More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpAngola_A3492 on replicon NC_010159
Organism: Yersinia pestis Angola



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_1692  DNA polymerase III subunit delta'  98.53 
 
 
340 aa  667    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0197649  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3492  DNA polymerase III subunit delta'  100 
 
 
335 aa  675    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000181629  normal  0.0164304 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1584  DNA polymerase III subunit delta'  97.65 
 
 
340 aa  662    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000282591  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1912  DNA polymerase III subunit delta'  72.12 
 
 
335 aa  440  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000735581  hitchhiker  0.00000697955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2801  DNA polymerase III subunit delta'  60.71 
 
 
336 aa  384  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.162966  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2497  DNA polymerase III subunit delta'  60.06 
 
 
336 aa  378  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0020165  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1593  DNA polymerase III, delta prime subunit  58.23 
 
 
336 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.273592  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1629  DNA polymerase III, delta prime subunit  56.1 
 
 
336 aa  356  3.9999999999999996e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000209012  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1614  DNA polymerase III subunit delta'  55.05 
 
 
334 aa  344  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000870759  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1300  DNA polymerase III subunit delta'  52.54 
 
 
334 aa  305  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0293645  hitchhiker  0.00000000000521382 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1315  DNA polymerase III subunit delta'  52.54 
 
 
334 aa  305  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000035358 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1277  DNA polymerase III subunit delta'  52.24 
 
 
334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.867386 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2168  DNA polymerase III subunit delta'  52.24 
 
 
334 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000087583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1985  DNA polymerase III subunit delta'  51.94 
 
 
334 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000277224  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  51.34 
 
 
334 aa  289  4e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000249721  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2028  DNA polymerase III subunit delta'  51.34 
 
 
334 aa  289  6e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000033373  hitchhiker  0.00000172568 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01095  DNA polymerase III subunit delta'  51.04 
 
 
334 aa  288  7e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0362811  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2502  DNA polymerase III subunit delta'  51.04 
 
 
334 aa  288  7e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0601626  unclonable  0.0000000133067 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01103  hypothetical protein  51.04 
 
 
334 aa  288  7e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0380971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1221  DNA polymerase III subunit delta'  51.04 
 
 
334 aa  288  7e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000113333  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2225  DNA polymerase III subunit delta'  51.04 
 
 
334 aa  288  7e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000129004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1478  DNA polymerase III subunit delta'  51.04 
 
 
334 aa  288  7e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000175371  hitchhiker  0.00000000166006 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1220  DNA polymerase III subunit delta'  51.04 
 
 
334 aa  287  2e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000429274  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0430  DNA polymerase III, delta' subunit  46.6 
 
 
332 aa  269  5.9999999999999995e-71  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1486  DNA polymerase III subunit delta'  37.69 
 
 
352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.585523  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14980  DNA polymerase III subunit delta'  35.94 
 
 
328 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2200  DNA polymerase III subunit delta'  35.78 
 
 
328 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.825547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25760  DNA polymerase III subunit delta'  35.56 
 
 
328 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.644565 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1576  DNA polymerase III subunit delta'  33.94 
 
 
319 aa  157  3e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.133264  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1634  DNA polymerase III subunit delta'  36.36 
 
 
330 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0609  DNA polymerase III subunit delta'  33.94 
 
 
319 aa  155  9e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0255867  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1659  DNA polymerase III subunit delta'  33.13 
 
 
337 aa  150  4e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0356982  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1653  DNA polymerase III subunit delta'  33.54 
 
 
328 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0730579  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4151  DNA polymerase III subunit delta'  36.48 
 
 
327 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.640705  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1966  DNA polymerase III subunit delta'  34.45 
 
 
328 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.63902  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3826  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.54 
 
 
328 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.070255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3794  DNA polymerase III subunit delta'  34.45 
 
 
328 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425215  normal  0.36128 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1496  DNA polymerase III subunit delta'  34.55 
 
 
328 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.312156  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  39.02 
 
 
295 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1995  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.35 
 
