More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0965 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 377 aa  779    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  76.29 
 
 		 373 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  35.25 
 
 		 336 aa  242  7.999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  37.4 
 
 		 337 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  35.68 
 
 		 336 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  35.68 
 
 		 336 aa  238  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  37.03 
 
 		 337 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  34.24 
 
 		 344 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  33.24 
 
 		 342 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  33.42 
 
 		 342 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1044  DNA polymerase III subunit delta'  34.5 
 
 		 349 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  33.6 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2262  DNA polymerase III subunit delta'  34.68 
 
 		 344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.19063  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  32.8 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  32.8 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  32.8 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  32.7 
 
 		 342 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2155  DNA polymerase III subunit delta'  35.05 
 
 		 344 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.74 
 
 		 339 aa  179  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.18 
 
 		 368 aa  177  3e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3389  DNA polymerase III subunit delta'  33.51 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.556766  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2319  DNA polymerase III subunit delta'  33.51 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1424  DNA polymerase III subunit delta'  33.51 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2442  DNA polymerase III subunit delta'  33.51 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278113  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1188  DNA polymerase III subunit delta'  33.51 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1915  DNA polymerase III subunit delta'  33.51 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.88 
 
 		 327 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.61 
 
 		 334 aa  166  9e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2280  DNA polymerase III subunit delta'  44.5 
 
 		 344 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.20303  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.13 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3389  DNA-directed DNA polymerase  30.2 
 
 		 349 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.927863  normal  0.0484045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.18 
 
 		 357 aa  150  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2518  DNA-directed DNA polymerase  30.83 
 
 		 379 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129447  hitchhiker  0.00407989 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2256  DNA-directed DNA polymerase  30.42 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1718  DNA-directed DNA polymerase  28.8 
 
 		 331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.1679 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1986  DNA-directed DNA polymerase  28.34 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1949  DNA-directed DNA polymerase  32.04 
 
 		 373 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.832044 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3411  DNA-directed DNA polymerase  27.75 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2857  DNA-directed DNA polymerase  30.56 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1006  DNA-directed DNA polymerase  28.21 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  33.33 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.73 
 
 		 360 aa  127  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  31.22 
 
 		 328 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  30.83 
 
 		 328 aa  120  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.65 
 
 		 351 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  32.86 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.77 
 
 		 331 aa  116  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.56 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  30.08 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  28.95 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  30.28 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  30.52 
 
 		 319 aa  114  4.0000000000000004e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  30.52 
 
 		 319 aa  114  4.0000000000000004e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  27.38 
 
 		 328 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.36 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.57 
 
 		 342 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.72 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  30.66 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  30.33 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 		 304 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  30.71 
 
 		 321 aa  109  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.43 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  30.52 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  29.72 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1391  DNA-directed DNA polymerase  31.8 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000825197 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  29.72 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  29.52 
 
 		 320 aa  106  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  32.45 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  31.84 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  29.76 
 
 		 352 aa  103  5e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  32.86 
 
 		 361 aa  101  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.25 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.82 
 
 		 336 aa  97.8  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  27.57 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.6 
 
 		 336 aa  97.4  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.33 
 
 		 339 aa  96.7  5e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  30 
 
 		 324 aa  96.7  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  30.56 
 
 		 305 aa  96.3  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  28.57 
 
 		 336 aa  96.3  9e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  28.9 
 
 		 336 aa  95.5  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  29.65 
 
 		 323 aa  95.9  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.82 
 
 		 331 aa  95.5  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  31.19 
 
 		 335 aa  95.1  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  26.64 
 
 		 334 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  31.43 
 
 		 339 aa  95.1  2e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  29.95 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  28.33 
 
 		 321 aa  92.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  34.24 
 
 		 326 aa  92.4  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 334 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 334 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1258  DNA-directed DNA polymerase  30.93 
 
 		 326 aa  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.261442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 334 aa  91.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.63 
 
 		 334 aa  91.3  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  31.05 
 
 		 340 aa  91.3  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  31.05 
 
 		 340 aa  90.9  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  30.09 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  30.09 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>