07 
 
 
327 aa  117  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  31.09 
 
 
337 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  35.14 
 
 
336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.19 
 
 
318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.33 
 
 
318 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  43.51 
 
 
284 aa  114  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.65 
 
 
327 aa  113  5e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.19 
 
 
318 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.19 
 
 
318 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  28.2 
 
 
320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  33.45 
 
 
336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  34.24 
 
 
374 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  29.61 
 
 
344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  39.22 
 
 
681 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.46 
 
 
331 aa  110  5e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  35.96 
 
 
332 aa  109  6e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  36.84 
 
 
331 aa  109  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  38.56 
 
 
698 aa  109  8.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  35.45 
 
 
351 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  33.46 
 
 
333 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0038  DNA-directed DNA polymerase  33.87 
 
 
320 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  28.53 
 
 
304 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  35.53 
 
 
349 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  35.06 
 
 
337 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.18 
 
 
360 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.6 
 
 
334 aa  107  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  34.08 
 
 
361 aa  107  4e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.88 
 
 
543 aa  106  5e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.920332  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1217  DNA polymerase III subunits gamma and tau  36.88 
 
 
601 aa  106  6e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.62 
 
 
329 aa  106  7e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  35.82 
 
 
336 aa  105  8e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.09 
 
 
501 aa  105  8e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  35.82 
 
 
336 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.83 
 
 
332 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  38.71 
 
 
911 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  33.11 
 
 
379 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>