 
335 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1531  DNA polymerase III subunit delta'  34.15 
 
 
328 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.388173 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02902  DNA polymerase III subunit delta'  33.53 
 
 
320 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1607  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.82 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1757  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2246  putative DNA polymerase III, delta' subunit  32.72 
 
 
323 aa  132  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.214803  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1924  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.58 
 
 
305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1601  DNA polymerase III subunit delta'  33.97 
 
 
324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.482029  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1095  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.32 
 
 
342 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.296498  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003002  DNA polymerase III delta prime subunit  34.59 
 
 
320 aa  129  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1652  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.69 
 
 
331 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0007  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.02 
 
 
351 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0298207  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2042  DNA-directed DNA polymerase  32.93 
 
 
304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2116  DNA-directed DNA polymerase  40.33 
 
 
300 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.113627  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2266  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.76 
 
 
312 aa  123  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.727593  normal  0.54059 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2050  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.46 
 
 
321 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1828  DNA-directed DNA polymerase  33.44 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2571  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.43 
 
 
318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.196352  normal  0.086607 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0043  DNA-directed DNA polymerase  47.48 
 
 
284 aa  120  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000856784 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2612  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.99 
 
 
318 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1893  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.43 
 
 
318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0485573 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1662  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.77 
 
 
318 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2239  DNA polymerase III, delta prime subunit  41.34 
 
 
327 aa  119  7e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2458  DNA polymerase III, delta prime subunit  37.43 
 
 
318 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.022565  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1737  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.77 
 
 
318 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.595933  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2451  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.87 
 
 
318 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.135157  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1767  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.18 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  normal  0.672365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1580  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.45 
 
 
304 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.989268  normal  0.574364 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1917  DNA-directed DNA polymerase  29.23 
 
 
361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2213  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.84 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1415  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.02 
 
 
337 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.100204  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2119  DNA polymerase III, delta prime subunit  38.66 
 
 
320 aa  112  7.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000331733  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.81 
 
 
320 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0719  DNA-directed DNA polymerase  34.18 
 
 
325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1252  DNA-directed DNA polymerase  34.33 
 
 
324 aa  109  6e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.83429  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1386  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.3 
 
 
368 aa  108  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.128473  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1859  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.96 
 
 
357 aa  107  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.276921 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2647  DNA-directed DNA polymerase  31.3 
 
 
304 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.11798 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  36.26 
 
 
358 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1940  DNA polymerase III subunit delta'  34.85 
 
 
344 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.990114  normal  0.368252 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.19 
 
 
334 aa  103  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  39.86 
 
 
335 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  33.46 
 
 
337 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0061  DNA-directed DNA polymerase  33.02 
 
 
282 aa  100  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.639704  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0515  DNA-directed DNA polymerase  27.3 
 
 
320 aa  99  1e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0983279  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  31.83 
 
 
323 aa  98.2  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1879  DNA polymerase III, delta prime subunit  34.53 
 
 
360 aa  97.8  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0526572 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1382  DNA polymerase III subunit delta'  34.27 
 
 
342 aa  98.2  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1065  DNA-directed DNA polymerase  32.53 
 
 
372 aa  97.8  3e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.910858  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  36.26 
 
 
337 aa  97.4  3e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1983  DNA polymerase III, delta prime subunit  32.2 
 
 
303 aa  97.1  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.258403  hitchhiker  0.00527973 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  34.04 
 
 
337 aa  97.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.71 
 
 
331 aa  96.7  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1542  DNA polymerase III, delta prime subunit  33.66 
 
 
327 aa  96.7  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.129725  normal  0.14049 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1829  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 
342 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  35.5 
 
 
342 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  33.5 
 
 
336 aa  96.7  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  35.6 
 
 
342 aa  96.3  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  35.6 
 
 
342 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  35.6 
 
 
342 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  35.6 
 
 
342 aa  96.3  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2502  DNA polymerase III, delta prime subunit  35.75 
 
 
347 aa  95.9  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.477235  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>